Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
Jusa
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 28 giugno 2008 : 18:00:33
|
salve ragazzi...
c'è un dubbio che non riesco a risolvere, spero qualcuno di voi riesca a darmi una mano...
a lezione c'è stato parlato di mappe fisiche e genetiche, considerando le prima utili per localizzare fisicamente un gene o un marcatore ti cui non si conosce la localizzazione, mentre le seconde utili per identificare una regione, il più ristretta possibile (tramite ricostruzione degli aplotipi,studi di linkage tra marcatori altamente polimorfici e lod score), che contenga il gene in questione.
le mappe fisiche possono essere ad alta o bassa risoluzione e posson essere costruite mediante ibridi somatici e fish.
per entrambe queste possibilità, devo conoscere la sequenza che devo cercare, dato che devo usarla per costriurci una sonda o una coppia di primer.....il mio dubbio è proprio qui..come posso conoscere la sequenza di un gene "X", senza sapere dov'è localizzato?
io ho pensato per esempio che conoscendo la proteina si può risalire alla sequenza nucleotidica, come è stato fatto per il fattore VIII di coagulazione coinvolto nell'emofilia A...ma se non si conosce nemmeno il prodotto proteico?
un'altra soluzione sarebbe usare sequenze provenienti da geni omologhi di altre specie...ma oltre a queste (sempre che siano corrette), ci sono altri metodi???
|
|
|
|
|
frau_frosch
Utente Junior
Città: Boston
225 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2008 : 22:18:27
|
Le due che hai citato sono corrette, ma la prima di queste rappresenta più che altro un approccio funzionale: conoscendo la funzione della proteina, risali alla sequenza.
In generale hai un po' di confusione -credo- tra il concetto di mappa e il concetto di clonaggio. Le strategie di FISH e ibridi somatici le utilizzi per realizzare mappe fisiche del genoma; in un secondo momento si utilizzano le mappe ottenute per identificare un gene.
Di fatto è come se mettessi una serie di bandierine lungo il "percorso" del genoma: a tale scopo, per posizionare un gene (una "bandierina") di cui conosci la sequenza, effettui saggi di amplificazione o ibridazione, che come hai ben detto tu richiedono la conoscenza della sequenza.
Ottenuta la mappa, qualora tu voglia individuare un gene e posizionarlo sul genoma (clonaggio), puoi pensare ad un approccio funzionale (ad esempio, la strategia del fattore VIII) oppure -se non sai nulla sulla funzione- ad un clonaggio posizionale.
Questa strategia chiaramente deve partire da una regione candidata: sarebbe complicato saggiare tutto il genoma! Come fare?
Se sei fortunato e riesci a trovare un qualche riarrangiamento che correla al tuo fenotipo malattia : ad esempio, se trovi una traslocazione che ricorre, i breakpoint saranno regioni candidate.
Ovviamente puoi anche non essere così fortunato: in questo caso non ti resta che saggiare una serie di marcatori ricercando nelle famiglie una regione candidata che sia in linkage con la malattia: probabilmente sfruttando le mappe genetiche riuscirai a circoscrivere questa regione ulteriormente.
Alla fine, se hai posizionato i marker che delimitano la regione con una mappa fisica, potrai valutare i limiti entro cui si trova il gene.
Va da sè che il sequenziamento è l'ultima tappa: riuscirai quindi ad individuare quali mutazioni causano il fenotipo.
Riassumendo:
Geni noti -> posso effettuare PCR/ibridazioni -> posiziono fisicamente -> mappa fisica
Gene ignoto ad ignota funzione -> ricerco regione candidata (linkage) -> confronto con mappa fisica -> posizionamento -> gene identificato |
 |
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
mappe fisiche
