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Talia
Nuovo Arrivato
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Prov.: Napoli
Città: Napoli
35 Messaggi |
 Inserito il - 01 luglio 2008 : 17:19:00
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Salve...volevo chiedere come rispondereste se vi chiedessero quali sono le tecniche di allelic discrimination!
Non ho capito se riguardano solo quelle che sfruttano i sistemi di rivelazione dei prodotti di real time pcr come light cycler,sybr green,taqman o anche altri!
Grazie
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Talietta |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2008 : 19:14:21
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 Questi sono tutti metodi di Real-Time PCR! Anche se la cosa mi sembra un po' confusa...
In realtà il "light cycler" è lo strumento della Roche, il "SYBR Green" è un fluoroforo che si lega al dsDNA e può essere utilizzato su vari strumenti, e "TaqMan" sono un tipo di sonde!
Comunque per la discriminazione allelica esistono vari metodi, in relatà tutti quelli che utilizzano sonde! (ma non solo)
Alcuni metodi che mi vengono in mente al momento sono SSCP e Heteroduplex Analysis (leggi questo post: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2669), sequenziamento... |
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Talia
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
35 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2008 : 19:23:44
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Mamma mia...
Diciamo che la mia prof è molto confusionaria...diceva che per l'identificazione di mutazioni possiamo usare gli stessi metodi utilizzati per la rivelazione di prodotti di real time e in base all'analisi di fluorescenza capire cosa avevamo di fronte!
Ad esempio il sistema TaqMan in caso di mutazione non dava segnale di fluorescenza in quanto il mismatch impedisce alla sonda di legarsi saldamente al ssDNA e di essere poi degradata dalla Taq polimerasi...
O ancora con il light cycler l'identificazione di mutazioni si ha in quanto sonde ibridate con ssDNA mutato hanno una perdita di fluorescenza ad una T inferiore rispetto alla sonda che lega l'allele wild type.
Ho detto baggianate? |
Talietta |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2008 : 22:27:05
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Ma è la stessa prof???
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1416
Comunque ripeto che il Light Cycler è uno strumento, le sonde comunemente utilizzate con il Light Cycler si chiamano in realtà FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), ma ciò non toglie che sullo strumento Light Cycler non si possano utilizzare altri metodi (SYBR Green, TaqMan), come puoi vedere direttamente dal sito della Roche: Light Cycler.
Poi che spesso si definisca "sistema LightCycler" le sonde FRET è vero, ma sarebbe concettualmente scorretto (comunque se così vi ha detto la prof...)
Le sonde comunemente più usate per la Real-Time sono 4 (anche se ne esistono altre):
- Sonde TaqMan
- Sonde FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer)
- Molecular beacons
- Scorpion
(informazioni maggiori ne trovi sia cercando sul forum che in rete)
La differenza tra le sonde FRET e le TaqMan nella discriminazione allelica è che nel primo caso l'analisi viene fatta sulla curva di melting (o curva di dissociazione) mentre per le Taqman durante l'amplificazione... poi è più o meno come hai scritto.
qua trovi un po' di info sulla analisi con le sonde FRET.
Scusa ma ora devo scappare...
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Tecniche di allelic discrimination!
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