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ElisabettaCardiff
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 Inserito il - 11 giugno 2009 : 11:00:56
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Ciao a tutti!!!
Allora, io sto analizzando dei canali ionici e per fare la PCR necessito di primers.
Visto che in letteratura non ho trovato primers adatti ai miei canali (o codificavano sullo stesso esone, quindi rischiavo di avere troppe bande) li ho disegnati con Primer3.
Ho fatto mille PCR e su diverse linee cellulari e i risultati erano sempre gli stessi. Gli stessi nel senso che l`immagine delle mie bande era proprio la stessa per diverse linee cellulari. Una bandad risultava troppo piccola rispetto al previsto e per quanto riguarda l`altro canale, beh, avevo piu` o meno una decina di bande.
Ho verificato possibili contaminazioni e non ce n`erano!
Insomma, primers da buttare!!!
Ora ne ho disegnati degli altri tramite Primer3 e controllandone la presenza su Ensembl, ma prima di ordinarli vorrei fare un controllo della specificita`.
Mi hanno detto di fare il Blast.
Sono andata su Pubmed, ma non ho ben capito che cosa devo fare e in cosa consta il Blast. Non e` che mi potreste dare delle delucidazioni in merito???
Grazie a chiunque avra` la pazienza di illustrarmi la via!
Elisabetta
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dallolio_gm
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dallolio_gm
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Inserito il - 11 giugno 2009 : 11:45:09
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| Blast essenzialmente é come un motore di ricerca.. inserisci una sequenza e ti dice se questa esiste giá nel database di quelle conosciute, se ne esistono di simili, e in quale posizione del genoma o in quale transcritti si trova. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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