matrice con algoritmo di Smith e Waterman

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chemistry88
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 16:03:35

ragazzi scusate dato ke mi sono iscritta ieri non so bene dove scrivere..avrei bisogno di aiuto il porf oggi ha spiegato come si costruisce una amtrice con il metodo di smith e waterman e io nn ho potuto seguire la lezione e ora nn la so fare..ho porvato a leggere anke altri topic su questo argomento ma nn ho cpaito un granke potreste aiutarmi facendomelo cpaire passo dopo passo grazie mille

chemistry88
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 17:42:48

ragazzi xke nessuno mi riso x favore

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 18:52:07

Ciao chemistry88 e benvenuto/a sul forum.
Questa non � una chat, quindi pu� passare anche un po' di tempo prima che qualcuno ti risponda.
L'argomento � stato trattato diverse volte:
http://www.biocomp.unibo.it/piero/corso/note/node79.html
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=11392&SearchTerms=waterman
Qual'� il tuo dubbio nello specifico?

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

chemistry88
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 19:17:11

il mio dubbio e che il prof ci da due sequenze e noi dobbiamo completare la matrice con questo tipo di algoritmo e io nn ho capito come si fa mentre x l'algoritmo di n e wunch la so fare matrice

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2010 : 09:51:37

Citazione:
e io nn ho capito come si fa mentre x l'algoritmo di needleman e wunsch la so fare matrice

allora per fortuna � molto pi� semplice... la matrice per Smith e Waterman si fa nello stesso modo di quella per Needleman e Wunsch, l'unica differenza � che quando hai valori negativi devi inserire uno 0.

Per esempio, se in una casella il punteggio migliore sarebbe -2, devi scrivere 0, e cos� via..

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

chemistry88
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2010 : 13:01:04

scsamid ell'oliogm se ad esempio io ho questa matrice http://www.federica.unina.it/scienze-biotecnologiche/biotecnologie-cellulari-e-molecolari/algoritmi-dinamici-di-allineamento/ come si fa scusami se ti sto scocciando

DIETIL.
Utente Junior

129 Messaggi

Inserito il - 13 aprile 2010 : 15:04:20

qualcuno puo aiutarmi a capire come si numera una matrice...secondo l allineamento Needleman e Wunsch in una sequenza nucleotidica?.......so che dove ci sono gli asterischi si inserisce 1 e dove nn c e niente o si inserisce zero o proprio niente..........poi bisogna numerarli per trovare la patch col punteggio maggiore e io qui nn riesco a farlo....so che bisogna andare dal basso verso l alto e se si trova 1 lo si somma ma nn mi trovo.........x es http://www.federica.unina.it/scienze-biotecnologiche/biotecnologie-cellulari-e-molecolari/algoritmi-dinamici-di-allineamento/ a pag 7 le immagini che ci sono....io nn riesco a trovarmi con i risultati delle immagini..........

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 13 aprile 2010 : 20:35:37

Perch�?!
A pagina 7 prendi la figura 2. Il numero della casella rossa � dato dal numero pi� grande delle caselle arancioni + o - 1.
Se vuoi partire tu dal principio devi partire dalla figura 1.
Dov'� che trovi difficolt�?

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

DIETIL.
Utente Junior

129 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 19:01:51

si lo so che il sei deriva da 5(punteggio dell allineamento ottenuto fin li) + 1(dato che in quel quadratino c e l asterisco)..............ma quello che nn capisco e perche..x es vedi in posizione 3verticale;3orizzontale(partendo dall angolo giu a destra) c e la casella con il punteggio 3-nella direzione verticale(verso i nucleotide c) c e il e ok(perche la casella e senza asterisco e quindi nn ha il punteggio di 1).lo stesso vale in direzione diagonale verso l alto..........ma quando va su il punteggio e 2 perche ?...........potresti spiegarmi il meccanismo.......la teoria lo fatta ma mi sfugge qualcosa(quella globale utilizza anche i valori negativi per le gaps e forse qui che nn ho capito come fare)...............grazie x l aiuto

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 19:53:36

Se ho capito bene a quale 2 ti riferisci dovrebbe essere in blu nell'immagine che ti ho fatto, ed il numero � dato dal numero pi� grande fra quelli segnati in verde, +1 se c'� identit� tra i nucleotidi (e in questo caso non c'�). Quindi rimane 2. Chiaro ora?

Immagine:

224,24 KB

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

DIETIL.
Utente Junior

129 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2010 : 14:01:33

GRAZIE MILLE

....ora ho capito.......quindi nn avevo capito proprio niente........quello che nn sapevo e che il numero � dato dal numero pi� grande fra quelli segnati in verde........finalmente.mi sono disperato x capirlo. prima ho provato con quello che avevo capito dal libro ma niente.poi ho iniziato a ragionarla e cercare di svolgerlo mediante miei ragionamenti e andando a tentativi.che poi in certe cose mi trovavo e pensavo che ero vicino da capirlo ma invece no...............grazie domi84

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