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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 24 giugno 2008 : 22:39:15
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ciao a tutti,
ho alcuni dubbi su alcuni aspetti dell'MS e vi sarei grato se riusciste a schiarirmi le idee.
1) Cosa vuol dire fare deconvoluzione?
2) Perchè il TOF in modalità lineare ha una sensibilità maggiore rispetto quello in modalità reflectron?
3) Come funzionano i meccanismi di post source decay e in source decay?
Grazie mille...
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2008 : 00:19:00
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Ti so rispondere alla domanda 1.
Da wikipedia:
In mathematics and, in particular, functional analysis, convolution is a mathematical operator that takes two functions f and g and produces a third function that is typically viewed as a modified version of one of the original functions. Convolution is a mathematical tool with applications including statistics, computer vision, image and signal processing, and differential equations.
Quindi in pratica facendo la convoluzione di due funzioni ottieni una terza funzione che è derivata dal "prodotto" delle due (non è esattamente una moltiplicazione, ma non credo ti interessi sapere i dettagli matematici...).
La deconvoluzione è il processo opposto.
Quindi ad es. nella MS tu ottieni un segnale (i picchi alle varie m/z) che deriva dal "prodotto" di diverse "funzioni", cioè i segnali derivati da varie frammentazioni. Deconvolvere il segnale serve in questo caso per trovare quali picchi derivano da quali frammenti e quale era la molecola iniziale.
Un'altra applicazione è nella microscopia. Quando tu prendi un'immagine al microscopio la foto che ottieni è una convoluzione fra l'immagine reale ed una certa funzione (chiamata PSF) tipica dell'obiettivo del microscopio. Quindi la foto che ottieni è distorta (ad es. sfocata) rispetto all'immagine reale. Applicando la deconvoluzione, in questo caso, aumenti la risoluzione dell'immagine. |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2008 : 09:10:18
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| grazie chick! |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2008 : 20:40:07
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Mi rispondo ( più o meno) alle altre domande:
Il TOF lineare ha una sensibilità maggiore rispetto al reflectron perchè gli ioni fanno un tragitto più corto nel tubo di volo e hanno meno possibilità di disperdersi. Infatti il reflectron si usa con ioni che hanno un PM max di 5000.
Il post source decay viene usato per ottenere informazioni di sequenza sui peptidi e sfrutta la formazione di ioni metastabili durante il tempo di volo. Questa frammentazione però non è controllata.
ciao |
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LaP
Nuovo Arrivato
Città: Milano-Bologna
14 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2008 : 23:02:07
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Alcune precisazioni:
Il lineare è più sensibile del reflecton solo negli strumenti di vecchia generazione. Ormai gli strumenti di nuova generazione hanno pari snsibilità o addirittura superiore in reflecton.
Il PSD (post source decay)è una tecnica che veniva utilizzata quando i MALDI-ToF e gli spettrometri in generale costavano troppo ed un laboratorio non poteva permettersi di possederne due. A causa dell'aspecificità della frammentazione che si ottiene con questa tecnica risulta comunque molto difficile procedere ad una identificazione. Infatti oltre ai classici frammenti y e b, si producono frammenti a, c, x, z ma soprattutto m (perdita della ctena laterale dell'aminoacido. In generale l'identificazione deve essere fatta manualmente, i software on line difficilmente riescono ad assegnare la sequenza. di conseguenza l'alta risoluzione data dallo spettrometro viene persa dall'incapacità dell'operatore di considerarla in ogni calcolo. Difatto la tecnologia MALDI si è evoluta introducendo dei quadrupoli di frammentazione (controllata) allinterno del ToF generando gli sturmenti ToF-ToF. Tali strumenti permettono di ottimizzare le frammentazioni sulle serie di frammenti y e b e conseguentemente un'interpretazione fattibile mediante softare online.
La deconvoluzione è un'operazione tipica degli strumenti a sorgenti ElettroSpray o simili (interfacce liquido-massa; no MALDI) che generano ioni multicarica. Le sorgenti MALDI in genere producono ioni mono o bicarica. Raramente tri o quadricarica; solo proteine mediograndi, molto concentrate. Per poter risalire al peso molecolare dell'analita viene applicato un algoritmo che calcola, in base ai vari multicarica, il peso originario della molecola. |
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