Buonasera a tutti, avevo un dubbio riguardante l'utilizzo dei kit Illumina Dna Prep (in generale quelli basati su trasposoni/tagmentation) per sequenziare i genomi fagici in cui ci sono a volte sequenze specifiche alle estremità del genoma lineare. Alcune guide sconsigliano l'utilizzo di questi kit (Nextera) perché non potendo inserirsi a monte di queste sequenze terminali non le si ritroveranno nelle reads e quindi nell'assemblaggio; altri articoli in cui vengono isolati nuovi fagi però usano comunque questi kit e indicano i genomi come completi... è possibile? In generale questi kit come fanno a garantire la presenza delle sequenze terminali anche ad esempio dei cromosomi umani?
Interesting question about sequencing phage genomes and the limits of tagmentation-based kits like Illumina Illumina DNA Prep. While diving into complex genomics topics, I sometimes take a quick brain break with Slope Rider 2—a fun way to reset before tackling more science! https://sloperider2.org