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Discussione |
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GiuliaB85
Nuovo Arrivato
Prov.: Pisa
Città: Pisa
4 Messaggi |
 Inserito il - 29 dicembre 2005 : 17:00:07
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Ciao a tutti! Avrei una curiosità.. Dalla sequenza amminoacidica di una proteina si può dedurre una sequenza nucleotidica che la codifichi? Sia in vitro che in natura?! ciao ciao!
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maia84
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 20:30:37
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| Certo è possibile... ovviamente la sequenza nt che ottieni corrisponde all'Rna già processato(ad esempio non hai le sequenze introniche). Esistono diversi programmi informatici che ti permettono di ricavare questo tipo di informazioni. Se ti interessa saperne di più facci sapere.. Ciao |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 21:11:45
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| Aggiungerei pero che a causa della degenerazione del codice potrai solo ipotizzare quale sia la sequenza originale! (cioe' avrai molte opzioni che portano alla stessa proteina) |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 21:13:08
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Ma scusa.. come la metti con la degenerazione del codice genetico?
Cioe', un singolo aa puo' essere codificato da piu' codoni..
Tu puoi dedurre UNA sequenza nucleotidica che codifichi la tua proteina.. ma non sai se è quella presente in natura!!! |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 21:15:10
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Caspita.. mi hai battuta per 2 minuti!!!!
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maia84
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 21:36:10
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Se possiedo una genoteca di espressione in cui è sicuramente presente la sequenza che codifica per la mia proteina,posso costruire tutte le possibili sonde e fare uno screening.Che ne dite?
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2005 : 22:28:44
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Hmmmm... buona fortuna!
Facciamo un esempio pratico: prendiamo l'albumina (ovviamente dell'albumina e' noto il gene, ma facciamo finta non lo sia).
Cerchiamo in Pubmed la sequenza proteica:
1 mkwvtfisll flfssaysrg vfrrdahkse vahrfkdlge enfkalvlia faqylqqcpf
61 edhvklvnev tefaktcvad esaencdksl htlfgdklct vatlretyge madccakqep
121 ernecflqhk ddnpnlprlv rpevdvmcta fhdneetflk kylyeiarrh pyfyapellf
181 fakrykaaft eccqaadkaa cllpkldelr degkassakq rlkcaslqkf gerafkawav
241 arlsqrfpka efaevsklvt dltkvhtecc hgdllecadd radlakyice nqdsissklk
301 eccekpllek shciaevend empadlpsla adfveskdvc knyaeakdvf lgmflyeyar
361 rhpdysvvll lrlaktyett lekccaaadp hecyakvfde fkplveepqn likqncelfe
421 qlgeykfqna llvrytkkvp qvstptlvev srnlgkvgsk cckhpeakrm pcaedylsvv
481 lnqlcvlhek tpvsdrvtkc cteslvnrrp cfsalevdet yvpkefnaet ftfhadictl
541 sekerqikkq talvelvkhk pkatkeqlka vmddfaafve kcckaddket cfaeegkklv
601 aasqaalgl
E la trasformiamo in nucleotidi (es. con Reverse translate).
Ottenendo:
atgaartgggtnacnttyathwsnytnytnttyytnttywsnwsngcntaywsnmgnggn
gtnttymgnmgngaygcncayaarwsngargtngcncaymgnttyaargayytnggngar
garaayttyaargcnytngtnytnathgcnttygcncartayytncarcartgyccntty
gargaycaygtnaarytngtnaaygargtnacngarttygcnaaracntgygtngcngay
garwsngcngaraaytgygayaarwsnytncayacnytnttyggngayaarytntgyacn
gtngcnacnytnmgngaracntayggngaratggcngaytgytgygcnaarcargarccn
garmgnaaygartgyttyytncarcayaargaygayaayccnaayytnccnmgnytngtn
mgnccngargtngaygtnatgtgyacngcnttycaygayaaygargaracnttyytnaar
aartayytntaygarathgcnmgnmgncayccntayttytaygcnccngarytnytntty
ttygcnaarmgntayaargcngcnttyacngartgytgycargcngcngayaargcngcn
tgyytnytnccnaarytngaygarytnmgngaygarggnaargcnwsnwsngcnaarcar
mgnytnaartgygcnwsnytncaraarttyggngarmgngcnttyaargcntgggcngtn
gcnmgnytnwsncarmgnttyccnaargcngarttygcngargtnwsnaarytngtnacn
gayytnacnaargtncayacngartgytgycayggngayytnytngartgygcngaygay
mgngcngayytngcnaartayathtgygaraaycargaywsnathwsnwsnaarytnaar
gartgytgygaraarccnytnytngaraarwsncaytgyathgcngargtngaraaygay
garatgccngcngayytnccnwsnytngcngcngayttygtngarwsnaargaygtntgy
aaraaytaygcngargcnaargaygtnttyytnggnatgttyytntaygartaygcnmgn
mgncayccngaytaywsngtngtnytnytnytnmgnytngcnaaracntaygaracnacn
ytngaraartgytgygcngcngcngayccncaygartgytaygcnaargtnttygaygar
ttyaarccnytngtngargarccncaraayytnathaarcaraaytgygarytnttygar
carytnggngartayaarttycaraaygcnytnytngtnmgntayacnaaraargtnccn
cargtnwsnacnccnacnytngtngargtnwsnmgnaayytnggnaargtnggnwsnaar
tgytgyaarcayccngargcnaarmgnatgccntgygcngargaytayytnwsngtngtn
ytnaaycarytntgygtnytncaygaraaracnccngtnwsngaymgngtnacnaartgy
tgyacngarwsnytngtnaaymgnmgnccntgyttywsngcnytngargtngaygaracn
taygtnccnaargarttyaaygcngaracnttyacnttycaygcngayathtgyacnytn
wsngaraargarmgncarathaaraarcaracngcnytngtngarytngtnaarcayaar
ccnaargcnacnaargarcarytnaargcngtnatggaygayttygcngcnttygtngar
aartgytgyaargcngaygayaargaracntgyttygcngargarggnaaraarytngtn
gcngcnwsncargcngcnytnggnytn
Ora, come puoi vedere c'e' una quantita' spropositata di n (una base qualsiasi), r (purine), w (pirimidine), e altre amenita' simili!
