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biotech
Utente Junior

Prov.: Padova
Città: Padova


170 Messaggi

Inserito il - 05 ottobre 2004 : 12:33:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biotech  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biotech Invia a biotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Come funziona esattamente la spettrometria di massa? Cioè: come si analizza lo spettro. Grazie

http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11260 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2004 : 18:57:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Wow! Non c'è la domanda di riserva?
A parte gli scherzi, in pratica lo spettrometro di massa funziona approssimativamente in questo modo:
1) inserisci il campione da analizzare nello strumento
2) il campione viene, con diversi metodi spezzato in diverse parti che sono ionizzate
3) hai un analizzatore che separa i frammenti secondo il rapporto m/q (massa / carica).

Nello spettro hai sulle x m/q e sulle y l'entità del segnale... (più è alto il picco più frammenti con quel rapporto m/q avevi).
Ora, ogni molecola ha un suo spettro particolare che dipende essenzialmente da a) la formula del composto e b)il metodo di ionizzazione usato (i più comuni sono MALDI ed elettrospray, cerca su Google, trovi un sacco di info).
Se stai facendo un'analisi di routine, tipo controllo qualità, ti basta confrontare lo spettro con quello di uno standard.
Se invece non sai cosa sia la tua molecola, le cose sono un po' più complesse.
Ad es. se hai usato la MALDI sai che questa tecnica dà solo ioni monocarica, quindi m/q=m.
Guardando il picco più alto dovresti riconoscerlo come lo ione molecolare, che quindi ha il peso della tua molecola. Poi si può guardare, ad es. se ci sono picchi M-15 che corrispondono alla perdita di un CH3 etc. etc. etc.
La cosa è anche più complessa nel caso dell'elettrospray, che dà ioni multicarica.
In questo caso infatti più frammenti diversi possono avere lo stesso m/q: si ricorre quindi ad una deconvoluzione (fatta dal computer) per ottenere uno spettro più leggibile.
Sinceramente, non è così semplice spiegare tutte le varie possibilità così in poche righe... comunque se vuoi qualche altro chiarimento chiedi pure!

nICO

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biotech
Utente Junior

Prov.: Padova
Città: Padova


170 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2004 : 14:26:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biotech  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biotech Invia a biotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quindi tu prendi l'entità del segnale la moltiplichi per la carica ed hai la massa (se ci sono ioni multicarica). Come fai a capire quanti ioni multicarica ci sono in un picco?

http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11260 Messaggi

Inserito il - 12 ottobre 2004 : 20:22:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non guardi l'entità, ma l'ascissa.
Es. se hai un segnale a 148 e pensi sia lo ione molecolare monocarica (ad es. perchè è il più rappresentato in una MALDI) sai che la molecola pesa 148. Se fosse uno ione bicarica, il picco sarebbe 74.
Degli spettri multicarica, come già ti dicevo, prima si va a fare la deconvoluzione, che semplifica molto lo spettro e ti permette di capire il peso della molecola.
Comunque se vuoi info più precise prova a guardare questo link (è un file .doc un po' grande, 900Kb):
http://www.farmacia.unisa.it/personale/docente/casapullo/Appunti_di_spettrometria_di_massa.doc

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roselady
Nuovo Arrivato

Prov.: Napoli
Città: napoli


104 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2012 : 20:01:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roselady Invia a roselady un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
so che questo post è molto vecchio,non so se le risposte ulteriori si possano ancora leggere,ma potrei sapere per quale motivo nel maldi si generano ioni monocarica e nell'esi multicarica? scusate se ho fatto male a chiedere qui proprio :/
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cidsmoke
Utente Junior



534 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2012 : 20:06:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cidsmoke Invia a cidsmoke un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non è detto che nella MALDI si generino solo ioni monacarica..
A parte questo, nell'ESI il composto da analizzare è GIA' ionizzato in soluzione prima ancora di inserirlo nello spettrometro,inoltre la preparazione prima dell'analisi incide molto..
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germy
Nuovo Arrivato

444



74 Messaggi

Inserito il - 04 aprile 2012 : 12:06:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di germy Invia a germy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve.... nonostante di un post di parecchi anni spero in un vostro aiuto...
Non riesco a capire innanzitutto due cose:

1-Come facciamo a stabilire ad esempio con l'utilizzo di MALDI che si verranno a creare ioni monocarica?!

2- Utilizzando per esempio ESI come faccio a capire quali sono gli ioni monocarica rispetto a quelli che presentano più cariche essendo comunque sempre la stessa molecola? e inoltre come s riflette tutto ciò all'interno di uno spettro dove potrei avere una innumerevole quantità di frammenti diversi!?

Aiutooooooooooooooooooooooooooooooooo
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3818 Messaggi

Inserito il - 04 aprile 2012 : 12:53:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
1) Con MALDI si generano ioni monocarica e al massimo una piccola frazione di bi- e tricarichi. C'è poco da stabilire, funziona cosi'.

