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Mirko
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13 Messaggi |
 Inserito il - 15 ottobre 2007 : 13:54:57
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Ciao ragazzi...ho bisogno di voi...chi sa dirmi qual è la carica approssimativa di 33 aa uniti insieme quali sono la lisina 2 volte ed il glutammato...
Sono a conoscienza delle regole degli amminoacidi inteso come sapere i valori di pka...nel caso della lys e del glu hanno gruppi caichi ionizzabili nella catena laterale quindo hanno un pka3...nel caso: Lys 10.53 e Glu 4.25
Immagino si uniscano mediante legame peptidico ma in che modo...come faccio a calcolare le cariche se hanno valori cosi diversi di pka3?
Grazie in anticipo a tutti...
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Mirko
Nuovo Arrivato
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13 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2007 : 13:57:00
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| Scusate nn 33 ma 3 amminoacidi uniti con sequenza lys-glu-lys |
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
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79 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 10:48:29
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ma scusa vuoi dire la carica approssimativa a pH fisiologico? perchè se è così non devi fare la media dei pka ma devi scorrere idealmente il range del pH da 1 a 7 e vedi man mano quali gruppi si staccano. innanzitutto stai parlandi di tripeptide, quindi ci sono due legami peptidici che, dovresti sapere, si formano tra il COOH e l'NH3+. quindi se parti dal tripeptide indissociato(pH 1 ad es)hai carichi: l'estremità carbossi terminale di una lys e l'estremità ammino terminale dell'altra lys. l'unico gruppo carico del glutammato è il COOH della catena laterale perchè per il resto è neutro in quanto coinvolto nel legame peptidico.
poi valuti i pKa dei singoli aa e se sei a pH fisiol (intorno a 7) vedi che i COOH (della catena laterale del glu e dell'estremità C-terminale della Lys)avranno già perso il loro H+ perchè si stacca intorno a pka 2 (la regola è se il pH in cui sei è > del pka allora predomina la forma dissociata degli aa; se è < predomina la forma indissociata, cioè col protone attaccato). Sai che gli unici NH3+ che ci sono, sono quelli delle 2 Lys (nell'estremità N-terminale e nella catena laterale) e sai che si staccano intorno a pH 8.95 e 10.53. quindi a pH 7 sono ancora attaccati.
Carica netta (somma algebrica di tutte le cariche presenti) a pH 7= + 1 |
Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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netbridge85
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79 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 10:52:12
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| pardon c'è un errore: a pH 1 i gruppi carichi sono solo gli NH3+; a pH 7 invece lo sono sia gli NH3+ sia i COOH (COO-) sia dell'estremità carbossi-terminale della lys che della cat laterale del GLu. |
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Mirko
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13 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 12:11:04
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| Ciao netbridge85...si in effetti manca un dato...a pH 7 quindi fisiologico...quindi ci son cariche sia positive che negative...mi sai dire quindi la carica approssimativa?? dovrebbe essere 0...mi dai conferma?? Ciao e grazie |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 13:18:41
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Forse non era chiaro dal mio messaggio: facendo la media delle pKa dei vari gruppi COOH ed NH3 trovi il punto isoelettrico del tripeptide.
Per sapere la carica ovviamente devi dire il pH |
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netbridge85
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79 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 14:58:25
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scusa chick80 ma il punto isoelettrico per definizione è il punto in cui l'amminoacido o il peptide NON ha carica, o in altre parole carica netta uguale a zero.
per mirko: la carica netta è +1 se vogliamo è un valore vicino a zero ma non è zero. Spero che non stia confondendo il concetto di carica approssimativa con quello di pI (DEFINIZIONE: è quel valore di pH al quale una molecola dotata di molteplici gruppi dissociabili possiede una carica netta nulla), perchè in questo ultimo caso dovresti calcolarlo come ti ha scritto chick80. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 22:03:36
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| Ma se sai che il pI è, per esempio, 4, allora sai che a pH 4 la carica netta è 0, a pH < 4 il peptide è carico positivamente e a pH > 4 negativamente. |
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Mirko
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13 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 23:28:46
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Ok ragazzi tutto chiaro...questo esercizio lo avevo fatto 2 settimane fà...alla fine è venuto fuori che il tripeptide sta al 50% carico +1 ed al 50% 0...
Parola di professor Bonomi...mica uno qualsiasi...
Ciao! |
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Carica approssimativa di aa Lys-Glu-Lys
Didattica
