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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1534 Messaggi

Inserito il - 14 luglio 2011 : 22:11:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La formazione di dimeri di primer dipende da alcune variabili, quali la concentrazione di MgCl e la forza ionica. Qualsiasi software per valutare la formazione di dimeri ti chiederà queste cose.
http://yellow.nist.gov:8444/dnaAnalysis/primerToolsPage.do

Più facile non c'è

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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KARLA87
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 22 febbraio 2012 : 20:48:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di KARLA87 Invia a KARLA87 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho una domanda da porvi..sto iniziando ad approcciarmi a qst mondo quindi perdonate la mia ignoranza..devo trovare il promotore di un gene batterico usando il tool BPROM (http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bprom&group=programs&subgroup=gfindb). da NCBI ho scaricato la sequenza del mio gene e di quelli limitrofi comprese le sequenze intercistroniche. ho inserito la mia sequenza e non ho trovato nessuna regione promotrice. il mio dubbio è che potrebbe essere dovuto al fatto che il mio gene (e quelli limitrofi a valle)è trascritto sul minus strand ed ncbi fornisce il plus. allora ho provato a riscrivere sempre in FASTA la sequenza di ogni gene ed ogni regione intercistronica iniziando dal gene più a valle e ho trov una regione promotore...ma questo secondo me non è corretto...(questo è solo il primo step per il disegno d primer e ho già mille dubbi..sto messa davvero male)
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KARLA87
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 22 febbraio 2012 : 21:05:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di KARLA87 Invia a KARLA87 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CI SAREBBE UN PROGRAMMA FACILE PER CAPIRE L'OPERONE DI CUI FA PARTE IL MIO GENE PER POTER CAPIRE IL PROMOTORE?
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Holland
Nuovo Arrivato



23 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2012 : 16:17:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Holland Invia a Holland un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io ho un dubbio che non riesco a superare, per qualche ragione...:
Se voglio disegnare primer per una RT-qPCR, che mi si appaino al cDNA, da cosa parto in Blast? Dal gene o dall' mRNA?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11486 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2012 : 16:41:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dall'mRNA, perchè il cDNA non ha introni

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Holland
Nuovo Arrivato



23 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2012 : 16:48:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Holland Invia a Holland un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie della risposta
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peter8f
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 03 dicembre 2012 : 15:00:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di peter8f Invia a peter8f un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti, oggi disegnando i primers su PRIMER3PLUS, insieme alle sequenze mida come output questi parametri :

- SELF
- ANY
- ANY PAIR
- ANY END

provando a ragionarci su mi viene da pensare che SELF si riferisca all'appaiamento all'interno dello stesso primer ... ma gli altri parametri? qualcuno ne conosce il significato? tra gli HELP del sito non sono descritti gli output ma solo gli input!
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GFPina
Moderatore

GFPina



8329 Messaggi

Inserito il - 03 dicembre 2012 : 18:21:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cito da: Primer3—new capabilities and interfaces
Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M, Rozen SG.
Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(15):e115.

Citazione:
Using these thermodynamic models, Primer3 calculates the melting temperatures of oligos when hybridized to their intended targets and also predicts the strength of three types of secondary structures with possible mismatches: two types of bimolecular hybridization (‘ANY’ and ‘END’ interactions) and one type of unimolecular folding. Bimolecular ANY interactions involve the binding of an oligo (a primer or a hybridization oligo), anywhere within its sequence, to another DNA molecule (Figure 5A and B). Bimolecular END interactions involve the binding of the 3#8242;-end of a primer to another single-stranded DNA molecule (Figure 5C and E). Some, but not all, END interactions are also ANY interactions, and vice versa, and the most stable ANY interaction is always at least as stable as the most stable END interaction. END interactions are most relevant to priming polymerases activity. Primer3 filters out primers with stable END interactions to avoid those prone to generating short ‘primer-dimers’ (Figure 5C). Primer3 also uses a thermodynamic model to assess the propensity of a primer or hybridization oligo to form unimolecular hairpin structures (Figure 5D). Because these can inhibit primer hybridization to template molecules and cause PCR failure (20), Primer3 filters out primers likely to form hairpins.
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bio.eli
Nuovo Arrivato



32 Messaggi

Inserito il - 24 maggio 2013 : 18:45:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bio.eli Invia a bio.eli un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao sono nuova , mi potete spiegare come si fa a cercare un primer su una sequenza e indicare la lunghezza dell'amplicone?
GRazie
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citopigio
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 23 novembre 2015 : 03:03:39  Mostra Profilo Invia a citopigio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ragazzi come faccio ad istallare variscan l' ho scaricato dal sito dell' universitad di barcellona in formato zip l' ho estatto ma non mi parte il setup dell' istallazione . grazie mille.
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1534 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2015 : 12:08:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
questa discussione è sui primer, varisca fa altro.
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RossellaFerrante
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2016 : 10:49:30  Mostra Profilo Invia a RossellaFerrante un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il modo piu facile per disegnare i primers è utilizzare PRIMER BLAST basta inserire la sequenza di interesse io utilizzo sempre quello
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