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Tag   aminoacidi    tavola periodica  Aggiungi Tag

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domi84
Moderatore

Smile3D
Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 30 ottobre 2007 : 22:01:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prendendo spunto da altri siti, ho creato una sorta di tavola periodica degli amminoacidi...mi è stata molto utile per il corso di proteomica!!!
Pensate vi possa essere utile? Avete consigli da darmi per migliorarla?
Se volete il file .svg (modificabile) basta chiedere!!!


10/1/12
L'utente Pippopappo ha da un po' creato una versione migliorata di questa tavola. Mi aveva contattato diversi mesi fa, ma per una serie di motivi sono stato virtualmente lontano. Ecco la tavola con le migliorie da lui fatte.
-Titolo: Tavola degli Amminoacidi Standard (LaAA).
-Nei gruppi gli AA sono in ordine crescente di massa dall'alto al basso.
-La cisteina mi risulta essere idrofilico (un suo derivato, la cistina, è idrofobico)... quindi l'ho spostato di blocco. Di conseguenza per una maggiore simmetria ho invertito Metionina e Prolina.
-I gruppi li ho identificati con numeri romani (i gruppi "simili" sono distinti dalle lettere a e b) e ho usato i colori per indicare il tipo (polare o non polare).
-Ho diviso l'ultimo gruppo in due per poter indicare la differenza tra gli acidi e i basici (VIIIa e VIIIb)
-Ho tolto la massa del residuo amminoacidico e ho inserito l'indicazione della carica della catena laterale (basta fare massa - 18 = residuo)... poi ho riordinato i numeri nelle caselle (in alto a destra la massa perchè è il parametro che riordina gli AA in verticale e in alto a sinistra idrofobicità che li odina nei blocchi idrofilici e idrofobici).
Immagine:

158,69 KB

09/11/07:
Aggiornata!
Ho aggiunto due rappresentazioni degli amminoacidi, la mia mail casomai qualcuno voglia darmi suggerimenti, la versione in inglese(corretta) e i file .svg facilmente modificabili!



23/11/07:
Stiamo creando una tavola periodica degli amminoacidi in versione software!Se vuoi aiutarci inserendo nozioni che vorresti: Clicca qui.

Immagine:

272,6 KB


Allegato: tavaa_eng.rar
252,64 KB


Allegato: files_modificabili.tar.gz
46,47 KB




Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11486 Messaggi

Inserito il - 30 ottobre 2007 : 22:37:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bella! Non so se la chiamerei "periodica", ma sono minuzie :)

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Gabriele
Utente

Prov.: Pisa
Città: Pisa


614 Messaggi

Inserito il - 30 ottobre 2007 : 22:54:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gabriele Invia a Gabriele un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
GRANDE!!

"Chi rinuncia alla libertà per la sicurezza, non merita né la libertà né la sicurezza. E finirà col perdere entrambe."
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aitan3
Nuovo Arrivato

biologo

Prov.: Napoli


71 Messaggi

Inserito il - 30 ottobre 2007 : 23:21:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di aitan3  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di aitan3 Invia a aitan3 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
davvero una bella idea. complimenti.
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Ayla
Utente Junior

guardiano

Città: Wageningen


573 Messaggi

Inserito il - 30 ottobre 2007 : 23:50:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ayla Invia a Ayla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Forte! Grazie proprio, penso che me la stamperò! Un'idea (ma forse troppo complicata ) sarebbe di indicare per ciascuno i codoni che codificano per ciascuno...
Molto bravo davvero!
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GFPina
Moderatore

GFPina



8324 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 01:35:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bellissima Domi!
Anche io avevo pensato come Ayla ad inserire i codoni... ma potrebbe complicare troppo in effetti!

Ma dopo i complimenti passiamo alle correzioni (ultimamente sto correggendo parecchie cose e ci ho fatto l'occhio! )

1. al posto di Fenilalanina c'è scritto "Felinalanina" (cos'è? un AA presente solo in gatti e cani???... tremenda battuta ma all'1.17 di notte sono un po' fusa )
2. al posto di Treonina c'è scritto "Treolina"
3. questo non è un errore ma visivamente sta male: nel caso dell'Acido Aspartico hai scritto sempre "minuscolo" mentre nel caso dell'Acido Glutammico sempre "maiuscolo":
- Ac. aspartico o aspartato
- Ac. Glutammico o Glutammato

Comunque complimenti!


