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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
 Inserito il - 18 marzo 2010 : 22:51:51
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Salve!
Vorrei porre alle vostre brillanti menti un quesito:
Trattando con un agente inibitore delle HDAC, si induce un differenziamento di cellule staminali adulte verso un determinato lineage piuttosto che altre (confermato da saggi di differenziamento). Arrays mostrano, tra i geni over-espressi, geni importanti per quel differenziamento di linea,
Viene condotta una ChIP per validare che i master genes di quel differenziamento siano up-regolati.
1) Quali controlli (negativi e non) utilizzereste nell' esperimento di ChIP?
2) Quali altri esperimenti disegnereste per confermare questa relazione causale tra l' agente inibitore e il differenziamento?
3) Altre idee epigenetiche?
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 18 marzo 2010 : 23:11:40
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mmmm,io direi
REAL TIME-PCR e/o una in-situ condotte sia su trattate che controlli per valutare l'epressione genica dei geni coinvolti nel differenziamento di quel linage. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
Inserito il - 18 marzo 2010 : 23:26:21
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| Ok, ma questo andrebbe a confermare i dati di arrays, non è un esperimento che stabilisce il nesso DIRETTO fra il farmaco e l' induzione. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 marzo 2010 : 07:33:48
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Beh dipende un po' dalla sostanza, ma ad es. potresti
1) trattare con un analogo inattivo dell'inibitore (se esiste)
2) trattare con altri inibitori delle stesse HDAC
3) trattare con l'inibitore + inibitori della trascrizione
4) usare un approccio siRNA per downregolare le HDAC (?)
Inoltre ovviamente dovrai fare saggi di espressione proteica (es. ICC) per vedere che non solo i master genes siano trascritti, ma anche espressi come proteine.
Poi dovresti fare dei test funzionali immagino, perchè se lo puoi fare solo in vitro serve a poco o a nulla. |
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