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Zellolo
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
3 Messaggi |
 Inserito il - 11 gennaio 2006 : 19:11:33
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Ciao a tutti sono nuovo, ho trovato questo sito cercando materiale per il lavoro di un esame, e vorrei sapere dove posso trovare (cosa che non ho trovato): 3 proteine del cromosoma umano 9, le loro sequenze del gene, la sequenza codificante e quella del prodotto.
Sono stato su questo sito, che mi sembra molto completo http://www.ensembl.org dove però non so come muovermi.. ci sono troppi concetti a me sconosciuti.
Mi potreste aiutare? Grazie!
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2006 : 10:27:53
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| Per fare questo lavoro puoi usare tante banche dati, ma se ci dai piu' informazioni vedrai che qualcuno ti potra' aiutare. |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2006 : 10:54:37
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3 proteine a caso?
Io farei cosi:
Vai su Entrez Nucleotide e scegli "Map Viewer" nel riquadro "human genome", poi scegli il cromosoma 9.
Puoi poi zoomare ed "esplorare" il cromosoma.
Ad es, prendendo 1 proteina a caso: amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 1 (X11) puoi vedere tutte le info cliccando sul nome del gene (in questo caso ti porterebbe a questa pagina.
In questa pagina trovi un sacco di info, e in fondo alla pagina trovi "NCBI Reference Sequences (RefSeq)".
Li' trovi i link x sequenza e prodotto.
Ovviamente ci sono tanti altri modi di ottenere queste informazioni.
Su Ensemble puoi fare una cosa molto simile, cliccando "browse" sotto homo sapiens nella prima pagina. Poi scegli il cromosoma 9, zoomi etc etc.
Oppure vai su Google, cerchi qualcosa tipo "chromosome 9 protein" puoi trovare link come questo. Prendi il nome delle proteine, vai su Entrez Nucleotide o Entrez Protein e cerchi le sequenze.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2006 : 11:16:27
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| Da Ensembl, clicca sulla terza voce del menu giallo a destra, dove c'e' scritto 'Data Mining (BioMart)'. Da li', continuando ad andare avanti (cliccando su 'Next', ti trovi prima una pagina in cui scegliere quello che vuoi selezionare (filters) e poi una in cui scegliere il tipo di output (ti conviene cambiare da 'Features' a 'Sequences'. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Zellolo
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
3 Messaggi |
 Inserito il - 12 gennaio 2006 : 12:32:33
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| ok grazie a tutti! ora sono su NCBI e vedo di ambientarmi col sito.. speriamo bene! |
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Zellolo
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
3 Messaggi |
Inserito il - 22 gennaio 2006 : 13:29:30
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Altro problema: a questo indirizzo,
dovrei sapere capire su quale dei due filamenti di DNA è localizzato il gene NM_004753.
Inoltre chiederei§: che cosa sono gli esoni e gli introni? Come distinguo i due filamenti di DNA?
grazie! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2006 : 11:21:13
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Ciao, se cerchi con Ensmart trovi tutte le informazioni che chiedi.
Quello che hai linkato è il browser genomico di ucsc, che ti fa vedere tutte le informazioni disponibili su un tratto di genoma; però se ti interessa analizzare i trascritti, ti conviene usare un altro tool come appunto ensmart (mi disp. ma in questo momento non posso accedere a ncbi, anche lì cmq dovresti trovare quello che cerchi.
Il filamento di DNA in genere è solo una convenzione: si basa sul modo in cui il genoma è stato sequenziato ed assemblato.
Per quello che riguarda la domanda su esoni e introni: beh, negli eucarioti la maggior parte dei geni contengono lunghe sequenze non codificanti che vengono chiamate introni, mentre le sequenze che compaiono nel'mRNA maturo sono molto più piccole (~200bp) e vengono chiamate esoni[...]
ciao.. |
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