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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
 Inserito il - 30 ottobre 2007 : 22:01:42
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Prendendo spunto da altri siti, ho creato una sorta di tavola periodica degli amminoacidi...mi è stata molto utile per il corso di proteomica!!!
Pensate vi possa essere utile? Avete consigli da darmi per migliorarla?
Se volete il file .svg (modificabile) basta chiedere!!!
09/11/07:
Aggiornata!
Ho aggiunto due rappresentazioni degli amminoacidi, la mia mail casomai qualcuno voglia darmi suggerimenti, la versione in inglese(corretta) e i file .svg facilmente modificabili!
23/11/07:
Stiamo creando una tavola periodica degli amminoacidi in versione software!Se vuoi aiutarci inserendo nozioni che vorresti: Clicca qui.
Immagine:
272,6 KB
Allegato:  tavaa_eng.rar
252,64 KB
Allegato: files_modificabili.tar.gz
46,47 KB
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Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
Modificato da - domi84 in Data 23 novembre 2007 17:17:26
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chick80
Città: Montpellier, France
8044 Messaggi |
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Gabriele
Prov.: Pisa
Città: Pisa
550 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2007 : 22:54:44
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GRANDE!!
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"Chi rinuncia alla libertà per la sicurezza, non merita nè la libertà nè la sicurezza." |
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aitan3
Prov.: Napoli
69 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2007 : 23:21:43
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| davvero una bella idea. complimenti. |
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Ayla
Città: Wageningen
573 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2007 : 23:50:39
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Forte! Grazie proprio, penso che me la stamperò! Un'idea (ma forse troppo complicata  ) sarebbe di indicare per ciascuno i codoni che codificano per ciascuno...
Molto bravo davvero! |
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GFPina
Città: Milano
4574 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 01:35:57
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Bellissima Domi!
Anche io avevo pensato come Ayla ad inserire i codoni... ma potrebbe complicare troppo in effetti!
Ma dopo i complimenti passiamo alle correzioni (ultimamente sto correggendo parecchie cose e ci ho fatto l'occhio! )
1. al posto di Fenilalanina c'è scritto "Felinalanina" (cos'è?  un AA presente solo in gatti e cani???... tremenda battuta ma all'1.17 di notte sono un po' fusa  )
2. al posto di Treonina c'è scritto "Treolina"
3. questo non è un errore ma visivamente sta male: nel caso dell'Acido Aspartico hai scritto sempre "minuscolo" mentre nel caso dell'Acido Glutammico sempre "maiuscolo":
- Ac. aspartico o aspartato
- Ac. Glutammico o Glutammato
Comunque complimenti!
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GFPina ^_^  |
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MaryngA
Prov.: Parma
Città: Parma
29 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:12:36
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Grande!... So cool!
Ora intanto la salvo prima di stamparla aspetto le correzioni
poi avrà sicuramente un posto in camera mia assicurato! |
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dallolio_gm
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2322 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:16:47
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E' molto originale e utile come idea!! :)
forse potresti includerla in qualche progetto opensource.. tipo gperiodic che pero' mi sembra un po' abbandonato.
Complimenti! |
BioinfoBlog: blog di bioinformatica, un tempo in italiano ;) |
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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 12:37:26
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Grazie a tutti!!!
Ho effettuato le correzioni (anche di errori ancora più grossolani che per fortuna non avete notato e che io non vi dirò)
@dallolio
in realtà avevo pensato di mandarla a quelli di gElemental (che mi sembra ancora sviluppato)
http://www.kdau.com/projects/gelemental/
se qualcuno di voi mi scrive due righe in inglese (perchè io non ne sono tanto capace ) la spedisco!!!
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Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
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GFPina
Città: Milano
4574 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 13:17:41
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Grazie a tutti!!!
Ho effettuato le correzioni (anche di errori ancora più grossolani che per fortuna non avete notato e che io non vi dirò)
Ma vediamo se li troviamo lo stesso!
Peccato che non mi sono salvata la vecchia versione... comunque la legenda centrale mi sembra cambiata:
- al posto di AROMATICO c'era scritto qualche cos'altro
- "contiene il gruppo OH" era scritto diverso... forse "idrofili"???
- e anche "contiene il gruppo COO-" e "contiene il gruppo NH3+" erano diversi
- se poi sia cambiato anche qualche numero... non ne ho la più pallida idea
ci ho azzeccato almeno un po'???
Comunque ho trovato un altro errore:
- la Fenilalanina è scritta corretta ora ma il suo simbolo è diventato "W" come il Triptofano
Citazione:
Messaggio inserito da domi84
se qualcuno di voi mi scrive due righe in inglese (perchè io non ne sono tanto capace) la spedisco!!!
Cosa dovresti scivere? Io non ne ho idea! |
GFPina ^_^ |
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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 14:45:47
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Citazione:
- al posto di AROMATICO c'era scritto qualche cos'altro
- "contiene il gruppo OH" era scritto diverso... forse "idrofili"???
No, no, questi sono rimasti uguali!!!
Citazione:
- e anche "contiene il gruppo COO-" e "contiene il gruppo NH3+" erano diversi
- se poi sia cambiato anche qualche numero... non ne ho la più pallida idea
questi li hai indovinati!!!
Non so cosa è successo con quella W!ora correggo!!!
A quelli di gElemental vorrei dire qualcosa tipo:
salve, potete aprire un progetto per creare una tavola degli amminoacidi, con codoni, formula chimica, storia (così hanno fatto per gli elementi) ecc, tipo questa?
Che ne pensate? |
Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
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Ayla
Città: Wageningen
573 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:04:19
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"Hello! I am writing you with a suggestion of creating a project about aminoacids, which would include a table like the attached one, and perhaps more informations about tripletts coding for each one, the chemical structure, a bit of history (like for the chemical elements)... What do you think about it?"
