Ciao, qualcuno mi sa consigliare un buon programma (e più intuitivo e immediato possibile) per fare i cluster di geni? In breve avrei bisogno di fare la heatmap col dendogramma. Grazie
Sicuramente R è il meglio che si possa utilizzare. Direi che però non rientra necessariamente nelle categorie "immediato e intuitivo"... D'altro canto i problemi di clustering non sono triviali.
Personalmente sconsiglio di gettarsi nel clustering senza avere almeno una base teorica di come funziona, come interpretare i risultati, come preparare i dati etc. in quanto si possono ottenere risultati discutibili...
Se questa base ce l'hai consiglio di scaricare R, magari insieme all'ottimo RStudio (che è la migliore interfaccia grafica per R sul mercato) e leggersi un po' di tutorial che troverai online sul clustering di geni.
Inoltre, un paio di libri interessanti che consiglio: "Exploratory Data Analysis with MATLAB" - Martinez and Martinez: ovviamente gli esempi sono in MATLAB, ma spiega bene la teoria "Cluster Analysis for Data Mining and System Identification" - Abonyi and Feil: nota che questo è un po' più tosto, ma i primi capitoli potrebbero esserti utili