Glossario: RE
Vettore
Nelle tecniche di DNA ricombinante un plasmide un batteriofago o altro elemento di DNA con capacita' di replicazione autonoma in cui e' stato inserito del DNA estraneo (inserto). Con il vettore viene replicato anche l'inserto che puo' pertanto essere moltiplicato (clonato) e successivamente recuperato per svolgere tutte le analisi del caso. Un vettore deve contenere uno o piu' siti di restrizione geni che conferiscano un qualche carattere fenotipico alle cellule destinate a ospitarlo (formazione di placche resistenza ad un antibiotico o ad un farmaco ecc.) e essere capace di replicazione autonoma in tali cellule.
Valore predittivo
In un test percentuale dei positivi al test che sono veri positivi (valore predittivo positivo VPP) oppure percentuale di persone con test negativo che sono veri negativi (valore predittivo negativo VPN). In una tavola di contingenza 2x2 VPP=a/a+b VPN=d/c+d. Il VP di un test e' determinato oltre che dalla sua sensibilita' e specificita' anche dalla probabilità a priori di essere portatori della malattia.
Tono vascolare
Il vaso sabguigno (arteria o vena) ha una parete muscolare ed elastica. il tono vascolare è lo stato di "contrazione di base" della parete del vaso stesso
Test di prestazione
Uso di test ciechi per determinare se i laboratori clinici possono effettuare correttamente un'analisi. Abitualmente i campioni utilizzati per il test sono forniti da una organizzazione indipendente rispetto ai laboratori che effettuano le analisi.
Test di predisposizione
Test per identificare una condizione di particolare suscettibilita' dell'organismo a sviluppare un carattere o una data malattia. Non tutte le persone con un risultato positivo manifesteranno pero' quel carattere o quella data malattia.
Terapia antiaggregante
Terapia che si oppone al trombo ostacolando l'aggregazione delle piastrine
Sviluppo pre-clinico
Studi di laboratorio (in vitro ed in vivo) che precedono la sperimentazione sull’uomo.
Screening genetico
Intervento diagnostico a livello di popolazione per l'identificazione di soggetti ad elevato rischio di presentare una particolare malattia o di trasmetterla alla discendenza.
Screening
Vagliare, setacciare. Esaminare una popolazione per quanto riguarda certi parametri
RNA nucleare piccolo (snRNA)
Tipo di RNA di piccole dimensioni presente nel nucleo delle cellule eucariotiche. Le molecole di snRNA si trovano associate a specifiche proteine nucleari a formare le ribonucleoproteine nucleari (snRNP) che rivestono un ruolo importante nelle funzioni nucleari (per esempio una di esse U1 agisce come sequenza guida esterna per facilitare la corretta rimozione delle sequenze introniche dai precursori dell'RNA messaggero).
RNA interference (siRNA)
Gli siRNA (dall'inglese short interfering RNA, RNA interferente breve) sono brevi molecole di RNA a doppio filamento in grado di avviare il meccanismo cellulare della RNA interference. Sono infatti in grado di reclutare il RISC (RNA interference silencing complex), attraverso il quale selezionano specifici mRNA da avviare alla degradazione.
Altre informazioni: vedere oligodeossinucleotidi (ODN)
RNA eterogeneo nucleare (hnRNA)
Lunga molecola di RNA a singolo filamento che costituisce il prodotto primario della trascrizione (trascritti primari) nel nucleo cellulare degli Eucarioti. Il trascritto primario prima di passare nel citoplasma va incontro a un processo di maturazione comprendente diverse modificazioni chimiche e strutturali: aggiunta all'estremita' 5' di un cap o cappuccio rimozione degli introni (splicing vedi) e aggiunta all'estremita' 3' di una coda di poliadenina (AAAA...). Il trascritto primario viene cosi' trasformato in mRNA maturo.
Rischio relativo
In epidemiologia misura dell'associazione tra fattore di rischio e malattia: rapporto tra l'incidenza della malattia nei soggetti esposti e nei non esposti (A/A+B)/(C/C+D). In particolare per i test genetici misura il rischio di malattia in soggetti con test positivo o con specifico marcatore (Vedi tabella di contigenza).
