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Discussione |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
 Inserito il - 17 maggio 2010 : 15:32:12
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Ciao a tutti!
Dopo aver acquisito le mie belle lastre (1- Livelli di proteina in seguito alla somministrazione di un farmaco; 2- Actina come normalizzatore), e dopo aver preso la densità ottica delle bande, come si procede?
Spero mi rispondiate presto!
Grazie
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 17 maggio 2010 : 15:34:12
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| Io utilizzo il parametro densità ottica su area della banda e calcolo il rapporto tra la banda di interesse fratto la corrispondente actina! |
 
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2010 : 15:38:08
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Niente calcoli strani? Basta questo per "normalizzare" i risultati?
Grazie!! |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2010 : 16:43:44
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Io utilizzo ImageQuant, che applica una correzione di sottrazione
di background basata sulla local average. Ovviamente la applico
anche sulle bande del normalizzatore (GAPDH, actina o quel che è).
Dopo di che acquisisco la densità ottica e la normalizzo sulla
corrispondente banda del normalizzatore. Infine misuro la variazione
rispetto al controllo in termini di normalized fold change, dividendo
il valore normalizzato del campione per il valore normalizzato del
controllo. Di solito faccio la stessa cosa sui controlli, utilizzando
la loro media e dividendola per ciascuno di essi ottengo valori che
si avvicinano a 1 ma che danno l'idea dell' (onnipresente) errore.
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 09:48:20
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| Grazie a tutti! Vi farò sapere! |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 11:50:21
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| ok mi arrendo chich80... mi dai qualche dritta su come usare ImageJ?? L'ho già scaricato.. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 13:08:13
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| hmmmm... cosa non riesci a fare esattamente? Nell'altra discussione ho scritto il procedimento passo passo, dove ti blocchi? |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 13:41:42
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| Mi sa che è un problema di pulizia della lastra... Le mie immagini acquisite non sono così pulite e nitide come l'esempio che hai posto tu... Quindi quando faccio i plots mi escono picchi infiniti e/o indecifrabili. |
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cami
Utente Junior
Città: roma
136 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 15:10:16
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io uso imageJ per fare le densitometrie, e non mi è mai capitato di avere dei picchi "infiniti"... non credo di aver capito quello che intendi...
comunque in genere più la lastra è pulita, più definiti dovrebbero essere i picchi, dato che il segnale delle tue bande sarà più facilmente distinguibile dal background, mentre se la lastra è sporca, i segnali tendono a confondersi, quindi dovresti pulire un po' l'immagine, hai provato a usare la funzione "subtract background"? (dal menù "process") |
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kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 15:23:13
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ecco cosa intendo.. :) che posso fare con dei picchi così?
Immagine:
71,62 KB |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 16:30:07
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Probabilmente la lastra è stata troppo esposta.
Una cosa che puoi fare è tracciare delle linee verticali per separare le bande |
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Quantificare bande Western Blotting
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