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Mar84
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 15:15:42

Ciao a tutti,
avrei urgente bisogno di analizzare delle DGGE con un software (dispongo del Bio Rad, ma qualsiasi altro che dia buoni risultati e che possibilmente si possa provare gratis un mese � ben accolto come consiglio)..sono nuova nel campo normalemnte lavoro con bichimica del suolo ma mi han affidato un lavoro per vedere come varia la comunit� microbica del suolo in risposta a diversi trattamenti nel tempo (suolo*4trattamenti*3 tempi analisi)cos� sono arrivata fino a fare delle DGGE e ora manca solo la parte finale..la pi� complicata cio� l'inerpretazione dei risultati e purtroppo (come spesso accade) non trovo nessuno che sia disposto a insegnarmela...ho trovato per caso questo sito e devo dire che � stupendo...quindi vi ringrazio per l'attenzione e vi chiedo scusa per l'ignoranza in materia mi sento piccola piccola girovagando in questo sito!!!!ciao e grazie

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 16:42:40

Mai fatto DGGE in vita mia... ma perch� usare software proprietari quando puoi usare ImageJ che � opensource?

Lo trovi qui: http://rsb.info.nih.gov/ij/

ImageJ dispone di un sacco di tools per l'analisi dei gel, ora non so esattamente che tipo di analisi tu voglia fare, ma nel menu analyze trovi un sottomenu "Gels" con un sacco di opzioni interessanti.

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Mar84
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:00:49

grazie mille ci prover� al limite scoccio ancora....io devo vedere se i diversi trattamenti hanno cambiato la struttura della comunit� microbica attraverso l'analisi delle bande del gel..quindi credo che dovrei sviluppare dei dendogrammi sto cercando di documentarmi..insomma dovrei fare una analisi abbastanza dettagliata visto che dovrei pubblicare il lavoro...grazie ancora e apsetto suggerimenti pleaseeeeeeeeeee

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 18:07:23

Per i dendrogrammi puoi usare R (www.r-project.org).

Qui trovi un tutorial: Cluster Analysis: Tutorial with R
Forse anche questo pu� essere utile: Bioconductor basic tutorial

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Mar84
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2009 : 15:19:44

ciao sono ancora in alto mare..purtroppo non riesco ne con R ne con ImJ ..ma nessuno usa il biorad??? grazie aspetto consigli

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2009 : 15:59:20

Innanzitutto il Bio-Rad non � un software ma una marca, ti riferisci forse al Quantity One?
Io lo uso ma non ho mai fatto DGGE.
Comunque la cosa migliore � chiamare il supporto tecnico, sono molto gentili e ti daranno tutte le informazioni che ti servono, il software � loro!!!
A tal proposito tempo fa era pure intervenuto sul forum lo specialist della Bio-Rad sui software di analisi di immagine dicendo di contattarlo! Ti consiglio di farlo!

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2009 : 16:10:18

Ad ogni modo se ci dici esattamente da che dati parti e che cosa non riesci a fare magari ti riusciamo ad aiutare!

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Mar84
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2009 : 16:11:26

si hai ragione Bio Rad Diversity Database....ok prover� a contattarli grazie mille

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