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Autore Discussione  

emi24
Nuovo Arrivato



40 Messaggi
Inserito il - 22 maggio 2011 : 10:50:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di emi24 Invia a emi24 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti,
avrei bisogno di alcuni chiarimento:
1) nel whole genome shotgun dopo aver assemblato i contigs utilizzando la strategia delle "paired end" ed aver ottenuto gli scaffolds, come si fa ad asseblare gli scaffolds per ricostruire la sequenza genomica?
Bisogna utilizzare mappe fisiche o genetiche?

2) la fase di Finisching (per la chiusura dei gap dopol'assemblaggio dei contigs) viene fatta solo nel sequenzaimento WGS o anche nel Clone by Clone?

vi ringrazio

biocandy
Utente Junior

frangipani



370 Messaggi
Inserito il - 22 maggio 2011 : 11:12:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biocandy Invia a biocandy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://www.pesolelab.it/sections/05_Courses/04_AA2007-2008/02_GFLB/02_MatDid/g4a.pdf
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emi24
Nuovo Arrivato



40 Messaggi
Inserito il - 22 maggio 2011 : 11:51:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di emi24 Invia a emi24 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
conosco quelle slides ma...nn ho trovato cmq risposta ai miei interrogativi.
grazie cmq
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biocandy
Utente Junior

frangipani



370 Messaggi
Inserito il - 22 maggio 2011 : 12:40:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biocandy Invia a biocandy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
I gap di sequenza negli scaffolf possono essere chiusi mediante un ulteriore sequenziamento di quel frammento..quelli più difficili da chiudere sono i physical gaps perché rappresentano sequenze che non sono nelle clone libraries. I marcatori presenti in ogni scaffold sono quelli utilizzati per determinare la relativa posizione sulla mappa del genoma (quindi si utilizza una mappa genetica). Per esempio, se le posizioni degli STSs nella mappa del genoma sono note uno scaffold può essere posizionato andando a vedere quali STSs contiene.
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