carissimi, ho una domanda da porvi! ho quantificato un prodotto di pcr, l'ho digerito, ma sul gel non si vede niente di niente! La concentrazione è 1 ug/ul, e ne ho digeriti 10ul....e ripeto che non si vede nulla.... il rapporto 260/280 è 5.05...una schifezza. potrebbe essere questa secondo voi la causa del fatto che ho digerito un sacco di dna e non vedo nulla? Anche se la digestione non fosse venuta avrei dovuto vederlo! Grazie!
pero' ho digerito anche altri campioni e quelli si vedono..e sono meno concentrati. oltretutto i campioni mi sono stati dati, quindi non ho purificato io il prodotto di pcr da gel.a dire la verità non so nemmeno se è stato purificato da gel...magari potrebbe essere colpa dei sali? e poi c'è il rapporto 260/280 che non mi convince. Fatemi sapere tutto quello che vi viene in mente se avete tempo, ogni ipotesi è ben accetta! Grazie a tutti!
Se il prodotto di PCR è stato purificato da gel allora è molto probabile che il rapporto 260/280 sia attendibile e che la purificazione non sia avvenuta a dovere...io odio purificare da gel! di solito carico una piccola parte di prodotto di PCR su gel...se il buffer della polimerasi, i dNTPs in eccesso etc sono un problema per gli esperimenti successivi allora precipito la quantità rimanente di prodotto di pcr con EtOH/CH3COONa per appunto eliminare sali etc...secondo me il problema non è la digestione ma il fatto che da gel non è stato purificato niente :( ciao!!
e infatti è molto probabile visto che oggi ho parlato con la tizia che mi ha dato i campioni e mi ha detto che non era certa di cosa mi aveva dato.......... Cmq grazie!