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George
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 06 maggio 2007 : 16:21:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di George Invia a George un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
vorrei chiedervi un aiuto per un problema che mi si è presentato.
Devo fare una ricerca sui microarray e in particolare sul clustering e sulla classificazione basata su metodi supervisionati. Sul clustering sono riuscito a trovare molte informazioni, ma sulla classificazione supervisionata non sono riuscito a trovare nulla. In particolare mi è stato chiesto di basarmi su T-text( scritto bene?).
Sapreste indicarmi dei siti dove reperire informazioni.
Ciao e grazie.

George
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 07 maggio 2007 : 18:10:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di George Invia a George un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
qualcuno risponda...please!!!
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Gst
Utente Junior


Prov.: Roma
Città: Ariccia


143 Messaggi

Inserito il - 08 maggio 2007 : 21:08:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gst Invia a Gst un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
George...rispondo io, ma nn credo ti sarà do molto aiuto la mia risp

Io sto facendo tirocinio in un lab in cui lavorano anche su microarray, peptide microarray con precisione, capisco cosa tu intenda con "classificazione basata su metodi supervisionati"

Mi dispiace nn poterti aiutare..., forse con qualke info in più......potrei esserti di aiuto!Proviamo...

Ascoltami con gli occhi...
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 08 maggio 2007 : 22:14:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In breve 'clustering supervisionato' significa che viene fatto un addestramento su dei dati dei quali si conosce già la classificazione prima di classificare i dati del campione da analizzare.

E' una procedura che assomiglia a quello che succede nei bambini piccoli quando gli si insegna a categorizzare le cose: per esempio, gli si mostra un gatto e gli si dice 'questo appartiene alla categoria dei gatti', e così via.
In bioinformatica, significa che tu parti avendo già una buona quantità di dati classificati in categorie ben precise: addestri un programma di intelligenza artificiale su di questi (reti neurali, algoritmi genetici, etc..), poi prendi dei dati sconosciuti, e chiedi all'algoritmo di classificarli in base alle somiglianze alle classi già conosciute (o in ogni caso, in base a qualsiasi ragionamento faccia l'intelligenza artificiale).

Si differenzia dal clustering non supervisionato perché quest'ultimo parte senza avere dei dati di esempio e delle categorie già definite: per esempio, immaginati di trovarti davanti ad un insieme di biglie e di poter scegliere come raggrupparle, per esempio in base al loro colore o alla loro dimensione.
Un esempio di clustering non supervisionato é quello del motore di ricerca clusty (http://clusty.com), che in seguito ad una ricerca su Internet, prende i risultati trovati e li classifica in base alle parole chiave più significative; sistemi simili sono utilizzati anche da altri motori di ricerca, come medline e hubmed per citarne due scientifici (dai lasciami fare un po' di spam... l'altro giorno ho scritto qualcosa a proposito sul mio blog (http://dalloliogm.wordpress.com/2007/04/27/ampliato-harvester/), anche se tratta l'argomento abbastanza brevemente).



Di documentazione su questo argomento ne puoi trovare finché vuoi... puoi cercare negli archivi delle FAQs nei gruppi it.comp.ia o comp.ai, oppure leggere qualche articolo scientifico, o consultare il sito di qualche gruppo che si occupi di intelligenza artificiale in Italia... purtroppo adesso vado un po' di fretta e non riesco a prepararti una linkografia come si deve :).

Chiedete pure se avete bisogno di sapere altro.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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bluevil
Nuovo Arrivato




17 Messaggi

Inserito il - 12 maggio 2007 : 18:44:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bluevil Invia a bluevil un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao,

come diceva dalloliogm, esiste una letteratura sconfinata su approcci di classificazione supervisionata su microarray. Ti riporto alcuni articoli e libri, tra i più significativi, che mi vengono in mente ora...man mano che li ricordo te li scrivo qui.

Libri:
Isaac S Kohane, Alvin Kho, Atul J Butte (2002), Microarrays for an Integrative Genomics

http://www.cbs.dtu.dk/mitbook/mitbook.php

http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0470021756.html

Articoli:

http://www.broad.mit.edu/mpr/lymphoma/

W Dubitzky, M Granzow, D Berrar (2002), "Data mining and machine learning methods for microarray analysis", in Methods of Microarray Data Analysis , eds. SM Lin, KF Johnson (Kluwer Academic), pp. 5-22.

W Dubitzky, M Granzow, D Berrar (2002), "Comparing symbolic and subsymbolic machine learning approaches to classification of cancer and gene indentification", in Methods of Microarray Data Analysis , eds. SM Lin, KF Johnson (Kluwer Academic), pp. 151-166.

L Guyon, J Weston, S Banhill, V Vapnik (2002), "Gene selection for cancer classification using support vector machines", Machine Learning, 46:389-422.

Kyu-Baek Hwang, Dong-Yeon Cho, Sang-Wook Park, Sung-Dong Kim, Byoung-Tak Zhang (2002), "Applying machine learning techniques to analysis of gene expression data: cancer diagnosis", in Methods of Microarray Data Analysis , eds. SM Lin, KF Johnson (Kluwer Academic), pp. 167-182.

(e un pò di spam...una cosina pubblicata di recente che ho scritto sull'argomento)
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1752-0509-1-S1-P70.pdf
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George
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2007 : 21:24:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di George Invia a George un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie per i preziosi aiuti che mi avete dato.
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Moloney
Nuovo Arrivato



111 Messaggi

Inserito il - 15 ottobre 2011 : 11:09:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Moloney Invia a Moloney un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusate se riprendo questo post vecchio, ma l'ho trovato e quindi mi pareva superfluo aprire un nuovo topic...
Ho una domanda che riguarda il clstering super e non-super con dati di espressione. Se io clusterizzo una lista di geni espressa in modo differente tra 2 gruppi, che ha passato già un test statistico e che differiscono di almeno TOT volte, che tipo di cluster è?
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Moloney
Nuovo Arrivato



111 Messaggi

Inserito il - 16 ottobre 2011 : 21:06:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Moloney Invia a Moloney un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nessuna idea?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11486 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2011 : 08:27:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Se io clusterizzo una lista di geni espressa in modo differente tra 2 gruppi, che ha passato già un test statistico e che differiscono di almeno TOT volte, che tipo di cluster è?


Dipende da che metodo di clustering utilizzi... e soprattutto cosa vuol dire che la lista di geni ha "passato un test statistico"?

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Moloney
Nuovo Arrivato



111 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2011 : 21:35:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Moloney Invia a Moloney un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
gerarchico agglomerativo, Correlazione di Pearson. Passato un test statistico intendo che la media del segnale dei geni tra i due set è significativamente differente.
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 18 ottobre 2011 : 15:50:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Moloney

[...] che differiscono di almeno TOT volte, che tipo di cluster è?



Non capisco cosa intendi con tipo di cluster. Esistono comunque delle metriche per stabilire quanto gli elementi appartenenti ad un cluster siano simili tra loro e differenti dagli altri cluster. Mi viene in mente i valori di silhouette (http://en.wikipedia.org/wiki/Silhouette_%28clustering%29)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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