| Autore |
Discussione |
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 03 luglio 2012 : 12:56:02
|
Ciao ragazzi,
ho un esame di biochimica e avrei delle domande da farvi
devo fare un esercizio sulla costruzione di peptidi
devo scrivere il peptide Ala- Arg- Tyr- Phe- Glu a ph 0 e a ph 7. Mi viene inoltre chiesta la carica totale e quali gruppi sono sullo stesso piano.
Io l'ho già fatto ma volevo una vostra conferma
p.s avrei un'altra domanda, se mi da due catene e mi chiede di disegnarle mostrando i legami idrogeno e ionici fra i residui delle due catene come faccio?
GRAZIE!!!!!!!!!!!!!!!!
|
|
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 13:52:38
|
Benvenuta intanto 
Se hai già svolto l'esercizio se puoi metti la tua risoluzione, così ci ragioniamo sopra. |
|
 |
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 14:46:18
|
Citazione:
Messaggio inserito da Geeko
Benvenuta intanto
Se hai già svolto l'esercizio se puoi metti la tua risoluzione, così ci ragioniamo sopra.
Grazie!! allora, non sto qua a scrivervi tutto il peptide comunque: a pH 0 a me risulta gruppo amminico iniziale protonato come l'arginina la tirosina l'acido glutammico e il gruppo carbossilico finale. uindi tutto protonato. di conseguenza l'H3N+ ha carica +1, Arg carica +1, tyr carica 0 come anche la phe e il gruppo carbossilico finale, di conseguenza la carica totale è +2
a pH7: H3n+ iniziale protonato, arginina pure come anche la tyr. l'acido glutammico invece come anche il gruppo carbossilico finale sono deprotonati. Quindi la carica di h3n+ iniziale è +1 come l'arginina, la tyr ha carica 0, l'acido glutammico -1 come anche il gruppo carbossilico finale, quindi carica tot= 0
può filare come ragionamento...?
di conseguenza a ph 7 tale peptide in soluzione elettroforetica non migra da nessuna parte giusto....?
grazieeeeeeeee!!!! |
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 15:56:39
|
| Appena ho tempo cerco di aiutarti per quanto ne so, se qualcuno passa prima di me tanto meglio, avrai una risposta più in fretta. |
|
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 16:02:59
|
Citazione:
Messaggio inserito da Geeko
Appena ho tempo cerco di aiutarti per quanto ne so, se qualcuno passa prima di me tanto meglio, avrai una risposta più in fretta.
grazie mille!! non sono molto pratica del forum, come faccio a inserire qusto post nella sezione di chimica? posso farlo anche se l'ho già pubblicato?? grazieeee!!!! |
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:04:49
|
Sì, hai fatto bene
Comunque dire che il peptide non migra in un gel a pH=7 non è proprio corretto secondo me, perché quando si dice che i gruppi funzionali sono/non sono protonati si intende sempre una questione di percentuale nella "popolazione di peptidi" a quel pH.
Il peptide non migrerà solo quando è al suo punto isoelettrico, qualcuno corregga se sbaglio.
ps. Non puoi spostare la discussione, semmai ci penserà un mod. |
|
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:20:57
|
Citazione:
Messaggio inserito da Geeko
Sì, hai fatto bene
Comunque dire che il peptide non migra in un gel a pH=7 non è proprio corretto secondo me, perché quando si dice che i gruppi funzionali sono/non sono protonati si intende sempre una questione di percentuale nella "popolazione di peptidi" a quel pH.
Il peptide non migrerà solo quando è al suo punto isoelettrico, qualcuno corregga se sbaglio.
ps. Non puoi spostare la discussione, semmai ci penserà un mod.
grazie mille!!! quindi se all'esame mi chiede: verso che polo migrerà tale peptide a ph7 , cosa potrei rispondere secondo te? grazie per la disponibilità!!! |
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:43:21
|
| Bhe, si dovrebbe conoscere il suo pI per poter rispondere con precisione. A una domande del genere risponderei che dipende dal pI del peptide e questo continuerà a migrare, anche se lentamente, fino a raggiungere il punto in cui pH=pI (se si tratta di una IEF). |
|
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:58:41
|
| Ah ok, quindi domanda ignorantissima : dai dati che ho posso ricavare il pI o mi limito a rispondere così? |
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 19:17:31
|
Oddio...bella domanda, se non ricordo male il pI si calcolava come la media delle pKa dei vari gruppi ionizzabili del peptide/proteina, ma ricordo anche che fare la media aritmetica non dà sempre risultati attendibili perché i valori delle varie pKa sono influenzati anche dall'intorno chimico del gruppo nel contesto della macromolecola...quindi non saprei aiutarti molto.
