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Tag   bioinformatica    algoritmo needleman-wunsch    allineamento globale  Aggiungi Tag

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LadyA.
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2 Messaggi

Inserito il - 30 luglio 2014 : 22:53:10  Mostra Profilo Invia a LadyA. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve so che esistono già 2 discussioni sull'argomento ma non sono riuscita a capire da quelle discussioni. Volevo chiedervi come si calcola il punteggio per costruire una matrice con l'algoritmo NW, non capisco proprio come riempire le caselle. Il nostro prof all'orale chiede spesso di disegnare una matrice e trovare l'allinemento con NW
http://www.federica.unina.it/scienze-biotecnologiche/biotecnologie-cellulari-e-molecolari/algoritmi-dinamici-di-allineamento/



questo è il corso del mio prof, ho visto che nella altre discussioni c'era anche questo esempio , su internet ho cercato ovunque ma sono confusa, so che devo riempire la matrice partendo dal margine inferiore destro e andare verso sinistra, non ho capito come addizionare per avere i punteggi. Inoltre molte lezioni spiegano che questo tipo di algoritmo divide la sequenza in sottosequenze, ma come.
Io ho il valle ma non si capisce nulla, non spiega questo algoritmo in pratica e nemmeno dalle lezioni del prof.



in questa matrice io mi trovo fino alla seconda riga dal margine inferiore destro, poi mi perdo, perchè al 3° quadratino dal basso (GC) viene dato il valore di 0, non dovrebbe essere 2, ossia il valore maggiore della riga precedente? Se avessimo avuto un match sarebbe stato 3, perchè invece è zero? Devo seguire un percorso particolare?,invece che riempire le colonne consecutivamente?? Aiuto per favore mi sto esaurendo. Grazie in anticipo.

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 01 agosto 2014 : 19:40:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:

in questa matrice io mi trovo fino alla seconda riga dal margine inferiore destro


Citazione:

al 3° quadratino dal basso (GC) viene dato il valore di 0, non dovrebbe essere 2


Purtroppo non ho capito a quale quadratino ti riferisci (a quello della prima riga dal basso?!)

Guarda il quadratino in viola. Quello sarà uguale al valore più grande di quelli segnati in verde a cui va aggiunto +1 se c'è il match. Per compilare la tabella si parte dall'angolo inferiore destro e si scorre verso sinistra. Questa tabella è stata compilata fino al quadratino rosso (che è 6 perchè il numero più grande di quelle arancio è 5 +1 per il match C-C).
La prima riga dal basso ovviamente a tutti 0 e 1 perchè se provi a evidenziare le righe da cui derivano esci fuori dalla tabella.
(Non so se sono stato chiaro)

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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LadyA.
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2 Messaggi

Inserito il - 01 agosto 2014 : 19:46:01  Mostra Profilo Invia a LadyA. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie della risposta , alla fine per fortuna ci sono arrivata da sola, in pratica devo vedere qual è il valore più alto nella colonna e riga in basso a destra, quella evidenziata in giallo.
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