Riparazione del DNA (DNA repair)
Correzione attraverso vari meccanismi dei danni alla doppia elica del DNA proovocati da agenti chimici o fisici o di errori della replicazione. La riparazione dell'integrità strutturale del DNA può ripristinare l'informazione genetica corretta oppure determinare una mutazione. Sinonimo:Riparo.
Rimodellamento ventricolare Sx
Quando il V Sx, a causa di un infarto, perde una parte del suo tessuto vitale, la parte vitale e funzionante rimasta, si "rimodella" per contrarsi più efficacemente.
Retrovirus
Virus ad RNA il cui genoma e' costituito da RNA a singolo filamento comprendente le seguenti regioni: al 5' una sequenza regolativa (LTR); i geni (GAG) per le proteine strutturali; il gene (POL) per la trascrittasi inversa; i geni (ENV) per le glicoproteine di superficie; un'altra sequenza regolativa al 3' (LTR). Non appena le particelle virali penetrano nella cellula la trascrittasi inversa produce un DNA il quale e' copia dell'RNA del genoma virale. Tale DNA una volta integrato nel genoma della cellula (provirus) la induce a produrre RNA e proteine necessari per l'assemblaggio di nuove particelle virali.
Retrotrasposone
Tipo di trasposone che si integra nel genoma con un meccanismo che implica un processo di trascrizione inversa.
Retrotrascrizione
Processo di trascrizione dell'RNA in DNA complementare ad opera dell'enzima trascrittasi inversa.
Restenosi
Recidiva di stenosi (= restringimento)
Resistenza agli antibiotici
Modificazioni avvenute nelle strutture genetiche dei microbi tali da proteggere gli stessi dall’azione di antibiotici attivi prima dell’avvenuta modificazione. Si parla di multiresistenza o resistenza multipla in relazione a microrganismi resistenti a più classi di antibiotiche.
Replicazione semi-conservativa
Meccanismo di replicazione del DNA a doppia elica in cui ciascuna delle due doppie eliche neoformate contengono un filamento proveniente dalla doppia elica genitrice e un filamento neosintetizzato complementare al primo.
(Nel sito: Struttura DNA)
Recessivo (Carattere)
Carattere ereditario espresso solo negli individui omozigoti per il gene che lo controlla.
Reazione a catena della polimerasi
Vedi PCR.
Prevalenza
In epidemiologia corrisponde al quoziente (o tasso) ricavato ponendo al numeratore il numero di persone che in una popolazione sono affette da una certa malattia in un determinato intervallo o punto temporale e al denominatore il numero totale di persone della popolazione considerata. La prevalenza fornisce tutti i casi di malattia vecchi e nuovi a differenza dell'incidenza (vedi) ed e' un valido indicatore sanitario per le patologie croniche di lungo decorso.
Predisposizione genetica
Aumentata suscettibilità dipendente dal genotipo ad uno o più loci a sviluppare una specifica malattia; perchè questa si manifesti è spesso necessario anche il concorso di fattori ambientali.
Portatore
Individuo eterozigote per un gene recessivo e che percio' puo' trasmettere il gene alla progenie senza mostrare manifestazioni a livello fenotipico.
PCR (polymerase chain reaction
reazione a catena della polimerasi) Tecnica di biologia molecolare utilizzata per amplificare in breve tempo tratti specifici di DNA purche' se ne conosca almeno in parte la sequenza. Si avvale di cicli di denaturazione riassociazione con l'innesco e di estensione per amplificare di oltre 106 volte il numero di copie della sequenza di DNA bersaglio. Questa tecnica ha un grande numero di applicazioni in campi diversi dalla ricerca alla diagnostica alla medicina legale.
(Nel sito: Approffondimenti)
Origine di replicazione
Sito di una molecola di DNA al livello del quale ha inizio la replicazione della stessa.
Organo emuntore
Organo che ha la funzione di eliminare i metaboliti
ORF (open reading frame)
Vedi Fase di lettura aperta.
