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ManuBeasy
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Inserito il - 05 febbraio 2014 : 11:16:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti. Cerco di esporre il problema.
In un'esperienza di laboratorio abbiamo studiato la curva di crescita di Pseudoalteromonas haloplanktistac125 in un terreno standard + un diverso amminoacido per ogni coltura.
L'obiettivo è studiare la curva di crescita, il catabolismo dell'aa (grazie all'ausilio della piattaforma MaGe, che consente di osservare se gli enzimi necessari per il catabolismo siano stati realmente annotati o meno) e l'uptake. Per l'uptake non è stata caratterizzata in tac125 la proteina adibita all'uptake.
Quindi ho pensato di andare di BLAST (mai usato). Ho fatto una prova ed ho pescato Glutamate/aspartate transport ATP-binding protein GltL di E.Coli O157 su uniprot, preso la sequenza ed ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0

Un simile risultato dovrebbe essere accettabile e da considerarsi "buono" oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...

domi84
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Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 12:14:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:

ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0


significa che hai pescato il gene omologo.
Citazione:

oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...


tecnicamente è una ricerca diversa. Hai tradotto tutti i possibili frame del tuo gene e hai cercato le 6 proteine in TAC125. Se però hai il codone di start puoi tradurre la proteina col frame del codone di start e blastare quella, dovrebbe trovarti la proteina omologa che dovrebbe essere la stessa...

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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ManuBeasy
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18 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 16:23:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì sapevo cosa fosse un tblastn ma diciamo che mi pesca un risultato diverso con omologie piuttosto basse.

BLASTN




TBLASTN

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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 20:44:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Aspetta, c'è decisamente qualcosa che non quadra!!!
La prima volta hai blastato una cosa di più di 5 milioni di basi?!?!?!?!?
Hai chiesto di cercare un genoma in un altro genoma...non ha senso!!! Io avevo capito che avevi cercato un gene!
Dai un occhio qui:
http://www.molecularlab.it/bioinformatica/similarita_banche_dati.asp#sthash.LVe41lRB.dpbs

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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ManuBeasy
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18 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:42:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok mi sa che ho fatto un po di confusione con gli ID. Riprovo a fare il BLASTp della proteina e vediamo che succede....
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ManuBeasy
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18 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:49:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
BLASTp quindi prendo l'ID della proteina e va a "matchare" contro le proteine già caratterizzate del genoma di TAC125 o compie comunque un match contro il genoma di tac125? Perché ti ripeto la proteina in questione non è stata caratterizzata in TAC125
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