Programmi per interazioni proteiche

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Discussione

Ika
Nuovo Arrivato

Prov.: Isernia
Citt�: Carovilli

9 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2009 : 14:28:06

Ciao!
Sono nuova di questo forum..ed � da poco che i trovo a lavorare con i programmi bioinformatici!

C'� qcn che conosce un programma che permette di visualizzare i network di interazioni tra proteine?
In particolare io sarei interessata a NUP98 e NUP214, entrambe appartenenti alla famiglia delle nucleoporine.
Grazie a tutti! Ciao!!!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2009 : 14:31:43

Vuoi un programma che ti permetta di predirre delle interazioni proteiche, o solo cercare in quelle gi� annotate?

Nel secondo caso, potresti provare string:
- http://string.embl.de/

o forse, anche guardare quello che � annotato su wikigenes:
- http://www.wikigenes.org/e/gene/e/4928.html
(si tratta di interazioni estratte automaticamente da articoli scientifici... poterbbe funzionare in maniera un poco strana)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Ika
Nuovo Arrivato

Prov.: Isernia
Citt�: Carovilli

9 Messaggi

Inserito il - 30 marzo 2009 : 17:52:17

Grazie tante!!
Per ora mi serve sapere solo le interazioni note...ho guardato il primo sito che mi hai consigliato per ora e l'ho trovato molto utile!Anche se ci devo studiare un pochino...sai se � possibile individuare le proteine di fusione con questo sito? Per ora non ci sono riuscita....
Grazie 1000!

byo_gio
Nuovo Arrivato

Prov.: MI
Citt�: Milano

66 Messaggi

Inserito il - 02 aprile 2009 : 05:28:48

io stavo provandoci con Cytoscape
http://www.cytoscape.org/
ma non mi sembra poi cosi' intuitivo e semplice...

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 02 aprile 2009 : 17:18:56

Cytoscape serve per visualizzare network di geni... ma non so se � anche integrato con qualche predittore.

Cosa vuoi fare esattamente? Forse sarebbe il caso di aprire un topic a parte.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

simcrist
Nuovo Arrivato

Prov.: Milano
Citt�: Milano

62 Messaggi

Inserito il - 11 aprile 2009 : 10:18:56

Hai provato a cercare sul sito expasy all'indirizzo:

http://www.expasy.com

Alternativamente puoi provare il programma cytoscape scaricabile dal sito:

http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Software:Cytoscape

Citazione:
Messaggio inserito da Ika

Ciao!
Sono nuova di questo forum..ed � da poco che i trovo a lavorare con i programmi bioinformatici!

C'� qcn che conosce un programma che permette di visualizzare i network di interazioni tra proteine?
In particolare io sarei interessata a NUP98 e NUP214, entrambe appartenenti alla famiglia delle nucleoporine.
Grazie a tutti! Ciao!!!

Dr.Simone Cristoni
ISB srl
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