Stringente-selettiva (matrici PAM e BLOSUM)

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

Il cervello computazionale
Patricia S. Churchland, Terrence J. Sejnowski

Il gene VI
Benjamin Lewin

Il sogno biotecnologico
Lucien Sfez

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

Laboratorio

Bioinformatica e Biostatistica

Stringente-selettiva (matrici PAM e BLOSUM)

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

lisiae
Nuovo Arrivato

Prov.: Avellino
Citt�: Mugnano del Cardinale

8 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2008 : 18:26:06

Salve!Vorrei che qualcuno fosse cos� gentile da chiarirmi un dubbio che ho in merito agli aggettivi stringente e selettiva riferiti alle matrici PAM o BLOSUM... una matrice PAM70(per es.) � pi� stringente o meno stringente di una PAM30?E pi� selettiva o meno selettiva?Grazie mille in anticipo!Che confusione!

lisiae
Nuovo Arrivato

Prov.: Avellino
Citt�: Mugnano del Cardinale

8 Messaggi

Inserito il - 16 febbraio 2008 : 13:25:40

Raga,nessuno di voi pu� aiutarmi?!Vi prego,se sapete,ditemi!Attendo...

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 10:49:11

Basta andare a cercare topic sull'argomento in cui si � gia' postato a riguardo:

http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?whichpage=1&TOPIC_ID=2295

http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?whichpage=1&TOPIC_ID=538

ad esempio

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

lisiae
Nuovo Arrivato

Prov.: Avellino
Citt�: Mugnano del Cardinale

8 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 13:08:20

Purtroppo nessuno nomica qst aggettivi,cos� non riesco a capire se sono o no sinonimi

!Da ci� che ho letto,deduco che una PAM70(x es.)� meno selettiva di una PAM30;mentre una BLOSUM 65(x es.) � pi� selettiva di una BLOSUM con un indice pi� basso!Vorrei che qualcuno me lo confermasse e magari mi spiegasse se stringenza e selettivit� descrivono la stessa caratteristica!

Grazie mille davvero,avrei bisogno che qualcuno mi rispondesse presto,perch� a breve ho l'esame!

paolo865
Utente Junior

Prov.: Como
Citt�: Olgiate Comasco

262 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 20:26:44

Allora, una matrice PAM si basa sulla percentuale di mutazione accettata. PAM di basso indice (es PAM 30) predilige l'identit� e quindi � pi� stringente, ma se vogliamo diminuire la stringenza possiamo scegliere una PAM di matrice pi� elevata es PAM 70, che predilige invece l'omologia. � chiaro che aumentanto la stringenza aumenta la selettivit� e viceversa. COn la matrici Blosum � lo stesso discorso solo che quelle di indice pi� basso es. BLOSUM 20 predilige l'omologia (meno stringente e meno selettiva), mentre BLOSUM 65 predilige l'identit� (pi� stringente e pi� selettiva). Per la stringenza � anche importante impostare i giusti parametri di GAP PENALITY (inserimento ed estensione). spero di essere stato chiaro
CIAO

lisiae
Nuovo Arrivato

Prov.: Avellino
Citt�: Mugnano del Cardinale

8 Messaggi

Inserito il - 18 febbraio 2008 : 10:17:01

Chiarissimo!!Grazie mille!!

Discussione

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Vai a:

MolecularLab.it

Android e Mobile



Scarica le app! Ora anche sul tuo smartphone!

Ciao Login - Iscriviti



Visitatori: 149

Novità
Fatti vedere: inserisci la tua foto. Il tuo curriculum vitae, sul sito: visto da aziende e professori.