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Neph88
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 Inserito il - 07 dicembre 2020 : 23:04:31
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Salve a tutti, scrivo per chiedere un vostro parere riguardo all'interpretazione corretta degli alberi filogenetici.
In filologia, è frequente costruire dei grafi ad albero (stemmi) che mostrano i rapporti tra i manoscritti di una certa opera e l'evoluzione nel tempo del testo che contengono. Dagli anni novanta circa, qualche filologo ha notato la somiglianza con quanto si fa in biologia e in bioinformatica, e da allora la costruzione di alberi filogenetici per lo studio dei manoscritti è diventato abbastanza comune.
Anch'io mi sono avvicinato, da outsider, a questo genere di studi e mi sono appassionato alla materia. Per una mia ricerca, ho provato a usare l'algoritmo Neighbor joining su una matrice di distanza, dove i taxa sono i manoscritti di un'opera e la distanza è in sostanza il numero di parole che differiscono tra un manoscritto e l'altro.
Il filogramma che viene fuori è quello che potete vedere nel link in fondo. Mi piacerebbe avere un parere da parte di chi è abituato a lavorare abitualmente con questi strumenti. Ad esempio, una struttura 'a catena' come quella dell'albero che ho ottenuto, secondo voi, è normale?
Alcune cose che il filogramma mostra, tutto sommato, mi tornano, soprattutto la vicinanza di alcuni manoscritti che so essere stati copiati l'uno dall'altro.
Per molto tempo ho cercato di arrangiarmi da solo con la bibliografia, ma continuano a restarmi molti dubbi.
Ho provato anche ad usare altri metodi (usando PAUP), per esempio una ricerca euristica con Maximum Parsimony e poi un consensus tree. Leggo in rete che Maximum Parsimony è più affidabile del NJ, ma i risultati che produce si accordano meno con quello che io so su questi manoscritti.
Sapreste darmi qualche consiglio su come impostare la ricerca? Non so proprio dove mettere le mani. Spero possiate aiutarmi, grazie!
Link immagine
https://ibb.co/PNCkPDb
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