Oncosoppressore
Vedi Gene oncosoppressore.
Obliterare
Chiudere, rimozione della pervietà di un vaso
Mutazione di sfasamento del registro di lettura (frameshift)
Mutazione costituita dalla delezione o inserzione di un numero di coppie di basi (bp) che non e' un multiplo di 3 che altera quindi il registro con cui vengono letti i codoni di un gene. Le regioni codificanti al 3' di una tale mutazione verranno lette come codificanti aminoacidi diversi e spesso presenteranno codoni stop.
Marcatore
Elemento di identificazione o di riferimento (gene enzima determinante antigenico ecc.). In particolare allele di cui è in osservazione la modalità di trasmissione in un incrocio o locus polimorfico impiegato per analisi di linkage.
Mappa di restrizione
Mappa di una sequenza di DNA indicante la localizzazione dei siti di restrizione. Dal momento che tali enzimi sono molto specifici nelle loro caratteristiche e modalita' di taglio questo tipo di mappa può essere predetta sulla base della sequenza di un frammento noto di DNA.
Malattie rare
Una patologia si definisce "rara" quando ha una prevalenza inferiore a un determinata soglia, variabile a seconda dei criteri individuati dalle agenzie regolatorie. In UE la European Medicines Agency (EMA) ha individuato questa soglia in un dato percentuale pari allo 0,05% della popolazione, ossia 5 casi su 10.000 persone, mentre negli Stati Uniti l'americana Food and Drug Administration (FDA) considera una patologia rara quando colpisce non più di 200.000 persone. Nella maggior parte dei casi si tratta di malattie degenerative, croniche e dolorose; spesso sono invalidanti e perciò possono compromettere la qualità della vita. Per queste patologie non esiste una effettiva cura, ma i sintomi possono essere trattati per migliorare la qualità e la durata della vita se la malattia è diagnosticata correttamente.
Attualmente non è possibile fornire una stima precisa su queante sono le malattie rare e quante persone colpiscono; secondo i dati dell'Organizzazione Mondiale della Sanità le malattie rare sono oltre 7.000, di cui l'80% è di origine genetica e il 75% colpisce in età pediatrica. Per tale motivo, l'elenco delle malattie rare viene costantemente aggiornato.
In Europa si stima ne siano colpiti il 6-8% della popolazione, per un totale variabile tra i 24 e i 36 milioni di persone5, mentre negli USA si calcola che le persone affette da una malattia rara siano circa 25 milioni.
Linkage disequilibrium (associazione gametica preferenziale)
Fenomeno per cui a livello di popolazione specifiche combinazioni di alleli a due o più loci concatenati tendono a trovarsi insieme sullo stesso cromosoma piu' frequentemente di quanto ci si attenda per caso. E' un evento che riguarda loci molto strettamente concatenati tra i quali quindi sono molto rare le ricombinazioni.
Ilo polmonare
Radice dei polmoni
Genoteche (o librerie)
Collezione di frammenti di DNA di dimensioni varie che rappresentano l'intero genoma di un organismo (genoteche genomiche) le sequenze nucleotidiche relative ad un unico cromosoma (genoteche cromosomiche) o la copia degli RNA messaggeri presenti in un certo tipo cellulare o tessuto (genoteche di cDNA). Tali frammenti di DNA sono inseriti in vettori (plasmidi plasmidi P batteriofagi cromosomi artificiali di lievito o YAC=Yeast Artificial Chromosomes) in quanto ciò rende agevole la propagazione di tali sequenze nucleotidiche e ne semplifica l'analisi.
(Nel sito: Vettori)
Geni oncosoppressori
Geni coinvolti nel controllo della proliferazione cellulare modulando negativamente l'espressione dei proto-oncogèni e i loro segnali proliferativi. La inattivazione (per mutazioni o delezioni) di entrambi gli alleli di un oncosoppressore porta alla rimozione dei segnali negativi per la proliferazione e alla abnorme espressione dei proto-oncogèni con conseguente epressione del fenotipo tumorale.
