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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
 Inserito il - 06 giugno 2008 : 08:45:15
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Salve a tutt!
volevo porvi un quesito...
dunque io ho costruito una coppia di primers grazie al programma GENE FISHER, le seq. nucleotidiche utilizzate sono:
1. Enterobacteria phage T4
2. Batteriofago T4
tutto questo per amplificare una seq. nucleotidica lunga 741 bp che codifica per una proteina tipica dei fagi T.
Ora, per Enterobacteria phage questa seq. si trova tra i nucleotidi 2664-3404; mentre per il Batteriofago T4 tra 166-906.
La mia domanda è: se si tratta dello stesso organismo, perchè questa seq. nucleotidica relativa al GENE 42 in un organismo si trova tra i nucleotidi 2664-3404 e nell'altro tra 166-906????
Oppure le 2 sequenze appartengono allo stesso identico fago???
Oppure il GENE 42 è un ortologo???
grazie a tutti per il vostro aiuto...spero mi risponda qualcuno...
ciao ciao
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greace... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 12:12:38
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Per favore non aprire discussioni con nomi generici come questi, tipo 'Help me'.
Il titolo di una discussione dovrebbe essere una frase tale da permettere a chi lo legge di farsi un'idea al volo di quello che vuoi domandare, senza dover aprire il topic per leggere quello che hai scritto.
Per il momento chiudo la discussione, anche perché ne hai aperta già una simile: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=8322 .
Può darsi che i due fagi con cui stai lavorando siano organismi diversi, ce ne sono diversi di fagi T4-like:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=10663&lvl=3&keep=1&srchmode=1&unlock
Dovresti postare un link alle sequenze che stai utilizzando per esserne sicuri. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 12:22:47
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si scusami,hai ragione ma ieri ho aperto una discussione con un nome specifico: deossicitidin monofosfato idrossimetilasi...e nessuno mi ha risposto....non perchè qualcuno debba x forza rispondermi..
comunque se ti va di aiutarmi io ne sarei estremamente contenta..sennò pazienza..non fa niente...è solo che ho l'esame martedì e sono un pò agitata.
Enterobacteria phage T4 accession number: M37159.1
Batteriofago T4 accession number: Y00148.1
grazie lo stesso in anticipo, e scusami ancora |
greace... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 12:42:19
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Ho capito.
Il fago é sempre lo stesso: la prima é una sequenza che include un cluster di geni e pseudogeni, tra cui anche quello che ti interessa; la seconda invece é la sequenza del gene proprio.
Quindi si tratta dello stesso gene, e della stessa sequenze. Per questo ti venivano uguali durante l'allineamento :(
Probabilmente la prima sequenza é il risultato di qualche esperimento, e per questo é annotata: bisognerebbe leggere il paper linkato per capire.
La seconda invece, ti dice che inizia dalla posizione 166: ma si riferisce alla regione codificante (infatti é indicato come CDS, Coding-Determining-Sequence), e se ci fai caso le due righe annotate prima si riferiscono ad una regione promotrice e ad una di regolazione.
Il genoma completo di T4 lo trovi su http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=29345244 , e su quella stessa pagina puoi cercare il CDS della dCMP methylase. |
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greace
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43 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 12:50:40
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ah...ho capito...grazie mille davvero...
La cosa che mi aveva tratto in inganno è che anche andando a costruire l'albero delle distanze genetiche con il metodo Neighbor-Joining, le 2 sequenze erano su 2 nodi diversi...
pazienza, ho sbaglito l'analisi..e soprattutto non so come giustificarmi col prf. |
greace... |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 13:05:17
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Citazione:
La cosa che mi aveva tratto in inganno è che anche andando a costruire l'albero delle distanze genetiche con il metodo Neighbor-Joining, le 2 sequenze erano su 2 nodi diversi.
E' colpa del fatto che una delle sequenze contiene anche altri pseudogeni!
Citazione:
pazienza, ho sbaglito l'analisi..e soprattutto non so come giustificarmi col prf
E' anche colpa del prof, per una esercitazione poteva scegliere una proteina più semplice, piuttosto che quella di un virus e per di più con un falso positivo come quello :) |
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greace
Nuovo Arrivato
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43 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2008 : 13:13:12
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grazie Dallolio, se il prof. mi chiederà spiegazioni gli risponderò come mi hai suggerito...al massimo ritrò l'analsi prendendo in considerazione un virus completamente diverso...anche se poi l'allineamento sarà pessimo e non riuscirò a costruire i primers anche inserendo le degenerazioni...
anche perchè se devo dirla tutta avevo provato a fere l'allineamento con il Batteriofago RB32..ma la sequenza era così poco conservata che non mi sembrava il caso di proseguire nell'analisi....
Comunque grazie mille, mi sei stato di grande aiuto  |
greace... |
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