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Stefy84
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
 Inserito il - 02 luglio 2008 : 11:25:53
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Avrei bisogno di un aiuto. Dove posso trovare la percentuale di omologia del genoma tra due organismi diversi? e magari anche qualche esempio di geni omologhi.. Grazie a tutti 
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2008 : 17:19:34
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se conosci il concetto di omologia sai che ce ne sono parecchi di geni ....
per la percentuale di omologia tra 2 organismi se hai qualche organismo in particolari ti posso dare alcuni numeri,ma in genere se gli organismi sono filogeneticamente distanti e' difficile fare un allineamento e stabilire la percentuale di omologia,gia' sotto il 90% diventa complicato,quindi in genere si fa un analisi di sintenia,non ti so dire di piu' |
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Stefy84
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2008 : 20:31:13
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| devo trovare la percentuale di genoma condiviso tra saccharomyces cerevisiae e l'uomo. Sugli appunti ho scritto 23%, ma non sono appunti presi molto bene e volevo controllare che fosse vero quello che avevo scritto.. e volevo trovare se c'č qualche esmpio di gene conservato, mi pare che il prof abbia parlato dei geni della riparazione del DNA |
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2008 : 21:03:20
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| sicuramente l omologia e' riferita alle sequenze codificanti....ed e' normale che sia bassissima,perche' il loro genoma e' molto piu' piccolo ,sui miei appunti dice che il 20% dei geni malattia nell uomo trova una controparte dei geni nel lievito,cmq sono molto conservati anche i geni coinvolti nelle principali vie metaboliche ossia i geni base che permettono la vitalita' della cellula |
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Stefy84
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2008 : 10:08:30
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| ok.. grazie.. ma per trovare qualche esempio di gene omologo dovo posso cercare? ad esempio su pubmed non c'č niente? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2008 : 11:31:06
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Mi sembra strano calcolare l'omologia tra due genomi interi.
Rispetto a cosa? Le regioni codificanti? Quelle sequenziate? Tutto? Non mi sembra che abbia molto senso, al massimo puoi vedere le regioni di sintenia.
Citazione:
ma per trovare qualche esempio di gene omologo dovo posso cercare? ad esempio su pubmed non c'č niente?
Pubmed e' un database di articoli scientifici, quindi non c'entra.
Vai su ensembl (http://www.ensembl.org), introduci il nome di un gene a caso (tipo questo), e poi scorri la sezione 'Orthologue Prediction' all'inizio della pagina. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2008 : 17:36:31
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be tra genomi come lo scimpanze' e gorilla l omologia e' alta il 99% e 98% e di tutto il genoma ,ovviamente hanno genomi riarrangiati in maniera diversa rispetto all uomo altrimenti saremmo specie interfertili.....e si potrebbe fare confusione come commenta De Andre' in una sua canzone (il gorilla)  ,e quindi in questi animali allineare il genoma in quanto gia' sequenziato e' "facile",trovi i blocchi di sintenia e fai un blast,per quanto riguarda specie che sono distanti filogeneticamente come ad esempio il topo solo il 40% puo' essere allineato,ma non c'e' un elevata omologia,rimane "alta" sempre a livello delle sequenze codificanti e scende notevolmente negli introni e ancora di piu' per le sequenze ripetute |
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Omologia genoma
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