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cla1981
Nuovo Arrivato
Prov.: Padova
Città: Padova
1 Messaggi |
 Inserito il - 17 settembre 2008 : 13:41:22
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ciao a tutti! sto cercando disperatamente da qualche parte una figura che riporti la sequenza COMPLETA del promotore del VEGF UMANO per verificare quali fattori di trascrizione si leghino ad esso. Ho provato a cercare in letteratura, ma incredibilmente non ho trovato nulla su uno dei geni più studiati al mondo! qualsiasi aiuto è bene accetto.
ciao! claudio
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claudio |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2008 : 23:07:14
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Bella domanda,
teoricamente dovresti usare uno dei cosiddetti 'genome browser'.
Disgraziatamente, malgrado gli sforzi, molti di questi programmi sono difficili da usare o hanno una grafica molto vecchia.
Prova a guardare su ensembl:
- http://www.ensembl.org
Metti il nome del tuo gene nella casella di ricerca, e poi nella lista clicca su 'Contig view' direttamente per accedere alla mappa delle features.
Qualcosa del genere:
- http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/contigview?l=6:43845926-43862202
Da 'Detailed view' fai click su 'Features' e seleziona quelle che ti interessano (credo che 'Regulatory regions').
Oppure puoi provare sul genome browser di ucsc:
- http://genome.ucsc.edu
Purtroppo adesso non mi viene in mente nessun tool ideale per quello che vuoi tu.
Fammici pensare un po'... |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 22 settembre 2008 : 17:37:57
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| Io scaricherei da UCSC le coordinate del TSS del gene di interesse e poi scaricherei la seq (sempre dal genome browser di UCSC, comodo e non troppo difficile da usare) li` attorno. Quanto la vuoi lunga dipende...in letteratura per gli eucarioti ultimamente va di moda fare -8000/+2000 rispetto al TSS, pero` boh. Occhio a eventuali geni li` attorno e seq.codificanti (alcuni sostengono che per le analisi sui binding site vadano tolte). Una volta che hai la seq poi boh...puoi cominciare a vedere dal sito di transfac cosa riesci a fare, oppure jaspar...noi abbiamo tool sviluppati da noi per queste analisi, purtroppo pero` non ancora disponibili al pubblico :/ |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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