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Selenocisteina
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
 Inserito il - 01 gennaio 2013 : 14:45:14
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Ciao,
ho una domanda di "logica biologica" sottesa a un algoritmo di analisi di promotori. :)
Secondo voi:
poniamo che io abbia le sequenze di tutti i promotori di lievito e una serie di sequenze consenso di legame di fattori trascrizionali di lievito (senza però dettagli sulla loro posizione rispetto al sito di inizio della trascrizione).
Il mio scopo è:
- cercare in tutti i promotori l'eventuale presenza di ognuno di questi consenso
- segnare la posizione in cui li ho trovati (calcolata rispetto al sito di inizio della trascrizione, perciò per esempio -10, -122, etc)
La domanda è: se voglio creare una distribuzione delle posizioni di questi siti di legame nei vari promotori che ho analizzato, ma suddividendo i promotori in "sotto-regioni" di (per esempio) 10 nucleotidi (es: dalla posizione 0 alla -10, dalla -11 alla -20 etc), come è biologicamente ragionevole conteggiare in una sotto-regione piuttosto che un'altra il fatto di aver trovato un match tra un consenso, se il sito di legame è sovrapposto tra due regioni?
Faccio un esempio perché a parole non riesco a spiegarmi: se ho trovato un sito di binding lungo 5 nucleotidi situato dal -12 al -7 di un promotore, secondo voi devo conteggiarlo come posizionato nella regione 0 -10 oppure -11 -20? O in tutte e due?
Io propenderei per conteggiare solo la posizione del nucleotide di inizio di quel sito di legame (visto che di solito quando si parla di, per esempio, "sequenza -35" s'intende che inizia al -35...), però secondo me ci sono anche altre soluzioni ragionevoli.
Grazie!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 gennaio 2013 : 16:17:20
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Io direi che contare solo quello di inizio è ragionevole. Potresti anche scegliere di considerare la posizione di quello "medio", che è come dire, prendere la regione dove hai la parte più grande del tuo sito.
L'altra opzione, se trovi molte di queste sovrapposizioni è di utilizzare finestre più grandi che 10nt. |
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Selenocisteina
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
Inserito il - 11 gennaio 2013 : 13:49:51
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| Grazie della risposta :) in realtà io avevo pensato che, visto che i consensi sono spesso oligonucleotidi di massimo 5-6 paia di basi, segnare la porzione in cui si trova "la maggior parte" del consenso potrebbe essere una cosa un po' troppo arbitraria (nel senso che variazioni posizionali di 1 nucleotide sono abbastanza comuni e quindi determinare una "maggior parte" di 3 nucleotidi su 5 mi sembra un po' tirato). |
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