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MaryngA
Nuovo Arrivato


Prov.: Parma
Città: Parma


29 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:12:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MaryngA Invia a MaryngA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grande!... So cool!
Ora intanto la salvo prima di stamparla aspetto le correzioni
poi avrà sicuramente un posto in camera mia assicurato!
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:16:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
E' molto originale e utile come idea!! :)

forse potresti includerla in qualche progetto opensource.. tipo gperiodic che pero' mi sembra un po' abbandonato.

Complimenti!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:37:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie a tutti!!!
Ho effettuato le correzioni (anche di errori ancora più grossolani che per fortuna non avete notato e che io non vi dirò)

@dallolio
in realtà avevo pensato di mandarla a quelli di gElemental (che mi sembra ancora sviluppato)
http://www.kdau.com/projects/gelemental/
se qualcuno di voi mi scrive due righe in inglese (perchè io non ne sono tanto capace) la spedisco!!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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GFPina
Moderatore

GFPina



8324 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 13:17:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da domi84

Grazie a tutti!!!
Ho effettuato le correzioni (anche di errori ancora più grossolani che per fortuna non avete notato e che io non vi dirò)


Ma vediamo se li troviamo lo stesso!
Peccato che non mi sono salvata la vecchia versione... comunque la legenda centrale mi sembra cambiata:
- al posto di AROMATICO c'era scritto qualche cos'altro
- "contiene il gruppo OH" era scritto diverso... forse "idrofili"???
- e anche "contiene il gruppo COO-" e "contiene il gruppo NH3+" erano diversi
- se poi sia cambiato anche qualche numero... non ne ho la più pallida idea

ci ho azzeccato almeno un po'???

Comunque ho trovato un altro errore:
- la Fenilalanina è scritta corretta ora ma il suo simbolo è diventato "W" come il Triptofano

Citazione:
Messaggio inserito da domi84
se qualcuno di voi mi scrive due righe in inglese (perchè io non ne sono tanto capace) la spedisco!!!


Cosa dovresti scivere? Io non ne ho idea!
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 14:45:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
- al posto di AROMATICO c'era scritto qualche cos'altro
- "contiene il gruppo OH" era scritto diverso... forse "idrofili"???


No, no, questi sono rimasti uguali!!!
Citazione:

- e anche "contiene il gruppo COO-" e "contiene il gruppo NH3+" erano diversi
- se poi sia cambiato anche qualche numero... non ne ho la più pallida idea


questi li hai indovinati!!!
Non so cosa è successo con quella W!ora correggo!!!
A quelli di gElemental vorrei dire qualcosa tipo:
salve, potete aprire un progetto per creare una tavola degli amminoacidi, con codoni, formula chimica, storia (così hanno fatto per gli elementi) ecc, tipo questa?
Che ne pensate?

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Ayla
Utente Junior

guardiano

Città: Wageningen


573 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:04:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ayla Invia a Ayla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
"Hello! I am writing you with a suggestion of creating a project about aminoacids, which would include a table like the attached one, and perhaps more informations about tripletts coding for each one, the chemical structure, a bit of history (like for the chemical elements)... What do you think about it?"

Questo é ocme io imposterei la tua proposta in inglese.

e complimenti ancora!
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Ayla
Utente Junior

guardiano

Città: Wageningen


573 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:06:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ayla Invia a Ayla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ovviamente devi cambiare i nomi degli AA in inglese e anche le varie spiegazioni!
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:23:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie Ayla!!!Mi metto al lavoro!!!

P.S. Ho corretto quell'errore alla W! Ora dovrebbe andare tutto bene...

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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 17:33:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grandiosa, ma mica tanto periodica!
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GFPina
Moderatore

GFPina



8324 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2007 : 18:38:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho trovato questo articolo: A common periodic table of codons and amino acids dove fanno vedere delle tavole periodiche dei codoni... non l'ho letto, ma ho guardato solo le figure (come i bambini!!! ) però la tua è mooooolto più bella e comprensibile non c'è paragone!!!

