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AmbienteLife
Utente Junior
Prov.: Bari
Città: Bari
204 Messaggi |
 Inserito il - 23 giugno 2008 : 15:22:23
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Salve popolo, una domanda per voi. La differenza tra northern southern e western blot è semplicemente la tipologia di molecola trasferita sul filtro?? Cioè nei miei appunti c'è scritto: southern per il DNA su filtro, northern per RNA su filtro e western per proteine su filtro. Cioè hanno nomi diversi ma la sostanza è la stessa? grazieeeeeee
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Guardiamo l'ambiente e rispettiamolo di più... è la nostra casa... |
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vesania
Nuovo Arrivato
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98 Messaggi |
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domi84
Moderatore
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AmbienteLife
Utente Junior
Prov.: Bari
Città: Bari
204 Messaggi |
 Inserito il - 23 giugno 2008 : 18:36:51
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ok ok in sostanza è la stessa cosa, mamma mia ma perchè ci sono tutti sti nomi per cose così simili hihi grazie mille popoloa presto |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2008 : 19:32:02
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Citazione:
Messaggio inserito da AmbienteLife
...mamma mia ma perchè ci sono tutti sti nomi per cose così simili ...
Perchè quelli che danno i nomi alle tecniche sono dei simpaticoni... 
Comunque il tutto è nato Edwin Mellor Southern che ha inventato il Southern appunto, poi i simpaticoni venuti dopo hanno pensato bene di chaimare le altre tecniche Northern e Western... ma non finisce qui... si sono inventati pure il "Far Western" |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2008 : 00:20:57
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Citazione:
.. ma non finisce qui... si sono inventati pure il "Far Western"
Questa mi manca.......
Cosa sarebbe?
E' un western che serve per vedere le interazioni proteina-proteina.
La metodica è più o meno come un Western ma al posto di utilizzare un anticorpo si utilizza una proteina che dovrebbe interagire con quella/e presente sulla membrana.
(ne avevo parlato anche qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=8538
mi sembrava di aver messo anche un link ma non c'è, comunque puoi guardare questo: Proteomics - Far-Western Blotting)
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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AmbienteLife
Utente Junior
Prov.: Bari
Città: Bari
204 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2008 : 11:43:28
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oh mamma ahaha è assurdo.... non si smette mai di imparare, comunque veramente dovrebbero smetterla di fare i simpaticoni e complicarci la vita hihi
grazie a tuttiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii è bello sapere anche delle curiosità sulla scienza |
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Argyro
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2008 : 17:32:19
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Visto che si è in tema...la South-western? Ho qualche problema nel capire la necessità della denatuazione/rinaturazione... |
Il ruolo dell'infinitamente piccolo in natura è infinitamente grande |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2008 : 20:01:50
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Citazione:
Messaggio inserito da Argyro
...la South-western...
Ah ecco... mi sembrava ne mancasse qualcuna all'appello!!!
Comunque per chi non lo sapesse è una tecnica che serve per vedere l'interazione DNA (South) e Proteina (Western).
Vengono fatte migrare le proteine e poi blottate come in un Western e si utilizza come sonda una sequenza di DNA che dovrebbe legarsi alla proteina.
Non l'ho mai fatta, comunque riguardo la denatuazione/rinaturazione:
le proteine vengono fatte migrare in condizioni denaturanti (SDS-PAGE) in modo che si separino in base alla massa, poi vengono fatte rinaturare allontanando l'SDS in modo che riacquistino la forma nativa e possano interagire con la sequenza di DNA.
P.S. Ma l'Eastern non se lo è ancora inventato nessuno???
Io un idea ce l'avrei (in realtà non proprio mia)... ma sarebbe in realtà un East-Western... ma è ancora in fase dei sperimentazione... quindi vi faccio venire la curiosità ma non dico niente!!!   |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2008 : 23:50:28
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
...Ma l'Eastern non se lo è ancora inventato nessuno???
Ho cercato un po’ in realtà esiste l’Eastern-Blot, ma ognuno gli dà il significato che vuole:
Le due versioni più accreditate sono queste:
- è il blot di proteine da gel dopo electrofocusing
- è il blot di proteine al contrario: nel Western Blotting le proteine migrano verso l’anodo (+), mentre nell’Eastern Blotting verso il catodo (-)
Ma la definizione più bella rimane questa:
"This is the direct opposite to Western Blotting where you inadvertently connect the power up the wrong way round on your gel tank and transfer the proteins from the gel to the tank buffer.
Not a reccommended protocol." 
Comunque si sono inventati pure il Far-Eastern blot
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
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Argyro
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2008 : 12:18:36
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Citazione:
Messaggio inserito da Argyro
...la South-western...
Non l'ho mai fatta, comunque riguardo la denatuazione/rinaturazione:
le proteine vengono fatte migrare in condizioni denaturanti (SDS-PAGE) in modo che si separino in base alla massa, poi vengono fatte rinaturare allontanando l'SDS in modo che riacquistino la forma nativa e possano interagire con la sequenza di DNA.
Grazie mille!molto chiara!
Però mi rimane un dubbio, sono un po' tarda negli appunti ho uno schema che dice:
separazione su gel denaturante delle proteine (SDS page) --> trasferimento su filtro --> denaturazione e rinaturazione delle proteine su filtro --> incubazione con sonda --> .....
Il mio dubbio è sulla denaturazione e rinaturazione su filtro... |
Il ruolo dell'infinitamente piccolo in natura è infinitamente grande |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2008 : 16:18:35
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A prescindere dal fatto che praticamente non l'ho mai fatto, mi risulta comunque strano che si faccia una denaturazione sul filtro, non avrebbe molto senso!
Citazione:
Messaggio inserito da Argyro
... negli appunti ho uno schema che dice:
separazione su gel denaturante delle proteine (SDS page) --> trasferimento su filtro --> denaturazione e rinaturazione delle proteine su filtro --> incubazione con sonda --> .....
Il mio dubbio è sulla denaturazione e rinaturazione su filtro...
1) Le proteine vengono fatte migrare in condizioni denaturanti (SDS page) --> e fin qua siamo d'accordo
2) trasferimento su filtro mediante elettroblotting, questo in parte può rinaturare le proteine perchè allontana l'SDS
3) denaturazione e rinaturazione delle proteine su filtro --> le proteine sul filtro sono già denaturate, inoltre per vedere l'interazione col DNA devono essere rinaturate... sinceramente non vedo proprio perchè dovrei far avvenire un'altra denaturazione prima di rinaturare!!!
E tra l'altro non ho trovato nulla che dica questo!
Puoi guardare questo articolo (free) da Nature protocols che descrive il protocollo:
Southwestern blotting in investigating transcriptional regulation
Questo è lo schema del procedimento:
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Argyro
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2008 : 18:37:11
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Era proprio il mio dubbio...non capivo che senso avesse denaturare un'altra volta, sarà un errore nel grafico...grazie mille!
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Il ruolo dell'infinitamente piccolo in natura è infinitamente grande |
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Dubbio Blotting
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