Questo é ocme io imposterei la tua proposta in inglese.
e complimenti ancora! |
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Ayla
Città: Wageningen
573 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:06:00
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Ovviamente devi cambiare i nomi degli AA in inglese e anche le varie spiegazioni!  |
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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 16:23:18
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Grazie Ayla!!!Mi metto al lavoro!!!
P.S. Ho corretto quell'errore alla W! Ora dovrebbe andare tutto bene... |
Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
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orcaimpetuosa
Città: Padova e Cattolica (RN)
223 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 17:33:09
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| grandiosa, ma mica tanto periodica! |
il dolore genera ricordi, il sonno della ragione genera mostri |
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GFPina
Città: Milano
4574 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 18:38:08
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Ho trovato questo articolo: A common periodic table of codons and amino acids dove fanno vedere delle tavole periodiche dei codoni... non l'ho letto, ma ho guardato solo le figure (come i bambini!!! ) però la tua è mooooolto più bella e comprensibile non c'è paragone!!!
Comunque visto che il commento sulla periodicità si ripete:
Citazione:
Messaggio inserito da orcaimpetuosa
grandiosa, ma mica tanto periodica!
gli autori dicono che c'è periodicità nelle proprietà biochimiche degli amminoacidi!
cito l'abstract:
Citazione:
Abstract
A periodic table of codons has been designed where the codons are in regular locations. The table has four #64257;elds (16 places in each) one with each of the four nucleotides (A, U, G, C) in the central codon position. Thus, AAA (lysine), UUU (phenylalanine), GGG (glycine), and CCC (proline) were placed into the corners of the #64257;elds as the main codons (and amino acids) of the #64257;elds. They were connected to each other by six axes. The resulting nucleic acid periodic table showed perfect axial symmetry for codons. The corresponding amino acid table also displaced periodicity regarding the biochemical properties (charge and hydropathy) of the 20 amino acids and the position of the stop signals. The table emphasizes the importance of the central nucleotide in the codons and predicts that purines control the charge while pyrimidines determine the polarity of the amino acids. This prediction was experimentally tested.
OT: ma qualcuno non aveva chiesto in un altro topic come mai varia di meno il nucleotide centrale dei codoni rispetto al primo e al terzo... forse qui c'è la risposta...
P.S. Domi almeno 2 li ho azzeccati!!! |
GFPina ^_^ |
Modificato da - GFPina in data 31 ottobre 2007 18:39:33 |
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Dionysos
Prov.: Brescia
1632 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2007 : 00:36:35
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| Rinnovo i complimenti, strano che nessuno ci abbia pensato prima! |
Il vostro sapere e la vostra virtù servano il SENSO della TERRA
e il valore di tutte le cose sia stabilito da voi in modo nuovo.
(F.W. Nietzsche)
L'etica, di fronte alla tecnica, diventa pat-etica
(Umberto Galimberti)
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Patrizio
Prov.: Brindisi
Città: Latiano
1528 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2007 : 07:50:46
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[/quote]
OT: ma qualcuno non aveva chiesto in un altro topic come mai varia di meno il nucleotide centrale dei codoni rispetto al primo e al terzo... forse qui c'è la risposta...
[/quote]
yes i am... leggero' l articolo, Tnx |
http://it.youtube.com/watch?v=xd4De47ldYs |
Modificato da - Patrizio in data 01 novembre 2007 08:13:13 |
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RNA world
356 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2007 : 10:28:36
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| Ottima pensata! |
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Marianna
140 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2007 : 14:59:58
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| Maginifica! |
Farah |
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Ayla
Città: Wageningen
573 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2007 : 17:28:58
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un'altra precisazione: hai scritto alifaticI e aromaticO... siccome anche di aromatici ce n'è più di uno... andrebbe aromaticI.
buon weekend |
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orcaimpetuosa
Città: Padova e Cattolica (RN)
223 Messaggi |
Inserito il - 03 novembre 2007 : 01:16:44
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| e quanto sei pignola! |
il dolore genera ricordi, il sonno della ragione genera mostri |
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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
Inserito il - 03 novembre 2007 : 10:55:51
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Citazione:
Messaggio inserito da Ayla
un'altra precisazione: hai scritto alifaticI e aromaticO... siccome anche di aromatici ce n'è più di uno... andrebbe aromaticI.
buon weekend
Grazie Ayla!!!
Correggo subito!!!
EDIT: Correzione effettuata!!!(e ho anche aggiustato i colori ) |
Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
Modificato da - domi84 in data 03 novembre 2007 11:54:52 |
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paolopaolo
Città: palermo
5 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2007 : 00:46:08
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Una tavola degli aa può essere utile; secondo me potresti aggiungere un simbolo per distinguere gli aa essenziali dai non.
Ciao |
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domi84
Prov.: Napoli
1097 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2007 : 11:06:33
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Citazione:
Messaggio inserito da paolopaolo
Una tavola degli aa può essere utile; secondo me potresti aggiungere un simbolo per distinguere gli aa essenziali dai non.
Ciao
Purtroppo gli amminoacidi essenziali cambiano da organismo ad organismo...non sono uguali per tutti...
quindi, quali dovrei aggiungere?!
Quelli dell'uomo?! o quelli di quel tal organismo che si usa in laboratorio?! O dei ceppi batterici?!
Secondo me diventa troppo complicato poi...
Grazie comunque del consiglio!!!
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Il mio Blog - Curiosità, Opensoruce, Bioinformatica... |
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Cangrande
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2007 : 15:52:05
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| Salvata e stampata. Sarà utilissima! |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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