Comunque visto che il commento sulla periodicità si ripete:
Citazione:
Messaggio inserito da orcaimpetuosa

grandiosa, ma mica tanto periodica!


gli autori dicono che c'è periodicità nelle proprietà biochimiche degli amminoacidi!
cito l'abstract:
Citazione:
Abstract
A periodic table of codons has been designed where the codons are in regular locations. The table has four #64257;elds (16 places in each) one with each of the four nucleotides (A, U, G, C) in the central codon position. Thus, AAA (lysine), UUU (phenylalanine), GGG (glycine), and CCC (proline) were placed into the corners of the #64257;elds as the main codons (and amino acids) of the #64257;elds. They were connected to each other by six axes. The resulting nucleic acid periodic table showed perfect axial symmetry for codons. The corresponding amino acid table also displaced periodicity regarding the biochemical properties (charge and hydropathy) of the 20 amino acids and the position of the stop signals. The table emphasizes the importance of the central nucleotide in the codons and predicts that purines control the charge while pyrimidines determine the polarity of the amino acids. This prediction was experimentally tested.



OT: ma qualcuno non aveva chiesto in un altro topic come mai varia di meno il nucleotide centrale dei codoni rispetto al primo e al terzo... forse qui c'è la risposta...

P.S. Domi almeno 2 li ho azzeccati!!!
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Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 01 novembre 2007 : 00:36:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Rinnovo i complimenti, strano che nessuno ci abbia pensato prima!

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Vancouver


1888 Messaggi

Inserito il - 01 novembre 2007 : 07:50:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

[/quote]
OT: ma qualcuno non aveva chiesto in un altro topic come mai varia di meno il nucleotide centrale dei codoni rispetto al primo e al terzo... forse qui c'è la risposta...
[/quote]
yes i am... leggero' l articolo, Tnx


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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2007 : 10:28:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ottima pensata!
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Marianna
Utente Junior




146 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2007 : 14:59:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Marianna Invia a Marianna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Maginifica!

Farah
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Ayla
Utente Junior

guardiano

Città: Wageningen


573 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2007 : 17:28:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ayla Invia a Ayla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
un'altra precisazione: hai scritto alifaticI e aromaticO... siccome anche di aromatici ce n'è più di uno... andrebbe aromaticI.
buon weekend
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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 03 novembre 2007 : 01:16:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
e quanto sei pignola!
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 03 novembre 2007 : 10:55:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Ayla

un'altra precisazione: hai scritto alifaticI e aromaticO... siccome anche di aromatici ce n'è più di uno... andrebbe aromaticI.
buon weekend


Grazie Ayla!!!
Correggo subito!!!

EDIT: Correzione effettuata!!!(e ho anche aggiustato i colori )

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paolopaolo
Nuovo Arrivato

Città: palermo


5 Messaggi

Inserito il - 04 novembre 2007 : 00:46:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di paolopaolo Invia a paolopaolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Una tavola degli aa può essere utile; secondo me potresti aggiungere un simbolo per distinguere gli aa essenziali dai non.
Ciao
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1531 Messaggi

Inserito il - 04 novembre 2007 : 11:06:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da paolopaolo

Una tavola degli aa può essere utile; secondo me potresti aggiungere un simbolo per distinguere gli aa essenziali dai non.
Ciao


Purtroppo gli amminoacidi essenziali cambiano da organismo ad organismo...non sono uguali per tutti...
quindi, quali dovrei aggiungere?!
Quelli dell'uomo?! o quelli di quel tal organismo che si usa in laboratorio?! O dei ceppi batterici?!
Secondo me diventa troppo complicato poi...
Grazie comunque del consiglio!!!

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Cangrande
Utente Junior

Cangrande Della Scala

Prov.: Verona


280 Messaggi

Inserito il - 04 novembre 2007 : 15:52:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cangrande Invia a Cangrande un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salvata e stampata. Sarà utilissima!

Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala.
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