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Discussione

biomanutech
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3 Messaggi

Inserito il - 12 giugno 2009 : 15:09:38

ciao a tutti!!
scusate ragazzi ma ho un forte dubbio sulla tecnica di immunoprecipitazione della cromatina su microarrays...
praticamente io usando un anticorpo specifico immunoprecipito il dna legato alla proteina di interesse e poi mediante digestione con proteasi ottengo il dna "nudo" a cui la proteina si era legata..
a questo punto su microarrays metto sonde costituite da frammenti genomici e faccio ibridare..
ma � come se mi sfuggisse qualcosa..cosa riesco a vedere con questa tecnica?solo il frammento cui era legata la proteina?e a questo punto qual � il vantaggio rispetto a una comune pcr?
grazie tante in anticipo!

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1912 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2009 : 09:44:58

Io ora onestamente non ho molto tempo... ma ti serve ad esempio per vedere con quale sequenza che si va a legare la tua proteina,ora ovviamente accanto si fa un controllo ossia la stessa procedura in assenza della proteina,non ho capito come lo faresti a vedere con la PCR
buona giornata e benvenuto su molecularlab

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2009 : 11:47:51

Citazione:
Messaggio inserito da biomanutech

cosa riesco a vedere con questa tecnica?solo il frammento cui era legata la proteina?

Si certo vedi solo il frammento a cui era legata la proteina, perch� � il pezzo di DNA che viene immunoprecipitato con la proteina.

Citazione:
Messaggio inserito da biomanutech

e a questo punto qual � il vantaggio rispetto a una comune pcr?

Il vantaggio � quello che puoi fare uno screening e vedere a cosa corrisponde il frammento che era legato alla proteina, se non sai nulla del frammento questo � l'unico modo. Per fare una PCR dovresti avere almeno un'idea di quale sia il frammento che si lega a quella proteina e che hai immunoprecipitato, altrimenti non potresti disegnare i primers per la PCR.

Per farti 2 esempi pratici:
- vuoi identificare la sequenza a cui si lega un fattore trascrizionale: fai una ChIP on chip e identifichi la sequenza di DNA
- vuoi valutare se in determinate condizioni un fattore trascrizionale si lega o no alla sua sequenza di DNA (conosci gi� la sequenza), oppure se si lega pi� o meno, fai una ChIP e poi la PCR o una PCR quantitativa.

biomanutech
Nuovo Arrivato

3 Messaggi

Inserito il - 17 giugno 2009 : 19:10:21

grazie ragazzi!
stamattina ho avuto un esame scritto sulle metodologie di laboratorio,e credo sia andato abbastanza bene..
grazie delle risposte!ci ero arrivato dopo alle funzioni del chip on chip..
avevo cercato di farla dagli appunti ma da come l'aveva spiegata il professore nn s capiva molto..
cmq grazie 1000!