2) La tecnica di ionizzazione ESI comporta effettivamente una pletora di ioni di diversa m/z per OGNI frammento di massa m. Questo gruppo di frammenti si distribuisce secondo una gaussiana, il cui picco più alto è lo ione m/z che si forma con maggior frequenza. Qual è questo?
Se ricordo bene in ESI si assume che un peptide acquisisca una carica ogni 10 aa. Se percio' il peptide e' composto da 100 aa il picco più alto sara' quello che vede il peptide possedere una carica +10. Altri gradi di ionizzazione sono pero' possibili e probabili: avrai due picchi un po' più bassi, a destra e sinistra del massimo, con carica rispettivamente +9 e +11. E accanto ad essi, ancora più bassi, gli ioni +8 e +12 e cosi' via. Lo ione monocarica potrebbe esser cosi' improbabile, perché appunto il frammento consta di molti aminoacidi, che potrebbe persino risultare non rilevabile dallo strumento e mancare dal tuo spettro.

Per intenderci, il risultato è questo:



(il numero accanto alla A sta per le cariche portate dallo ione)

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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germy
Nuovo Arrivato

444



74 Messaggi

Inserito il - 05 aprile 2012 : 18:00:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di germy Invia a germy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie! sei stato illuminante! tra l'altro questa identica immagine l'ha utilizzata anche la prof a lezione.
ok questo è chiaro ma ora vorrei avanzarti una nuova questione :

Quando vado ad effetturare l'esperimento di TANDEM MS o MS/MS a partire da un peptide ottengo una serie di frammenti. Ok, quello che mi chiedo è:

1- Lo spettrometro è in grado di dirci direttamente la tipologia di frammenti che si ottengono nella camera di collisione tipo b/y oppure a/z e c/x? e se lo spettrometro non è in grado di dircelo come saremmo noi in grado di scoprirlo!?

2- Come faccio a risalire ad una sequenza aminoacidica se non conosco il peptide d'origine? In questi casi basta semplicemente effettuare le digestioni enzimatiche mirate quindi fare esperimenti di MS e MS/MS per poi passare a database che mi permettano di identificare la proteina e quindi la sequenza?

3- In uno spettro ad esempio ESI come quello che hai inserito la carica in alto sui picchi è inserita dallo spettrometro o si calcola a parte con la formuletta della deconvoluzione?

Thanks!!!!




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chim2
Utente Attivo

Death Note



2093 Messaggi

Inserito il - 05 aprile 2012 : 19:11:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chim2 Invia a chim2 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
se ti servono anche gli esercizi ti posso linkare questo http://farmacia.unich.it/chimorg/didattica/mfc/index.htm
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3818 Messaggi

Inserito il - 05 aprile 2012 : 22:03:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da germy

Grazie! sei stato illuminante! tra l'altro questa identica immagine l'ha utilizzata anche la prof a lezione.
ok questo è chiaro ma ora vorrei avanzarti una nuova questione :

Quando vado ad effetturare l'esperimento di TANDEM MS o MS/MS a partire da un peptide ottengo una serie di frammenti. Ok, quello che mi chiedo è:

1- Lo spettrometro è in grado di dirci direttamente la tipologia di frammenti che si ottengono nella camera di collisione tipo b/y oppure a/z e c/x? e se lo spettrometro non è in grado di dircelo come saremmo noi in grado di scoprirlo!?

2- Come faccio a risalire ad una sequenza aminoacidica se non conosco il peptide d'origine? In questi casi basta semplicemente effettuare le digestioni enzimatiche mirate quindi fare esperimenti di MS e MS/MS per poi passare a database che mi permettano di identificare la proteina e quindi la sequenza?

3- In uno spettro ad esempio ESI come quello che hai inserito la carica in alto sui picchi è inserita dallo spettrometro o si calcola a parte con la formuletta della deconvoluzione?

Thanks!!!!








Seppure di fretta:

- da quel che mi ricordo alcune metodiche di frammentazione producono un certo tipo di ione rispetto ad altri, es. b/y, i più informativi;

- lo spettrometro è uno strumento favoloso anche perché consente di stabilire l'identità di peptidi ignoti, sia grazie al peptide mass fingerpringting (la sequenza aminoacidica dev'esser già presente nel database) sia per mezzo del peptide mass sequencing (ed in questo caso si può identificare una proteina non ancora descritta). Cerca sul forum queste due metodiche, sulla prima ho scritto un post ricco di dettagli, sull'altra tecnica altri utenti si sono dilungati in eccellenti spiegazioni;

- la carica si può stabilire per deconvoluzione (per strumenti meno sensibili, come il vecchio MALDI-ToF) oppure determinando la distribuzione isotopica (cosa un po' complicata da spiegare, se proprio ti serve proverò a far luce). In entrambi i casi credo proprio lo strumento faccia tutto da se, mediante la parte di software.


So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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