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kORdA
Utente Attivo

newkORdA
Prov.: Milano
Città: Monza


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Inserito il - 01 maggio 2013 : 20:32:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Qualcuno riuscirebbe a reperirmelo?
Citazione:
Lien S, Lowman HB. Therapeutic anti-VEGF antibodies. Handb Exp Pharmacol. 2008;(181):131-50. PubMed PMID: 18071944.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Patrizio
Moderatore

mago

Città: Vancouver


1900 Messaggi

Inserito il - 01 maggio 2013 : 22:12:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
fatto

PS:ho la nuova versione di PyMol ha qualcosa in piu' tipo quel plug in che ti dicevo (APBS)


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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2013 : 09:55:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille!!!

Probabilmente i PyMol nuovi avranno anche APBS integrato, io sono rimasto alla 0.99 perchè le successive sono troppo pesanti per l'utilizzo che ne faccio.

Il mio consiglio spassionato è di usare l'APBS tool per un'indagine esplorativa, giusto per vedere com'è distribuito il potenziale elettrostatico. Se poi invece ci devi fare un lavoro sprecherei un po' di tempo ad imparare Delphi (non è difficile, e mi sembra che oltre al software forniscano anche dei servizi web).

Non ho ben capito cosa stai indagando però, nella ricerca bibliografica x il mio prossimo paper, ho trovato un articolo vecchiotto ma che potrebbe interessarti, mandami un PM se non riesci a recuperarlo.

In pratica 'sti tizi (ndr Lowman è uno degli "inventori" dell'Avastin) hanno sviluppato un metodo per migliorare l'affinità di un recettore (un mAb) puntando sull'attrazione elettrostatica del ligando, invece che sull'interazione di binding in sè. In pratica hanno affinato la Kd giocando sulla Kon anzichè sulla Koff. Buona lettura, sia mai che possa suggerirti qualche idea.

Citazione:
Biochemistry. 2003 Jun 17;42(23):7077-83. PMID: 12795603
Redesigning an antibody fragment for faster association with its antigen.
Marvin JS, Lowman HB.

Traditional approaches for increasing the affinity of protein-protein complexes
focus on constructing highly complementary binding surfaces. Recent theoretical
simulations and experimental results suggest that electrostatic steering forces
can also be manipulated to increase association rates while leaving dissociation
rates unchanged, thus increasing affinity. Here we demonstrate that electrostatic
attraction can be enhanced between an antibody fragment and its cognate antigen
through application of a few simple rules to identify potential on-rate
amplification sites that lie at the periphery of the antigen-antibody interface.


http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


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Inserito il - 03 maggio 2013 : 00:09:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
gli anti VEGF GNE sono gli anticorpi + atipici del pianeta...

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2013 : 09:04:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da AleXo

gli anti VEGF GNE sono gli anticorpi + atipici del pianeta...



Tu dici? Forse l'anticorpo intero, ma il Fab strutturalmente mi sembra un modello esemplare tra tutti i complessi Fab::Ag che ho analizzato.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


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Inserito il - 06 maggio 2013 : 22:50:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non so dirti per questa cosa in particolare, non me ne sono mai occupato, ma in generale si, Avastin e compagnia sono anticorpi atipici. Spaziando da effetti in vivo (pk/pd), particolare Kon, espressione e stabilita' e anche ad es. da come sono stati umanizzati...

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


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Inserito il - 07 maggio 2013 : 09:45:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
quando dici particolare Kon mi si è acceso in testa un faro alogeno... Cosa intendi dire? Hai qualche ref in particolare da suggerirmi, oltre al paper che ho menzionato? Sarei molto moltissimo stra-mega-interessato a questo dettaglio in particolare (meglio ancora se si parla anche di Koff o di Kd)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


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Inserito il - 08 maggio 2013 : 20:55:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, io queste info le so da insider, avendoci anche lavorato su, non so bene quanto sia pubblico o quanto possa divulgare.

Gli effetti della Kon sull'attivita' in vivo dell'anticorpo sono veramente drammatici. Generalmente, la Kon e' abbastanza boring ed uguale per tutti gli anticorpi "buoni".

Avastin e lucentis invece sono generalmente lentissimi, sopratutto il secondo.... alcune varianti di G6 invece ha una kon che e' praticamente un muro.

