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Saphira
Nuovo Arrivato




15 Messaggi

Inserito il - 21 agosto 2008 : 11:55:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Saphira Invia a Saphira un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti. Avrei bisogno di un aiuto per decifrare una relazione sull'ostrica americana.
Il problema è questo:

McDonald et al. (1996) esaminò le variazioni del locus CVJ5 nell’ostrica Americana, Crassostrea virginica. C’erano due alleli, L e S, e la frequenza del genotipo nella specie di Panacea, in Florida era 14 LL, 21 LS, e 25 SS. La stima della proporzione dell’allele L dai dati è 49/120=0.408. Usando la formula di Hardy-Weinberg e la proporzione stimata dell’allele, la proporzione attesa del genotipo è 0.167 LL, 0.483 LS, e 0.350 SS. Ci sono tre classi (LL, LS and SS) e un parametro stimato dai dati (la proporzione dell’allele L), quindi c’è un grado di libertà. Il risultato è un chi quadro=4.54. P=0.033, che è significativo a livello 0.05. Possiamo rifiutare l’ipotesi nulla che i dati verificano le proporzioni attese di Hardy-Weinberg.

Ma come viene fuori questo valore del chi quadro??'

Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 21 agosto 2008 : 13:10:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il chi quadro si calcola come sommatoria di (osservati-attesi)^2/attesi.

Quindi tu hai

Osservati (n=60)
LL = 14
LS = 21
SS = 25

Attesi
LL = 0.167 * 60 = 10.02
LS = 0.483 * 60 = 28.98
SS = 0.350 * 60 = 21

chi2 = (14-10.02)^2/10.02 + (21-28.98)^2/28.98 + (25-21)^2/21 = 1.58 + 2.20 + 0.76 = 4.54

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Saphira
Nuovo Arrivato




15 Messaggi

Inserito il - 21 agosto 2008 : 15:25:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Saphira Invia a Saphira un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vero, grazie mille. Ma che tipo di test chi quadrato è? So che ne esistono di 3 tipi:
1. Test della bontà dell'adattamento
2. Test per due campioni indipendenti
3. Test per k campioni indipendenti
E cosa significa P=0.033??
Grazie ancora
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 21 agosto 2008 : 15:59:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh io direi:
"1. Test della bontà dell'adattamento" (ma accetto smentite! )
visto che vai a valutare "quanto la tua ipotesi si adatta ai dati", cioè vai a vedere se i tuoi dati sono in equilibrio (ipotesi) comparandoli con i dati attesi.

P=0.033 significa che hai una probabilità del 3,3%

Qua trovi un po' di materiale che ti spiega il test del chi quadro utilizzato in genetica:
http://www.labfisbiol.unina.it/pages/Statistica/HTML/StatisL11/StatisL11.htm
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 21 agosto 2008 : 16:10:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Più precisamente p=0.033 vuol dire che hai il 3.3% di probabilità che le differenze fra i valori osservati e quelli attesi siano dovute al caso.


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Saphira
Nuovo Arrivato




15 Messaggi

Inserito il - 22 agosto 2008 : 08:39:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Saphira Invia a Saphira un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie a tutti. Quindi sarebbe corretto seguire la falsariga di:
http://it.wikipedia.org/wiki/Test_chi_quadrato_di_Pearson#Test_della_bont.C3.A0_dell.27adattamento
per il test della bontà dell'adattamento??
Poi scusate ma come viene fuori P=0,033 ???
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 22 agosto 2008 : 09:45:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hmmm... ti consiglio di comprare un bel libro di statistica....

Comunque sia, i valori p li trovi già calcolati su delle tabelle come:
http://www.sociology.ohio-state.edu/people/ptv/publications/p%20values/chi_table.jpg

Come vedi dalla tabella con 1 grado di libertà e chi2=4.54 hai 0.03<p<0.04

C'è ovviamente un modo per calcolarti questi valori in modo preciso, la cosa che si fa normalmente è usare un software statistico, ad esempio R ( www.r-project.org ).

