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fedelab
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1 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2010 : 17:40:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fedelab Invia a fedelab un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve avrei bisogno del vostro aiuto.
Devo costruire primer per effettuare una Real time per studiare l'espressione del gene ADH1 di Saccaromyces cerevisiae localizzato sul cromosoma 15.mi potreste mandare il codice del gene e la procedura dettagliata di costruzione dei primer il più presto possibile?
gtrazie per la disponibilità
-federica-

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2010 : 19:13:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Credo che il gene a cui ti riferisci sia questo:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/854068

Prendine la sequenza fasta o l'id, incollala su primer-blast, ed eventualmente tra le opzioni in basso scegli 'saccharomyces cerevisiae' e 'Genome (reference assembly from selected organism)'

Non so molto di disegno di primers, ma per i consigli generali puoi dare una occhiata a questo topic:
- http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1655

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 19 marzo 2010 : 10:34:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ti consiglio oltre a quella che ti ha linkato dallolio che è in generale per il disegno dei primers di cercare anche altre discussioni sul disegno di primers e real-time, ad es. questa:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=3870
ma ce ne sono molte altre, prova a spulciarle un po', troverai varie informazioni che ti possono essere utili.

Primer Blast va benissimo per il disegno dei primers, ma oltre le selezioni che ti ha suggerito dallolio ti consiglio ti selezionare la casella:
Exon junction span: Primer must span an exon-exon junction
in questo modo i primers si attaccheranno solo su cDNA e non su DNA genomico.
Altro consiglio è di non fare un amplificato troppo grande, tra i 100-200bp è di solito l'ideale.
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