So anche che esistono tools informatici che permettono di calcolare il pI teorico da una sequenza aminoacidica.
Qualcuno che ci può venire in soccorso? |
|
|
|
|
0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 19:47:20
|
Qui un'ottima spiegazione di come si procede per calcolare il pI: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=4778
Usando questo tool http://endmemo.com/bio/proie.php
il pI di ARYFE è pari a 6.40
Qui (http://isoelectric.ovh.org/files/calculate.php) siamo tra i 6 e 7
E sul tool di Expasy (http://web.expasy.org/compute_pi/) indica un pI di 6.05
Per un peptide di 5 residui aa dubito si possa presentare un particolare effetto sul pI da parte dell'intorno macromolecolare, visto che esso è pressoché nullo. Di norma vi sono variazioni sensibili quando, per es., due residui sono impegnati in un legame H o ponte salino: in tal caso, infatti, il donatore di legame idrogeno sarà "più restio" a perdere il proprio protone, con conseguente incremento del pKa. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
|
|
|
|
Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 20:19:39
|
| Perfetto, grazie Obarra1, dubbi risolti a questo punto? |
|
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 22:51:44
|
Citazione:
Messaggio inserito da Geeko
ps. Non puoi spostare la discussione, semmai ci penserà un mod.
Spostata!  |
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 10:48:44
|
Citazione:
Messaggio inserito da Geeko
Perfetto, grazie Obarra1, dubbi risolti a questo punto?
Ah ok grazie!! quindi se mi fa sta domanda del polo devo per forza calcolare il PI..... uffa!! quindi nel caso di questo peptide abbiamom un pI intermedio quindi non migra giusto....? scusate se vi disturbo ma sto esame lo devo passare assolutamente!!!! |
|
|
|
0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 10:57:00
|
pI intermedio?
Cosa intendi?
In una soluzione a pH 7 una certa frazione del peptide sarà carico negativamente (pI < pH) e migrerà verso l'anodo. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
|
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 11:33:04
|
Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1
pI intermedio?
Cosa intendi?
In una soluzione a pH 7 una certa frazione del peptide sarà carico negativamente (pI < pH) e migrerà verso l'anodo.
Ah ok perfetto!! avevo un pò di confusione in testa dubbi chiariti grazie!!! mi sa che vi disturberò ancora per altre cose, siete stati gentilissimi!!! |
|
|
|
cellulina90
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2012 : 18:00:15
|
Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1
pI intermedio?
Cosa intendi?
In una soluzione a pH 7 una certa frazione del peptide sar?carico negativamente (pI < pH) e migrer?verso l'anodo.
Ragazzi ho ancora bisogno di voi... Ho trovato una domanda che mi ha spiazzata sull'equazione di Michaelis Menten: "ricavare sperimentalmente l'equazione di michaelis menten " so derivarla e so spiegarla, ma quello "dperimentalmente mi ha spiazzato!! -noltre chiede " se aggiungo enzima che effetto avro' sulla velocita' di reazione?
Grazie mille!!!
|
|
|
|
0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2012 : 18:12:33
|
Citazione:
Messaggio inserito da cellulina90
Inoltre chiede " se aggiungo enzima che effetto avro' sulla velocita' di reazione?
Grazie mille!!!
Per favore, non doppiare i post, non serve a nulla e non ha senso piazzare una domanda di cinetica enzimatica in questo thread. Ti ho risposto nella sede appropriata |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
|
|
|
| |
Discussione |
|
Esercizio sui peptidi
Didattica
