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GioIva
Nuovo Arrivato
Prov.: Catania
Città: Acireale
3 Messaggi |
 Inserito il - 09 gennaio 2007 : 11:12:08
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Salve,
sono Daniela e sto svolgendo una ricerca, però ho incontrato un piccolo problema. Devo trovare i geni ortologhi dell'uomo e del topo che causano l'alzheimer. Inizialmente ho scaricato i dataset dei geni dell'uomo e del topo. Ho ricavato attraverso Source gli Unigene Id dai relativi number accession, ed ero alla ricerca di un programma che fosse in grado di comparare tutti gli unigene del topo e dell'uomo e trovare i geni ortologhi fra le due specie. Al momento non sono riuscito a trovare nessun programma che facesse ciò. Mi hanno suggerito di utilizzare Homologene dal NCBI ma sto incontrando delle difficoltà. Mi potreste dare qualche consiglio su come risolvere questo problema? Grazie!
Ciao
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Daniela Strano |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 gennaio 2007 : 13:58:13
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ciao e benvenuta,
se vuoi un consiglio non fare allineamenti a mano perchÃe' uomo e topo sono due specie gia' abbondantemente conosciute e ben annotate, e il lavoro che vuoi fare lo trovi gia' fatto ad opera d'arte per esempio su ensembl.
Anzi probabilmente il metodo piu' rapido e' usare biomart.
Cmq, io farei cosi':
1. Cercare geni coinvolti nell'Alzheimer:
- visto che l'Alzheimer e' una malattia ereditaria, puoi cercare su OMIM
- per fare una buona ricerca in letteratura, non ti basta pubmed.
Devi usare qualche motore di ricerca semantico, ormai ne esistono a bizzeffe: c'e' iHOP (http://www.ihop-net.org/), http://hubmed.org (fai la ricerca e poi clicca su 'Show Extracts'), GO/Mesh-Pubmed (http://www.gopubmed.org/), Medie(http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/medie/), oppure questo AliBaba (http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2617), cosi' mi dici com'e'.
2. Trovare ortologhi uomo-topo
- beh, qui secondo me la cosa migliore rimane ensembl, .
Se non ti vanno bene le annotazioni (magari ti sembrano troppo vecchie, il che e' possibile), puoi fare degli allineamenti a mano, (tramite blast o blat), o provare un tool come Vista (http://genome.lbl.gov/vista/servers.shtml). |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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GioIva
Nuovo Arrivato
Prov.: Catania
Città: Acireale
3 Messaggi |
Inserito il - 09 gennaio 2007 : 17:05:34
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| Ciao. Grazie tanto per i tuoi consigli. |
Daniela Strano |
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AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
Inserito il - 09 gennaio 2007 : 23:07:19
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Ciao a tutti e BUON ANNO!!
non avevo mai sentito parlare di ensembl e biomart. Quano avete un minuto libero mi spiegate qualcosa?
Ho dato un'occhiata rapida al primo e mi sembra veramente ben fatto, si descrivo i vari cromosomi e i vari geni?
C'è qualcosa i simile anche sui procarioti?
Grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 11 gennaio 2007 : 21:48:14
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Citazione:
Messaggio inserito da AC
Ciao a tutti e BUON ANNO!!
non avevo mai sentito parlare di ensembl e biomart. Quano avete un minuto libero mi spiegate qualcosa?
Ho dato un'occhiata rapida al primo e mi sembra veramente ben fatto, si descrivo i vari cromosomi e i vari geni?
C'è qualcosa i simile anche sui procarioti?
Grazie
Ensembl é una suite di sistemi software nato esplicitamente per gestire l'annotazione del genoma umano dopo il suo sequenziamento, per gestire ogni tipo di annotazione e per interfacciarsi con gli altri database.
Biomart é un'interfaccia per scaricare dati da ensembl.
Sicuramente esistono sistemi simili per i procarioni, la cosa migliore é cercare nella letteratura o con un motore come scirus.com. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
Inserito il - 13 gennaio 2007 : 19:26:26
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Grazie mille, sei stato molto gentile.
Ciao a tutti |
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GioIva
Nuovo Arrivato
Prov.: Catania
Città: Acireale
3 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2007 : 11:44:02
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Ciao,
vi ringrazio ancora per l'enorme aiuto che mi avete dato. Spero di poter contare ancora su di voi. Ciao |
Daniela Strano |
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fulminico
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2010 : 11:36:41
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| ciao a tutti sono domenico,studente di biologia a catania. mi servirebbero chiarimenti più esaustivi riguardo geni ortologhi e paraloghi. grazie mille |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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