In realta' non credo ci sia un protocollo particolare da seguire, si tratta di fare una normale PCR con primer alleli specifici.
L'unica accortezza magari, e' quella di inserire un mistmatch nella terzultima base del primer allele specifico, per destabilizzarlo ulteriormente. MI spiego meglio:
1)
ATTGCTCCCATGATTTAGGAGATCACTATGATAC
¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦
GGTACTAAATCCTCTAGTG
2)
ATTGCTCCCATGATTTAGGAGATCAGTATGATAC
¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦X
GGTACTAAATCCTCTAGTG
Nonostante il mistmatch al 3' probabilmente la seconda PCR funzionerebbe lo stesso, impedendo quindi di discriminare i due alleli di interesse.
1)
ATTGCTCCCATGATTTAGGAGATCACTATGATAC
¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦X¦¦¦
GGTACTAAATCCTCTCGTG
2)
ATTGCTCCCATGATTTAGGAGATCAGTATGATAC
¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦¦X¦¦X
GGTACTAAATCCTCTCGTG
Di solito quindi si inserisce un mismatch extra, che non ostacola la prima PCR, ma va a rendere la seconda molto piu' improbabile.
ASO-PCR
Didattica
Inserito il - 15 settembre 2008 : 08:44:46