Quindi il numero di combinazioni che hai e' almeno
2^(numero di w+r) * 4^(numero di n)
Senza considerare che ci sono anche altri caratteri jolly.
Insomma... lo screening non e' possibile!!!!
EDIT: ovviamente usando il codon usage database puoi trovare quali siano le combinazioni piu probabili... pero' non sara mai una cosa certa! |
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GiuliaB85
Nuovo Arrivato
Prov.: Pisa
Città: Pisa
4 Messaggi |
Inserito il - 30 dicembre 2005 : 08:13:19
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Accidenti non mi aspettavo così tante risposte.. grazie! Quindi ovviamente posso risalire alla sequenza nucleotidica del mRNA, ma a causa della degenerazione del codice non è detto che tutte le triplette da me trovate siano giuste.. E quali sono i programmi informatici che permettono di trovare le sequenze nucleotidche a partire da quelle amminoacidiche?! grazie 1000! giulia |
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maia84
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 30 dicembre 2005 : 10:13:47
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| Chick80..ma le sonde mica sono costituite dall'intera seq. Se costruissi le diverse sonde corrispondenti ai primi 30 nt forse non sarebbe poi così coplicato....Penso... |
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maia84
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 30 dicembre 2005 : 10:16:31
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| Ciao Giulia il programma è quello che chick80 ha utilizzato per ottenere la sequenza dell'albumina..poi ce ne saranno altri di cui non ricordo il sito... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 31 dicembre 2005 : 04:01:56
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Citazione:
Messaggio inserito da maia84
Chick80..ma le sonde mica sono costituite dall'intera seq. Se costruissi le diverse sonde corrispondenti ai primi 30 nt forse non sarebbe poi così coplicato....Penso...
Si, certo, hai ragione!
Comunque anche in quel caso ai qualche centinaio di possibilita'...
Ovviamente se sai ad es la struttura o la filogenesi della proteina allora e' diverso, perche' puoi andare a sondare zone conservate as es. |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2006 : 17:24:36
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Citazione:
Messaggio inserito da maia84
Chick80..ma le sonde mica sono costituite dall'intera seq. Se costruissi le diverse sonde corrispondenti ai primi 30 nt forse non sarebbe poi così coplicato....Penso...
Basterebbe creare delle sonde multiple e poi effettuare uno screening in una banca. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2006 : 21:29:05
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Per retro-tradurre una sequenza proteica ci sono tanti tools.. il metodo piu' flessibile credo che sia usare bioperl.
Oppure si puo' usare EMBOSS, che e' un pacchetto dell'ebi, e del quale ci sono alcune interfaccie web: http://bioinfo.hku.hk/EMBOSS/ |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 14:22:33
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Oppure si può usare questo modulo di perl: http://search.cpan.org/~mschwern/DNA-0.03/lib/DNA.pm , che traduce qualsiasi cosa in DNA  |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 14:37:56
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Scusate 1 osservazione:
hai 1 sequenza proteica, immagino che questa proteina sia di sintesi, quindi conosci anche l'organismo che la produce. Non sarebbe più semplice controllare se è già conosciuta la sequenza nucleotidica corrispondente...magari sull'NCBI trovi qualcuno che ha già sequenziato sperimentalmente il gene corrispondente...no?Così ti eviti tutto il probelma della retro-traduzione teorica.
Vi torna il ragionamento?
ciao ciao |
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bioalimentari
Nuovo Arrivato
Prov.: ce
Città: teano
36 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 15:53:50
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| è possibile farlo anche con il southern variano la strigenza dell'ibridazione, ma è complicato.in pratica tu dalla proteina risali all'mRna, mediante analisi dei codoni, dopo di chè utilizzi questa sonda di Rna che dovrebbe complementarsi al Dna presente sul filtro di nitrocellulosa.se si ha la coplementazione, quella sequenza di Dna codificava la tua proteina |
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Discussione |
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dalla sequenza amminoacidica a quella nucleotidica
Didattica