Genetica molecolare
Analisi genetica condotta a livello molecolare.
Genetica inversa (reverse genetics)
Modalità di analisi genetica che procede dal gene al fenotipo cioe' al contrario della genetica classica.
Frequenza cardiaca
Numero dei battiti del cuore per minuto
Fibrosi polmonare idiopatica (IPF)
La fibrosi polmonare idiopatica (IPF) è una malattia irreversibile e fatale che è caratterizzata da una progressiva perdita della funzione polmonare a causa di fibrosi (cicatrizzazione) nei polmoni, i quali sono ostacolati nella loro capacità di assorbire ossigeno. L'IPF provoca inevitabilmente mancanza di respiro ed una compromissione della funzionalità polmonare e della tolleranza all'attività fisica. I pazienti affetti da IPF seguono decorsi clinici diversi ed imprevedibili, per cui non è possibile prevedere se un paziente progredirà lentamente o rapidamente, oppure quando il tasso di compromissione potrà cambiare. Ai periodi di stabilità clinica transitoria nell'IPF, sussegue la progressione continua della malattia. Il tempo di sopravvivenza mediano dalla diagnosi è di 2-5 anni, con un tasso di sopravvivenza a cinque anni di circa il 20-40%, che rende l'IPF più letale di molti tumori, compresi i tumori della mammella, dell’ovaio e del colon retto. L'IPF si manifesta in genere in pazienti di età superiore a 45 anni e tende a colpire in misura lievemente maggiore gli uomini rispetto alle donne.
Fase di lettura aperta (Open Reading-Frame)
Fase di lettura non interrotta da codoni di stop. In sigla: ORF.
Exeresi
Asportazione chirurgica di una parte del corpo
Espressività
Intensita' della manifestazione fenotipica di un dato gene in un determinato individuo considerata rispetto al fenotipo normale e misurata in termini qualitativi o quantitativi. L'espressivita' di un gene dipende da numerosi fattori tra cui l'eta' e il sesso del soggetto gli effetti ambientali e quelli dovuti all'espressione di altri geni.
Espressione
Manifestazione fenotipica dell'azione di un gene. L'espressione consiste nella trascrizione della sequenza nucleotidica del DNA in quella dell'mRNA corrispondente e nella traduzione di quest'ultima nella sequenza della proteina codificata dal gene stesso.
Ereditario
Che è presente nel DNA, ma che non si presenta di consueto al momento della nascita, ma ad una certa età della vita.
Eredità citoplasmatica
Modalità di trasmissione ereditaria di tipo materno propria dei caratteri controllati dal genoma mitocondriale (vedi mitocondrio).
Eredità mendeliana
Modalita' di trasmissione ereditaria dei caratteri controllati da un solo locus per i quali valgono le leggi di Mendel.
Endotelio vascolare
Tessuto che tappezza i vasi sanguigni all'interno
Elettroforesi
Tecnica mediante la quale molecole dotate di una diversa carica elettrica (come proteine o acidi nucleici) vengono separate mediante un campo elettrico all'interno di una matrice inerte porosa (ad esempio poliacrilamide o agarosio).
(Nel sito: Elettroforesi)
Dominante (Carattere)
Carattere ereditario espresso fenotipicamente anche negli individui eterozigoti per il gene che lo controlla. Doppia elica Struttura tridimensionale del DNA a doppio filamento inizialmente proposta da Watson e Crick (1953) costituita da due catene polinucleotidiche di DNA conformate ad elica destrorsa avvolte attorno allo stesso asse per formare la doppia elica. Le due catene sono antiparallele cioè i loro legami 3' 5'-fosfodiestere hanno verso opposto. Le basi azotate di ciascun filamento sono situate all'interno della doppia elica con i piani molecolari paralleli tra loro e perpendicolari all'asse della molecola. Le basi di una catena sono appaiate mediante ponti a idrogeno con quelle dell'altra catena e l'appaiamento è possibile solo per le coppie adenina-timina e guanina-citosina (complementarietà).
