Quanto è utile/interessante questa discussione:
Autore |
Discussione |
|
stellinabio87
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 31 agosto 2011 : 11:36:53
|
Ciao ragazze/i... sono nuova su questo forum, e da qualche mese per il mio pregetto di tesi sto utilizzando vari programmi di bioinformatica. ma ho un problema con la costruzione degli alberi filogenetici. per prima cosa: io so che per costruire un albero, prima di tutto bisogna scegliere il modello di sostituzione corretto per le mie sequenze (es HKY,JC ecc). so che posso trovarlo tramite l'utilizzo di Paup e modeltest, ma non ho paup perchè è a pagamento. come posso fare per scegliere il modello corretto? la distribuzione gamma? ecc? poi: i valori di boostrap (fatti su 1000 replicati) nella maggior parte dei casi non superano il 70%. il problema è sempre il modello? io sono capace di utilizzare phylip e mega, ma in entrambi i casi non ottengo risultati che mi soddisfano... come posso fare??? aiuto aiuto!!! grazie mille a tutti in anticipo!! ciao ciao
|
|
|
stellinabio87
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 02 settembre 2011 : 09:43:55
|
Ciao, sono ancora io!ho fatto ancora un po' di prove e non è cambiato nulla... ho utilizzando Mega e ho provato a cambiare i vari modelli, ma i valori di bootstrap rimangono sempre bassi... credo che sia anche meglio dirvi che io non studio bioinformatica, ma solo da qualche mese sto provando a utilizzare questi programmi, leggendo i manuali e i tutorial che trovo su internet... non tutto mi è chiaro!!! ho trovato inoltre questo sito: http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/findmodel/findmodel.html che permette di testare i modelli... ho provato ed il risultato è GTR, e nei dettagli è possibile anche visualizzare i vari parametri, tra cui credo ci sia anche alpha(gamma). può essere una soluzione valida? e poi il parametro gamma lo inserisco in Mega? qui mi blocco... non riesco a capire se il problema dei bootstrap sia dovuto alle mie sequenze o nella scelta del modello e dei parametri... spero che qualcuno mi possa aiutare... io mi sono arenata...oh, sia chiaro!!! non mi arrendo!!! ah ah ah l'unica soluzione è comprare paup??? non esiste un programma simile free??? grazie a tutti, spero che qualcuno di più pratico di me mi possa aiutare!!! |
|
|
|
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|