In questo paper di regeneron, vengono comparati gli anticorpi GNE vs. VEGF trap
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3338918/
ha generato molto casino, soprattutto perche' i loro risultati (affinita'/attivita') sono diversi dal solito ed usano un sistema dove VEGF trap ha un bias in loro vantaggio. Sono sorpreso che il paper di risposta della genentech non sia ancora fuori, era gia' quasi pronto per la pubblicazione mesi fa.

Ti linko altri paper che potresti trovare interessanti, non so se li hai gia' letti.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19252851
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16373345
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18234994


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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


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Inserito il - 09 maggio 2013 : 09:14:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Materiale prezioso...

io ci sto lavorando tutt'ora sul bevacizumab. Mi vergogno un pochino di avere adottato un case study stravecchio del 1999 come questo

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10543973

Però qui hanno fatto un po' di affinity maturation in vitro partendo dal Fab-12 e hanno misurato Kon e Koff, da cui ci si calcola le Kd.

Quello che vedo dalle mie simulazioni è che trovo una buona correlazione tra Kd ed entalpia o tra Kd ed entropia conformazionale. Solo che queste correlazioni vanno in controtendenza (ie migliore affinità = peggiore entalpia e maggiore rigidità del Fab). L'unica spiegazione potrebbe risiedere nel fatto che la variazione di energia libera venga compensata da un miglioramento nell'entropia di solvatazione (ovvero un displacement dell'acqua durante il binding con l'antigene), solo che da un punto di vista computazionale è particolarmente rognoso fare un calcolo del genere.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
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Inserito il - 10 maggio 2013 : 14:11:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da AleXo

In questo paper di regeneron, vengono comparati gli anticorpi GNE vs. VEGF trap
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3338918/
ha generato molto casino, soprattutto perche' i loro risultati (affinita'/attivita') sono diversi dal solito ed usano un sistema dove VEGF trap ha un bias in loro vantaggio. Sono sorpreso che il paper di risposta della genentech non sia ancora fuori, era gia' quasi pronto per la pubblicazione mesi fa.



Beh, qualche dubbio mi era sorto già comparando il lavoro di Chen (PMID:10543973) e quello di Muller (PMID:9753694) dove i valori di Kd per Fab-12 non mi tornavano nonostante gli autori avessero riciclato lo stesso protocollo Biacore. Sul paper che mi hai girato non ci posso fare molto però, perchè a me servirebbero più valori di Kd per più mutanti ottenuti da maturazione di affinità (e là menzionano solo bevacizumab e ranibizumab).

L'altro papero che disquisisce su Ab alternativi (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16373345) lo conoscevo, ma in quei casi la situazione si complica ancora di più (per me intendo) perchè l'epitopo mappa a cavallo dell'omodimero e non su un singolo protomero del VEGF, configurando un'interazione a 4 punti (le due catene dell'Ab e le due dell'Ag, un casino immane!).

In ogni caso, AleXo, grazie ancora di cuore...

Per quanto riguarda invece http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19252851 purtroppo non riesco a reperirlo, quindi mi appello al primo post di questo thread che qualche anima pia venga in mio soccorso di nuovo...

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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AleXo
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OrniAle

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Inserito il - 10 maggio 2013 : 20:55:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mandato! non puoi farli tu i mutanti?

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

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Inserito il - 11 maggio 2013 : 13:47:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In silico si, in wetlab no (perlomeno non abbiamo collaborazioni in questo senso con gli sperimentali attualmente)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


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Inserito il - 13 maggio 2013 : 17:17:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sicuramente i dati ci sono in house, dubito che Genentech li "shari"... anyway, qualsiasi lab con un minimo di esperienza bio mol dovrebbe riuscire a fare sti mutanti.

come sistema modello avrei usato herceptin o rituximab, ma prob i dati che cerchi non sono pubblicati anyway.
(ma c'e' una pletora di anti cd20 in giro...)

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

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Inserito il - 14 maggio 2013 : 09:12:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok, ragguaglio il mio capo. Per il momento va bene così, sono in sottomissione del paper alla fine del mio assegno.

Sarei poco propenso a far partire nuovi calcoli per espandere il mio dataset. In fondo una ventina di mutanti pubblicati li ho già fatti, non sono tantissimi ma bastano per il momento.

Lo metto nelle cose da fare (prob non sarò io che le farò, sigh), grazie ancora...

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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