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GT-V7
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 29 agosto 2008 : 10:12:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GT-V7 Invia a GT-V7 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao, io sono una profana psicologa, ma domani ho esattamente un esame di questo tipo... come diceva Chick, moltiplicando le frequenze teoriche relative (osservate) per la numerosità del campione, ottieni le frequenze assolute (attese) che porrai a ottrazione nel mumeratore e al demonimatore del chi quadrato...
ad 1 gl (in questo caso ci sono sempre 3 parametri, ad un al'fa do 0,05 il chi quadrato con cui confrontare il tuo test è sempre di 3.84. Nel tuo caso però il campione è piccolo... e, in genere per piccoli campioni è più affidabile il test di Fisher (test delle rpobabilità esatte) che si basa sulla distribuzione binomiale e calcola la probabilità di osservare l'evento...

perchè nessuno ripsonde al mio topic sull'unione di 2 popolazioni???

forse non ho solo ben capito com'è posto quel quesito...
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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2008 : 14:55:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
visto che c'era già una discussione aperta sul chi-quadro ho deciso di scrivere qua.
volevo fare una domanda che magari può essere stupida, ma è un problema che non riesco a risolvere.
se io ho dei dati relativi a 700 misurazioni in due gruppi di controllo divisi in tre categorie e confronto i due gruppi sui numeri grezzi mi viene un p value << 0.05, se invece confronto le percentuali delle due distribuzioni la differenza non risulta significativa...
dove sbaglio?
un esampio per farci capire
ctrl1 ctrl2
categoria 1 81(11.5%) 74(10.6%)
categoria 2 204(29.2%) 271(38.7%)
categoria 3 415(59.3%) 355(50.7%)

devo confrontare i valori relativi al controllo 1 con quelli del controllo 2...
il problema è: è meglio confrontare i dati ottenuti o le percentuali?e perchè viene così diverso il risultato?
grazie a chiunque mi risponda!

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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2008 : 14:57:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
postando il messaggio la tabella che avevo 'costruito' è venuta sfalsata...ci riprovo...speriamo!


categoria       ctrl1         ctrl2
 1             81(11.5%)     74(10.6%)
 2            204(29.2%)    271(38.7%)
 3            415(59.3%)    355(50.7%)
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2008 : 15:51:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho corretto il tuo messaggio, cmq per mantenere la formattazione (es. per le tabelle) racchiudi il testo fra [code ] e [/code] (senza spazi). Vedi http://www.molecularlab.it/forum/pop_forum_code.asp per maggiori info.

Per arrivare alla tua domanda:

Spiegami meglio cosa sono i vari valori... quali sono i valori attesi? Cosa confronti?

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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2008 : 17:28:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sto valutando la pesenza di segnali in determinate zone del nucleo, le categorie corrispondono alle diverse zone. ho valutato la presenza dei segnali nelle siverse zone in 7 controlli macshili (corrispondenti al controllo 1) e 7 controlli femminili (corrispondenti al controllo 2). per ogni soggetto di controllo ho valutato 100 nuclei, quindi 700 per i maschi e 700 per le femmine.

i valori attesi sono:
categoria 1: 77.5
categoria 2: 237.5
categoria 3: 385
uguali sia per il controllo 1 e 2 perchè hanno la stessa grandezza del campione (n=700 per entrambi).
il test del chi-quadro mantendo questi valori mi da:
chi-quadro= 14.442 2 gdl e p<0.000
se invece confronto le percentuale il p-value non viene significativo...(p=0.3)
non capisco l'errore...
non è corretto confrontare i dati "grezzi"? o non bisogna confrontare le percentuali?
grazie!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 01 settembre 2008 : 15:27:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devi fare il confronto fra i valori, non le % perchè il chi quadro è influenzato dal numero di osservazioni (+ osservazioni, + è preciso) mentre se usi le % la tua somma è sempre 100, indipendentemente dall'avere 10 osservazioni o 10000 osservazioni.

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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2008 : 09:17:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille!!!davvero!!
avevo intuito che fosse qualcosa che avesse a che fare col numero del campione!solo che sto inizando ora ad aver a che fare con la statistica (non solo quella degli esercizi per l'esame) e ho sempre paura di sbagliare qualcosa!
sei stato davvero gentile!
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