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Autore

Discussione

moy
Nuovo Arrivato

Prov.: TA
Citt�: Taranto

2 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2008 : 17:39:31

A breve ho un esame di biochimica strutturale di cui la parte di laboratorio riguarda alcuni concetti di bioinformatica che non abbiamo mai trattato fino ad ora. Vorrei capire un p� di cose:
1.la differenza tra allineamento a coppia e quello multiplo;
2.come si usano le matrici PAM e BLOSUM;
3.quali sono e quando si utilizzano i metodi di predizione della
struttura terziaria;
4.homology modelling;
5.come si valida il modello ottenuto.
Grazie mille in anticipo

darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2008 : 23:43:03

posso rispondere solo ad alcune:

1. l'allineamento a coppia � quello tra due sequenze query, cio� che dai tu, mentre quello multiplo � tra una query e una banca dati di sequenze;
3. non so quali sono ma servono a predire la formazione di strutture secondarie di complessi proteici con pi� catene peptidiche
4. si basa sul modellamento tridimensionale di una proteina basandosi sulla sua omologia con altre. cio� se una proteina ha una alta omologia di sequenza con un'altra proteina, verosimilmente avr� anche un simile ripiegamento tridimensionale

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 19 maggio 2008 : 09:59:55

Citazione:
Messaggio inserito da darkene

posso rispondere solo ad alcune:

1. l'allineamento a coppia � quello tra due sequenze query, cio� che dai tu, mentre quello multiplo � tra una query e una banca dati di sequenze;

Non sono completamente d'accordo, anche l'allineamento a coppie si fa tra una query e una banca dati di sequenze (v. BLAST); diciamo che sono due tecniche di allineamento distinte. Quello a coppie ti serve essenzialmente per individuare sequenze piu' o meno similari alla tua (che non vuol necessariamente dire omologhe). L'allineamento multiplo invece si conduce principalmente per ottenere un'indicazione di quali porzioni della tua sequenza query sono maggiormente conservate.

2. vedi http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=6865

3. sono essenzialmente due: homology modelling e threading. La scelta dell'uno o dell'altro dipende in gran parte dal grado di similarita' di sequenza tra la tua query e le strutture che userai come templato.

5. in primo luogo dovresti valutare che la struttura da te modellata sia "energeticamente stabile" e che non vi siano fenomeni di ingombro sterico; poi dovresti valutare gli angoli di legame del backbone, ad esempio allestendo un bel grafico di Ramachandran...

Qui trovi un bel po' di links di vari tools che soddisfano quello che cerchi:

http://salilab.org/bioinformatics_resources.shtml

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada