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Fago
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9 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 10:07:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fago  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Fago Invia a Fago un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho una serie di sequenze di DNA mitocondriale di diversi individui della stessa specie fungina...
chi mi sa consigliare un bel programma per la costruzione di alberi filogenetici?

cge
Nuovo Arrivato

Città: Roma


105 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 18:20:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cge Invia a cge un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao, puoi utilizzare PHYLIP
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

Per la visualizzazione degli alberi puoi utilizzare TREEVIEW
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

CGE
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Fago
Nuovo Arrivato




9 Messaggi

Inserito il - 19 aprile 2008 : 22:59:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fago  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Fago Invia a Fago un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2008 : 18:10:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ti consiglio di usare Mega, funziona sia su Linux che su Win e Mac.

Funziona molto bene ed é facile da imparare (seguiti il tutorial), però, non supporta i metodi bayesiani.
Se volessi utilizzare questi ultimi ti consiglio Mr. Bayes (http://mrbayes.csit.fsu.edu/), anche questo multipiattaforma.

Accidenti, c'é pure un forum sui software genetici, non lo conoscevo:
- http://gsf.gc.ucdavis.edu/

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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muflone82
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2012 : 16:10:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di muflone82 Invia a muflone82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Ragazzi,

volevo fare una domanda a proposito di Mega. Attraverso questo software si può calcolare il best DNA models dal menu a tendina models. Una volta calcolato come si fa a mandarlo in input quando si costruisce l'albero?
Mettiamo il caso in cui il programma mi trova come miglior modello GTR+I+G. Io quando costriusco l'albero posso impostare GTR+I+G ma a quanto va impostato il no di discrete gamma categories? E le percentuali di A,T,C,G identificate nel calcolo del miglior modello non vengono più considerate? Ultima domanda, nel caso in cui utilizzo un outgroup dovrei prima calcolare il miglior modello di tutte le sequenze senza l'uotgroup e poi inserire, per formare l'albero definitivo, anche gli outgropu.

Grazie
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