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Una mappa delle proteine per identificare geni del cancro


Un gruppo di scienziati ha pubblicato il più grande indice al mondo delle interazioni delle proteine umane, il quale potrebbe aiutare a identificare i geni del cancro

Un team internazionale di scienziati ha pubblicato un articolo che descrive una delle più complete mappe delle proteine mai prodotte finora. La nuova mappa, che copre 14 000 interazioni tra le coppie di proteine, è oltre quattro volte più grande di qualsiasi altra mappa di questo tipo mai realizzata finora. Secondo Lab Product News, contiene interazioni di più alta qualità che provengono da tutti gli studi precedenti messi insieme.

Identificare le interazioni tra le proteine in questo modo potrebbe aiutare i ricercatori a capire come funzionano le cellule a livello molecolare e in definitiva a farci identificare alcuni dei geni coinvolti nel cancro. Coordinato da Frederick Roth dell'Università di Toronto e Marc Vidal della Facoltà di Medicina di Harvard, lo studio è il culmine di anni di ricerca sull'interattoma umano – una mappatura completa di ogni interazione tra le proteine negli esseri umani per produrre questa nuova mappa.

Identificare le interazioni tra le proteine è quasi come creare un manuale della cellula umana.
Parlando con Scientific American, Roth ha fatto un'analogia tra il suo lavoro e un meccanico che ha una lista di parti di automobili ma non ha idea di come si connettono le une alle altre: "Questo ci porta da una sterile lista di parti, senza un ordine particolare, a una lista di coppie di parti. Adesso possiamo cominciare a capire come si collegano tra di loro."

Scientific American aggiunge: "Secondo le stime di Roth questa nuova mappa cattura tra il 5 e il 10 per cento di tutte le interazioni di proteine nelle cellule umane. Potrebbe non sembrare molto importante, ma l'ultimo grande progresso nella ricerca sull'interattoma umano risale a quasi dieci anni fa, quando Roth a presentato la sua mappa di appena 3 000 interazioni circa tra le proteine."

Gli scienziati hanno usato esperimenti di laboratorio per identificare le interazioni e poi hanno usato la modellazione al computer per identificare le proteine che si connettono con una o più proteine del cancro.

Parlando a Lab Product News, Roth ha osservato che questa è stata la prima volta che uno studio ha mostrato che ci sono più probabilità che le proteine del cancro si interconnettano le une con le altre che non che si connettano a proteine a caso non cancerose. Ha aggiunto, "Una volta che si osserva che le proteine associate alla stessa malattia hanno maggiori probabilità di collegarsi le une con le altre, si può usare questa rete di interazioni come strumento di previsione per trovare nuove proteine del cancro e i geni che le codificano."

Scientific American indica le applicazioni immediate per la ricerca sul cancro: "Gli studi hanno legato il gene MAPK1IP1L alla formazione di tumori nei topi, ma non è stato studiato approfonditamente e la proteina che produce non è attualmente riconosciuta come una proteina del cancro negli umani. Lo studio di Roth ha scoperto che il MAPK1IP1L interagisce con almeno tre proteine del cancro conosciute. Questo non significa necessariamente che il MAPK1IP1L sia un gene del cancro, ma suggerisce una via per la ricerca futura."

Approfondimenti: MAPK1IP1L

Leggi l'articolo scientifico
"A Proteome-Scale Map of the Human Interactome Network". Cell (2014). DOI: 10.1016/j.cell.2014.10.050

Fonte: Cordis (09/12/2014 12:29:53)
Pubblicato in Biochimica e Biologia Cellulare
Tag: proteine, mappa proteine, interattoma
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