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morgana83
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44 Messaggi

Inserito il - 09 marzo 2010 : 17:24:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana83 Invia a morgana83 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, sto studiando i polimorfismi ma ho un dubbio: se voglio genotipizzare un paziente, perchè nel caso del VNTR faccio una semplice PCR e nel caso dell'RFLP devo anche fare la digestione enzimatica? cioè, ho capito che nel caso dell'RFLP il mio enzima di restrizione mi riconosce il sito di restrizione e se presente andrà a fare il taglio in quel punto, e otterrò frammenti di diversa lunghezza. Mentre il VNTR deriva da sequenze ripetute in tandem, quindi facendo soltanto la PCR io vedo direttamente la lunghezza...?cioè, l'enzima di restrizione non avrebbe nulla da tagliare, è per questo che non si usa??
grazie in anticipo!!!

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 09 marzo 2010 : 19:33:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmmm sinceramente non capisco quale sia il tuo dubbio visto che nella tua domanda c'è già la risposta a quello che chiedi!
Comunque provo a spiegartelo da capo:
RFLP (restriction fragment length polymorphism) viene alterato un sito riconosciuto da un enzima di restrizione, ad es. GAATTC (riconosciuto da EcoRI) muta in GACTTC
tu fai la PCR e hai una banda che sarà uguale (stessa lunghezza) nei due casi, non puoi riconoscerla su gel. Ma se tagli con EcoRI nel primo caso osserverei 2 bande perchè l'enzima taglia, nel secondo caso invece non hai taglio e vedi una banda unica quindi li distingui.

VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) sono sequenze ripetute in tandem e possono avere una lunghezza diversa quindi basta una semplice PCR per distinguerli su gel in base alla lunghezza dell'amplificato. Il taglio con un enzima di restrizione sarebbe del tutto inutile perchè non è un RFLP, cioè non è un sito di restrizione che varia, ma la lunghezza della sequenza.

Sono 2 cose completamente diverse.
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morgana83
Nuovo Arrivato



44 Messaggi

Inserito il - 09 marzo 2010 : 19:56:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana83 Invia a morgana83 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ahh ho capito...mi sfuggiva il fatto che, nel caso dell'RFLP, dopo la PCR su gel vedo frammenti della stessa lunghezza, ed è per quello che si fa la digestione enzimatica...
Avrei un'altra domanda: l'elettroforesi su gel verticale, oltre ad occupare meno spazio rispetto al supporto orizzontale, ha qualche altro vantaggio? in che modo influisce nella polimerizzazione?
grazie GFPina
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