Distrofia muscolare di Duchenne
La distrofia muscolare di Duchenne è una malattia genetica dei muscoli dovuta all'assenza di una proteina chiamata distrofina. È caratterizzata da una progressiva degenerazione del tessuto muscolare, che provoca una progressiva perdita di forza muscolare, con riduzione delle abilità motorie. Con il tempo, la malattia compromette anche i muscoli del respiro e il cuore, riducendo notevolmente le aspettative di vita. Esiste anche una forma meno grave, quella di Becker, in cui la distrofina è presente, ma alterata: le manifestazioni di questa forma sono quindi più lievi e con esordio più tardivo. Al momento non esiste una terapia risolutiva per la malattia. La qualità di vita dei pazienti può notevolmente migliorare con trattamenti sintomatici e pluridisciplinari (fisioterapia, valutazione della funzionalità cardiaca e respiratoria ecc.) che gestiscano i vasi aspetti della malattia: motorio, respiratorio e cardiaco.
Differenziamento cellulare
Comparsa di caratteristiche differenziali (morfologiche e funzionali) in cellule inizialmente identiche in quanto derivate da un elemento progenitore comune. Tale processo avviene di regola nel corso dello sviluppo embrionale ed e' alla base dell'istogenesi e dell'organogenesi; nella vita postnatale sussistono importanti processi di differenziamento in alcuni tessuti (quali ad es. midollo osseo testicolo). Gli elementi indifferenziati dispongono di un ampio ventaglio di potenzialità mentre quelli differenziati hanno un destino determinato.
Commissura valvolare
La linea di accostamento dei lembi valvolari che permette loro, quando sono chiusi, di impedire il passaggio di sangue
Codominante (Carattere)
Carattere ereditario per il quale gli individui eterozigoti esprimono fenotipicamente gli effetti di entrambi gli alleli. Codone Unita' del codice genetico costituita da una sequenza di tre nucleotidi adiacenti (tripletta) che lungo una molecola di RNA messaggero specifica un determinato aminoacido o un segnale di inizio o di terminazione. Esistono 64 codoni diversi originati combinando i quattro nucleotidi tre a tre (43).
Catetere
Strumento esplorativo, o comunque di comunicazione, con un organo del corpo umano, altrimenti inaccessibile
Catalizzatore
Sostanza che interviene per agevolare una reazione chimica, eseguita la quale, rimane intatta e disponibile per un'altra reazione analoga
Carattere (o fenotipo)
Qualunque caratteristica di un organismo che si possa riconoscere in maniera iproducibile secondo criteri definiti di classificazione (caratteri qualitativi) o di misura (caratteri quantitativi). Un carattere ereditario viene definito dominante (quando è fenotipicamente espresso anche negli eterozigoti per il Ibridazione in situ).
Attivatore
Sequenza nucleotidica o un fattore proteico che esercitano un effetto positivo sulla trascrizione di un gene
Atresia
Mancanza di un'apertura, di una pervietà
AAV (Vettore virale adeno associato)
Usato nella terpia genica per la fibrosi cistica, l’AAV2 fu scoperto per la prima volta come un “contaminante” nelle colture cellulari di adenovirus e per la prima volta identificato nell’uomo durante un’epidemia di infezione da adenovirus. Non si sono visti sintomi di malattia associati direttamente all’AAV e questo sembra pertanto essere un virus innocuo. L’AAV è un “dependivirus” (virus dipendente ndr) della famiglia dei parvovirus. Esso manca della capacità di replicazione, il che significa che esso deve contare su funzioni aggiuntive da parte di virus di supporto (helper virus) per poter riprodursi. Le funzioni di helper virus possono essere fornite sia da un adenovirus che da un herpesvirus. Questo consente un teorico margine di sicurezza, poiché un vettore genico virale AAV2 puro non può replicarsi nell’epitelio respiratorio umano. L’AAV è molto piccolo, circa 20 nM (manometri), e contiene appena due geni virali, rep e cap. Questi geni possono essere rimossi e sostituiti con il cDNA che si vuole impiegare per il trasferimento genico.
