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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2007 : 22:48:46
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Segnalo questo programma che sarà di aiuto a tutti i bioinformatici (e ai biologi svegli  ).
Si chiama taverna ed é scritto in java: http://taverna.sf.net .
L'idea di base é quella di aiutare il ricercatore nel mettere a punto un workflow (un protocollo) per il proprio progetto.
Se lo provate vedrete che sono già implementate le API per un sacco di programmi e servizi interessanti, come le e-utilities di entrez, emboss, BioMOBY (che non conoscevo), e diversi altri.
Teoricamente sarebbe diretto a ricercatori con poca esperienza di programmazione e di bioinformatica, ma io non sono d'accordo, perché bisogna conoscere lo stesso molti concetti abbastanza tecnici, come cos'è un indirizzo USA per una sequenza, come funzionano i vari programmi, etc..
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 19 gennaio 2007 : 12:16:20
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Lo conosci FreeMind ?
http://freemind.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page
Io sto usando quello da un po' di tempo, anche per lo sviluppo del sito...
Non mi trovo male.. |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 gennaio 2007 : 17:18:52
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eheh davvero funziona FreeMind?
E' da un po' che l'avevo intravisto nei repository di debian e mi piacerebbe provarlo.
Magari questa e' la volta che imparo ad usarlo.. |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2007 : 14:38:54
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Bhè è molto semplice..
Però è comodo per mettere tutto nero su bianco...
Per meglio strutturarsi gli impegni, le cose da fare, |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2007 : 22:23:52
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ma che so, una smemo, una quo vadis o una bella moleskine, no eh? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2007 : 08:29:41
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| semmai Retro Chic ; P |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 28 gennaio 2007 : 12:40:46
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Citazione:
Messaggio inserito da AleXo
ma che so, una smemo, una quo vadis o una bella moleskine, no eh?
eh, i soliti ricercatori sperimentali antiquati ;)
Scherzi a parte, una cosa del genere sarebbe utile anche per quelli che lavorano nei laboratori 'bagnati', dato che non ho mai visto uno scienziato a progettare un esperimento in maniera seria, a saperlo descrivere con un diagramma, e a studiarsi qualcosa che venga da altre aree scientifiche e non sia un articolo preso da pubmed . |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2007 : 21:24:35
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Beh dai, non generalizzare! Io ne conosco diversi!!
Sì che ci sono... ma purtroppo, non una maniera veramente organizzata.
L'ideale sarebbe mettersi d'accordo su uno standard, perché altrimenti se ognuno schematizza le cose a modo suo, é difficile metterle in ordine poi...
Immagina cosa sarebbe la ricerca se in ogni articolo, oltre alla descrizione dell'esperimento, fosse obbligatorio allegare anche uno schema che descriva in maniera sintetica il procedimento e i risultati.
Così, un buon programmatore (senza dover avere conoscenze tecniche troppo elevate), sarebbe in grado di mettere insieme dei bei ragionamenti senza troppo sforzo e senza perdere troppo tempo.
Con un po' di accortezza (e di matematica) é possibile anche identificare i possibili errori in maniera automatica e con una buona precisione.
E poi non ho mai capito perché nelle Università non fanno mai corsi di progettazione di esperimenti, magari rinunciando a qualche argomento di biologia o di una delle materie come psicologia ed economia che si fanno solo perché obbligatorie..
In fondo gli informatici studiano a lungo i metodi da utilizzare per organizzare un lavoro prima di iniziare a farlo in pratica, e hanno diversi linguaggi (come l'UML) che fissano le convenzioni da utilizzare per fare ciò.. |
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Taverna - creare workflow in bioinformatica
