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dreamer87
Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 04 settembre 2012 : 11:40:20
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Ragazzi ho provato a svolgere quest'esercizio. Innanzitutto non so se il procedimento sia giusto e poi non riesco a completarlo 
Ho tre mutazioni recessive a b c in Streptococcus pneumoniae. Preparo il DNA da un ceppo donatore selvatico e lo uso per trasformare un ceppo a b c. Ottengo 350 trasformanti totali di cui 70 sono a+ b+ e 105 a+ c+ ma non osservo trasformanti b+ c+. Queste mutazioni sono strettamente concatenate? Se si, qual è il loro ordine e la loro distanza sul cromosoma di Streptococcus?
Allora osservando i trasformanti e la loro frequenza, ho pensato che a-b sono concatenati, che a-c sono anch'essi concatenati ma più vicini rispetto ad a-b e che b-c, invece, non sono concatenati infatti non si osservano trasformanti. Il loro ordine, quindi, sarà c___a_______b
Poi ho calcolato la frequenza di cotrasformazione facendo il rapporto (eventi favorevoli)/(eventi favorevoli+eventi sfavorevoli). Quindi per a-c mi trovo (105/175)x100=60% mentre per a-b (70/175)x100=40%. E qui mi blocco...come si calcolano ora le rispettive distanze sul cromosoma?
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 04 settembre 2012 : 20:50:22
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| provato ad utilizzare la funzione cerca prima di postare? |
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dreamer87
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 04 settembre 2012 : 21:11:53
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| Si prima di postare ho cercato naturalmente tra i post precedenti ma ho trovato solo questo che riporta lo stesso mio esercizio http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=22093&SearchTerms=coefficiente,di,cotrasformazione solo che, innanzitutto non mi trovo coi rapporti perchè Fplus ha considerato il numero totale dei trasformanti ottenuti e poi non ho capito com'è esattamente la formula per riportare la distanza di mappa...1-coefficiente di cotrasformazione o 1/coefficiente di cotrasformazione? Grazie! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 05 settembre 2012 : 00:00:14
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Citazione:
Messaggio inserito da dreamer87
...innanzitutto non mi trovo coi rapporti perchè Fplus ha considerato il numero totale dei trasformanti ottenuti...
Infatti ha fatto giusto Fplus.
Citazione:
Messaggio inserito da dreamer87
...e poi non ho capito com'è esattamente la formula per riportare la distanza di mappa...1-coefficiente di cotrasformazione o 1/coefficiente di cotrasformazione?
come ho scritto nell'altra discussione: 1-coefficiente di cotrasformazione |
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dreamer87
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 06 settembre 2012 : 09:49:12
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GFPina scusami io ho pensato che da questa trasformazione si potessero avere 4 genotipi: c+ a b, c+ a+ b (105), c a+ b+ (70) e c a b+...ora per calcolare la frequenza di cotrasformazione ad esempio tra a e c non devo considerare solo il numero di volte in cui a+ si cotrasforma o meno con c? Perchè il calcolo giusto è sul totale di trasformanti ottenuti? Scusami ma ho un pò di confusione su questi calcoli  |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 06 settembre 2012 : 13:17:04
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Citazione:
Messaggio inserito da dreamer87
GFPina scusami io ho pensato che da questa trasformazione si potessero avere 4 genotipi: c+ a b, c+ a+ b (105), c a+ b+ (70) e c a b+...
In realtà i genotpi che si possono ottenere sono 6:
c+ a+ b 105
c a+ b+ 70
c+ a b+ --> questi sai che non ci sono!
c+ a b
c a+ b
c a b+
Citazione:
ora per calcolare la frequenza di cotrasformazione ad esempio tra a e c non devo considerare solo il numero di volte in cui a+ si cotrasforma o meno con c? Perchè il calcolo giusto è sul totale di trasformanti ottenuti?
Sì devi vedere il numero di volte in cui a cotrasforma con c, quindi:
cotrasformanti a-c / totale trasformanti
tu hai fatto:
Citazione:
...Quindi per a-c mi trovo (105/175)x100=60%...
quindi: cotrasformati a-c / (cotrasformanti a-c + cotrasformanti a-b)
e i singoli trasformanti? Perché non li hai considerati?
P.S. nel caso a qualcuno possa interessare questo è l'articolo originale di Nester e Lederberg
NESTER EW, LEDERBERG J.
Linkage of genetic units of Bacillus subtilis in DNA transformation.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1961 Jan 15;47:52-5. |
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Mappatura e frequenza di cotrasformazione
