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nonnaprog
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 Inserito il - 23 ottobre 2007 : 12:51:14
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Salve a tutti e ben ritrovati, sono in fase di tesi il mio progetto è quello di creare un programma in java che mi trovi all'interno di una miscela una determinata proteina.
per fare sta verifica faccio una differenza tra le intensità delle proteine e quelle delle miscele, siccome non sono mai le stesse ma variano di pokissimo la mia idea era di creare un intervallo di "resti" che contenesse quella differenza per studiare in che probabilità che la proteina sia contenuta in quella miscela...volevo sapere inoltre se qualcuno hai già affrontato dati raman.
Grazie anticipatamente della vostra disponibilità.
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dallolio_gm
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Inserito il - 23 ottobre 2007 : 15:07:49
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Cosa intendi per intensita' di una soluzione?
Che strumento viene utilizzato per misurare le due soluzioni? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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nonnaprog
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Inserito il - 24 ottobre 2007 : 12:40:02
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per la generazione dei dati si utilizza uno spettroscopio Renishaw Raman Micro-confocale.
in pratica nel monitor dell'oscilloscopio abbiamo il segnale periodco che identifica lo spettro raman con ordinate l'intensità data da I = numero d'onda * potenza del laser * scattering * numero di particelle presenti. sulle ascisse abbiamo invece l'energia data in cm-1.
questi dati lo spettroscopio Renishaw li da in formato txt. dentro il file txt ci sta una serie di numeri con cifre decimali che mi identificano in una colonna le energie e nell'altre le intensità:
proteina bsa
energia intensità
328382 434,343
584857 365,5895
ect.ect.
miscela mix1
energia intensità
328382 434,343
858588 483,4994
ect.ect
io devo verificare che la bsa sia contenuta nella mix1. e l'ho fatto. però non so con che probabilità la bsa è contenuta nel mix1. |
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dallolio_gm
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Inserito il - 24 ottobre 2007 : 13:00:26
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| non sono sicuro di aver capito bene il problema, ma secondo me ti devi creare prima una curva di calibrazione (prendere i valori di intensita' a diverse concentrazioni note di bsa, tipo 0.1 M, 0.2M, etc...) per poterti disegnare la funzione di distribuzione dell'intensita' della proteina in base alla concentrazione. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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nonnaprog
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Inserito il - 24 ottobre 2007 : 15:27:44
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| ok si c'avevo pensato anche io, ma ciò significa che dovrei avere molte prove sperimentali effettuate. perchè entrando nella statistica potrei utlizzare il metodo dei minimi quadrati. ma io non ho a disposizione molti dati riguardanti quella proteina. io ho una proteina ad esempio la bsa con i dati descritti prima e basta nn sono a conoscenza di altri dati relativi aquelal proteina. avevo provato a formulare qualcosa con gli intervalli di confidenza, ma mi trovo intervalli centrati su valori sbagliati. perchè i dati nn sono molto omogenei ho fatto una media dei valori e mi esce 0,4 quando analizzando i dati arrivo ad avere intensità con 0,9 e intenista con 0. quindi mi viene difficile trovare un intervallo preciso. ho provato con sigmaquadro ma nulla mi escono intervalli ristretti impossibili... |
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dallolio_gm
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Inserito il - 24 ottobre 2007 : 16:34:44
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La bsa é l'albumina del siero bovino, una proteina molto economica che viene utilizzata per un sacco di cose tra cui appunto la calibrazioni di spettrofotometri e altri strumenti (chick? Gfpina? altre persone più esperte? Help!  ).
Quindi se ti é possibile fai ripetere gli esperimenti a qualche laboratorio utilizzando lo stesso strumento, é una cosa che si fa quasi quotidianamente.
In teoria potresti trovare già qualcosa sulla curva di taratura della bsa su Internet, ma é bene lavorare su dati presi direttamente sullo strumento con cui si va a lavorare perché ogni macchinario si può comportare in maniera differente e inoltre le condizioni in cui vengono prese le misure (es. marche diverse di cuvette) possono cambiare.
Ci penso un po' e poi ti confermo se ti ho detto qualche stupidaggine o meno :) |
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nonnaprog
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Inserito il - 25 ottobre 2007 : 11:00:05
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sai dove potrei trovare queste curve di taratura? ci sta un sito particolare che tratta queste cose? ne ho trovato un o in inglese ma bisognava comprare un pacchetto per aver a disposizione i dettagli quindi ho rinunciato.
io non penso di avere tutta questa grazia per ripetere gli esperimenti, in quanto nell'uni dove sto io ci sta un'ambiente di competizione, non danno nulla se nn gli viene richiesto per via formale dal presidente della repubblica hihihi. quindi trovare qualcosa su internet sarebbe ottimo. |
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analisi di dati raman
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