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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
 Inserito il - 26 dicembre 2005 : 14:34:47
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Salve a tutti! Io ho un grosso problema: di bioinformatica non so praticamente nulla!
Dopo questa premessa vi pongo il mio quesito!
Devo costruire un albero filogenetico usando il programma Phyml. Ho l'allineamento dei nucleotidi ottenuto con CodonAlign2, quindi ho il file sia in formato .nex che .phylip!
Il problema è che quando provo a fare l'albero.. beh, non vedo assolutamente niente! Perche'???
Grazie infinite!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 26 dicembre 2005 : 18:54:04
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Ciao, purtroppo io non ho mai usato questo programma.
Controlla che non ci sia qualche opzione per settare path o indicare dove si trovano i bin, una volta ho avuto un problema simile con tinker.
In ogni caso, dovresti provare a leggere nella users' guide (http://www.lirmm.fr/~guindon/phyml/body.html) o fare qualche ricerca con google (al limite iscriviti alla Mailing list)
Ho visto che ci sono anche delle interfaccie web per questo programma (tipo http://atgc.lirmm.fr/phyml), così puoi vedere se il problema è nei tuoi dati. Quale sistema operativo e quale versione stai utilizzando, cmq?
ciao! se ho tempo, provo a guardare meglio! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 26 dicembre 2005 : 19:38:33
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grazie mille!
Uso windows.. e la versione che attualmente è disponibile in rete!!Questo implica che il problema è nei miei dati??
Domani con calma mi leggo la guida ecc.. poi ti faccio sapere!
Ma eventualmente, che altro progarmma consigli di usare per creare alberi filogenetici sulla base del'allineamento nucleotidico?? |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 27 dicembre 2005 : 13:25:13
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Allora.. ho risolto parzialmente!
Il problema era il formato del file! Evidentemente non era in formato phylip come io credevo (ti avevo avvertito che son negata!!). Son riuscita a convertirlo ed ora posso vedere l'albero!
Grazie!!! |
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Phyml
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