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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
 Inserito il - 03 dicembre 2009 : 15:49:12
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ciao a tutti,
non so se qualcuno usa Gromacs per la dinamica molecolare.
cmq nel passaggio dalla versione 3.3.3 a 4.0.5 sono cambiate delle cose, tra cui il file.mdp (il cpp, include) il problema #232; che sul sito non informa su come cmbiare questi file che sono di input!!!
qualcuno di voi usa tale versione??se s#236; mi pu#242; dire cosa #232; cambiato nello specifico?oppure mi manda un templato??
grazie in anticipo!
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Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2009 : 15:57:54
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ciao!
credo che devi aggiungere:
cpp = /lib/cpp -traditional
cioè devi aggiungere -traditional
prova!
Anna
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2009 : 18:55:59
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grazie Anna, provo subito!!!ti farò sapere domani :)
Tu l'hai letto sul sito di Gromacs??perchè io sto leggendo di tutto ma questo non l'avevo visto da nessuna parte!!
speriamo bene!!!
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2009 : 23:27:03
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ho controllato...niente da fare :(
non è ke hai un file .mdp da postare??
mi sto esaurendo a dire la verità |
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Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2009 : 07:19:14
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ok! comunque se hai qualche dubbio basta che ne fai uno molto semplice e lo metti in input in grompp, poi prendi quello in output mdout.mdp e vedi come è fatto. ok?
Questo è per la minimizzazione...
Ho controllato, anch'io ho installata la versione :-) VERSION 4.0.5 (-: e con questo mdp sembra funionare.
di dover aggiungere -traditional lo avevo letto da qualche parte in rete, forse forum di gromacs...non mi ricordo.
;;---Preprocessing
title = MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN TAU
cpp = /lib/cpp -traditional ; Preprocessor
;include =
define = -DFLEXIBLE
;Run Control
integrator = steep
;tinit =
dt = 0.002 ; ps
nsteps = 400
;init_step =
;comm_mode = ; about the center of mass
;nstcomm = ; frequency for center of mass removal
;comm_grps = ; group(s) for center of mass removal, default is the whole system
;;---Langevin dynamics
;;---Energy minimization
emtol = 1000.0
emstep = 0.01
;nstcgsteep=
;nbfgscorr=
;;---Shell Molecular Dynamics
;emtol
;niter
;fcstep
;;---Output control
nstxout= 10
nstvout= 10
;nstfout=
;nstlog=
;nstenergy
;nstxtcout=
;xtc_precision=
;xtc_grps=
;energygrps=
;;---Neighbor searching
nstlist = 10
ns_type = grid
;pbc=
;periodic_molecules=
rlist = 1.0
;;---Electrostatics
coulombtype = pme
;rcoulomb_switch=
rcoulomb = 1.0
;epsilon_r=
;epsilon_rf=
;;---VdW
vdwtype = cut-off
;rvdw_switch=
rvdw = 1.4
;DispCorr=
;;---Tables
;table-extension=
;energygrp_table=
;;---Ewald
fourierspacing = 0.12
fourier_nx = 0
fourier_ny = 0
fourier_nz = 0
pme_order = 4
ewald_rtol = 1e-5
;ewald_geometry=
;epsilon_surface=
optimize_fft = yes
;;---Temperature coupling
;tcoupl= ;
;tc_grps= ;
;tau_t= ;time const for coupling [ps]
;ref_t= ;reference temperature [K], one for each group in tc_grps
;;---Pressure coupling
;pcoupl=
;pcoupltype=
;tau_p=
;compressibility=
;ref_p=
;refcoord_scaling=
;;---Simulated anneling
;annealing=
;annealing_npoints=
;annealing_time=
;annealing_temp=
;;---Velocity generation
;gen_vel=
;gen_temp=
;gen_seed=
;;---Bonds
;constraints=
;constraint_algorithm=
;unconstrained_start=
;shake_tol, lincs_order=
;lincs_iter=
;lincs_warnangle=
;morse=
;;---Energy group exclusions
;energygrp_excl=
;;---Walls
;;---COM pulling
;;---NMR refinement
;disre=
;disre_weighting=
;disre_mixed=
;disre_fc=
;disre_tau=
; nstdisreout=
;orire=
;orire_fc=
;orire_tau=
;orire_fitgrp=
;nstorireout=
;;---Free energy calculation
;free_energy=
;init_lambda=
;delta_lambda=
;sc_alpha=
;sc_power=
;sc_sigma=
;;--Non-equilibrium MD
;acc_grps=
;accelerate=
;freezegrps=
;freezedim=
;cos_acceleration=
;deform
;;---Electric fields
;E_x=
;E_xt=
;E_y=
;E_yt=
;E_z=
;E_zt=
;;---Mixed quantum/classical molecular dynamics
;QMMM=
;QMMM-grps=
;QMMMscheme=
;QMmethod=
;QMbasis=
;QMcharge=
;Qmmult=
;CASorbitals=
;CASelectrons=
;SH=
;;---User defined thingies
;user1_grps=
;user2_grps=
;userint1=
;userint2=
;userint3=
;userint4=
;userreal1=
;userreal2=
;userreal3=
;userreal4=
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2009 : 09:26:07
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ok Anna proverò anche così!!!
il mio problema è che tale versione è installata su CINECA, è già lì per mandare un run è un casino!!!
cmq provo a farne uno molto semplice e vediamo ke esce!!
la cosa bella è ke il ciclo di minimizzazione riesce, quello che non parte è il positional restrains...
a presto,
grazie ancora |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2009 : 12:32:43
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ciao, non conosco gromacs ma sarei interessato a saperne di più. sono andato sulla home page ma non ho trovato molti esempi pratici, ad esempio, si installa come un qualsiasi programma su windows?
si usa per il docking?
grazie |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2009 : 15:11:55
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allora gromacs è un ottimo programma per simulare il comportamento di una struttura in soluzione ma anke in membrana! ed è FREE!!
può essere usato per testare molecole derivanti al docking in quanto parte con un file.pdb.
diciamo ke non so se è scaricabile su piattaforma windows..io lo uso si unix, ma credo sia possile!
per quanto riguarda gli esempi, sul sito ufficiale trovi un tutorial e lì ci sono tutti i passaggi per iniziare a provare, inoltre altri esempi sono presenti nella cartella di gromacs una volta ke l'hai scaricato!
se poi vuoi avere più dettagli o delucidazioni, posta pure, se posso aiutarti volentieri!!
ciao |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 09 dicembre 2009 : 13:41:24
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| ragazzi ma qualcuno di voi usa il nuoco sp6 di cineca?? |
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