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alexanderubs
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 Inserito il - 14 luglio 2008 : 11:32:37
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Salve a tutti sono nuovo e ho un problema, devo fare un progetto per l'università riguardo bioinformatica e precisamente dovrei costruire l'albero filogenetico di diverse specie animali o altro per vedere il loro grado di parentela.Per prima cosa mi collego a gene bank scarico in formato FASTA le varie sequenza e tramite CLUSTALW eseguo il multi allineamento ricevendo un output che è formato da 2 file il .aln che contiene l'allineamento e che presumo sia quello da usare com input in phylip, e il .dnd.Il mio problema è nell uso di phylip, visto che è con questo software che vorrei creare l'albero e quindi con il risultato dell allineamento vorrei prima calcolare la matrice delle distanze tramite il modulo DNADIST il problema è che non riesco a trovare l'input per questo modulo di fatti all avvio dnadist mi chiede il file "infile" che non trova quando poi io passo il mio file risultante da clustal non lo apre .Ho provato a settare anche l'output di clustal per phylip ma niente da fare.Precisando che la bioinformatica non è la mia materia visto che sono solo un informatico sarei molto grato se qualcuno potesse aiutarmi in questo progetto , grazie anticipatamente
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dallolio_gm
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Inserito il - 15 luglio 2008 : 23:27:56
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Considerazioni:
- phylip é un programma molto vecchio. Considera di utilizzare altri programmi come mega (grafico, funziona anche sotto wine), o mr. bayes.
- ti consiglio vivamente di usare un tool come make. Così ti sarà più facile capire dove é il problema ed eventualmente, lo potresti postare qui se non riesci a risolvere.
Phylip utilizza un sistema molto antiquato che si basa su file che devono essere rinominati come 'infile' ogni volta; ovvero, ogni comando che lanci ti scrive come output un file chiamato 'outfile', che devi rinominare 'infile' e dare in pasto al programma precedente.
Dovresti iniziare con 'readseq nomefile' per convertire il formato in phylip, e poi con seqboot per creare il set per il bootstrapping.
Prova a seguire qualche tutorial come questi per capire come funziona:
- http://www.itc.virginia.edu/achs/molbio/phylip/phylip.html
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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alexanderubs
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Inserito il - 16 luglio 2008 : 16:50:42
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| OK grazie questo problema dovrebbe essere risolto ora , anche se mi son nati altri dubbi che riguardano la ricerca nella banca dati ed in particolare qualcuno potrebbe suggerirmi come svolgerla? se per esempio basta che prenda un nucleotide o uno specifico o se devo prendere in esame un cromosoma oppure se per le varie specie il cromosoma deve essere il medesimo.........Sarei molto grato se qualcuno potesse aiutarmi , buona giornata |
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dallolio_gm
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Inserito il - 16 luglio 2008 : 17:14:31
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Dipende da quello che vuoi studiare: se vuoi studiare l'evoluzione di geni, allora prendi le sequenze dei geni (meglio quelle proteiche) omologhi e le allinei.
Se vuoi mettere creare un albero filogenetico di individui umani diversi per vedere come sono imparentati, in genere si prendono gli alleli della zona non ricombinante del cromosoma Y, o il genoma mitocondriale. |
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alexanderubs
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Inserito il - 18 luglio 2008 : 15:41:46
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| Quindi scusami se nella mia ricerca nella banca dati ho un risultato per esempio sul gorilla che dice gorilla mitocondrion , complete genome questa presumo che sia una sequenza che posso usare nel mio progetto....giusto? ed in caso affermativo devo usare tutta la sequenza trovata , come penso, o solo una parte di essa? |
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dallolio_gm
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