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Autore Discussione  

darkene
Utente Junior

occhi


291 Messaggi
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:03:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di darkene Invia a darkene un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao ragazzi.
qualcuno conosce un tool online che mi permette di "allineare" la struttura terziaria di una proteina con un'altra o meglio con un database di strutture? devo trovare la funzione di una proteina e mi servono quanti più elementi possibili che mi indichino una direzione.

SilviaDT
Nuovo Arrivato

Prov.: Brindisi
Città: Brindisi


3 Messaggi
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:49:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SilviaDT Invia a SilviaDT un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
io ultimamente ho usato expasy...(con la p!!)
ti permette di vedere se nella tua proteina esistono dei domini conservati in base al confronto con proteine note del suo database...vedi un po'! ciao
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:52:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
T-coffee fa l'allineamento a livello di struttura di proteina, per esempio.

ha anche un ottimo manuale: http://bioportal.cgb.indiana.edu/docs/tools/tcoffee/t_coffee_doc.html in cui e' trattato l'argomento.

Cmq non e' un problema banale quello dell'allineamento di strutture: se cerchi su pubmed vedi che vengono pubblicati numerosi articoli sull'argomento e ci sono diversi approcci e diverse situazioni.

Poi un'altra domanda: chi ti assicura che l'allineamento strutturale sia una buona base per capire quale sia la sua funzione?
Forse anche un allineamento a pfam o prosite ti puo' dire quali sono i domini codificati nella proteina, e quella puo' essere una buona traccia.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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darkene
Utente Junior

occhi



291 Messaggi
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 21:26:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di darkene Invia a darkene un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
so già che domini ha la proteina. ho già fatto analisi con pfam e prosit. ma ho bisogno di altre info.
grazie comunque!
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 13 dicembre 2007 : 12:07:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
SSAP è un buon tool per l'allineamento strutturale, ma fa solo allineamenti a coppie, non allineamenti multipli:

http://www.cathdb.info/cgi-bin/cath/SsapServer.pl

Hai provato a vedere se i motivi che cerchi sono già catalogati in SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) o in CATH (http://www.cathdb.info/latest/index.html)???

Per gli allineamenti strutturali multipli esiste ClustalW-3D: non saprei dove trovare un server web, io l'ho uso da quel fantastico pacchetto di tool free che si chiama STRAP (http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=4419&SearchTerms=,strap)
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Bio-du
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:20:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bio-du Invia a Bio-du un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!qualcuno può spiegarmi cosa si intende per allineamento strutturale e come si realizza?
Grazie mille
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:50:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Qui trovi quello che cerchi http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_alignment

Poi come si realizza dipende dagli scopi.
Se hai una serie di sequenze da allineare ad uno o più strutture di riferimento puoi usare T-coffee (qui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21979275 trovi un esauriente articolo su come funziona).
Se invece hai già tutte le strutture 3D e le devi allineare io ho recentemente usato questo (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16736488) e devo dire che funziona piuttosto bene. Sarebbe in pratica la versione ad allineamento multiplo di DALI
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Bio-du
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 07 settembre 2012 : 17:59:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bio-du Invia a Bio-du un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille mi sei stato d'aiuto
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ventu
Nuovo Arrivato

L

Prov.: PD


30 Messaggi
Inserito il - 16 settembre 2012 : 16:41:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ventu Invia a ventu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao, puoi provare anche con Swiss Model che oltre a farti un allineamento tra strutture ti permette di fare anche analisi di vario tipo e con Phyre2 (su questo ti consiglio di registrarti così da poter usare la modalità esperto che ti da più opzioni di scelta). :)
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:25:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Però Phyre e SwissModel servono per fare homology modelling, essenzialmente. Nell'allineamento strutturale la struttura dovrebbe essere già nota o perlomeno validata.
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Bio-du
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 19 settembre 2012 : 10:12:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bio-du Invia a Bio-du un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille per tutte le delucidazioni
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