Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 Laboratorio
 Bioinformatica e Biostatistica
 analisi di dati raman
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

nonnaprog
Nuovo Arrivato



12 Messaggi

Inserito il - 23 ottobre 2007 : 12:51:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nonnaprog Invia a nonnaprog un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti e ben ritrovati, sono in fase di tesi il mio progetto è quello di creare un programma in java che mi trovi all'interno di una miscela una determinata proteina.
per fare sta verifica faccio una differenza tra le intensità delle proteine e quelle delle miscele, siccome non sono mai le stesse ma variano di pokissimo la mia idea era di creare un intervallo di "resti" che contenesse quella differenza per studiare in che probabilità che la proteina sia contenuta in quella miscela...volevo sapere inoltre se qualcuno hai già affrontato dati raman.

Grazie anticipatamente della vostra disponibilità.

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 23 ottobre 2007 : 15:07:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cosa intendi per intensita' di una soluzione?

Che strumento viene utilizzato per misurare le due soluzioni?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

nonnaprog
Nuovo Arrivato



12 Messaggi

Inserito il - 24 ottobre 2007 : 12:40:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nonnaprog Invia a nonnaprog un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per la generazione dei dati si utilizza uno spettroscopio Renishaw Raman Micro-confocale.

in pratica nel monitor dell'oscilloscopio abbiamo il segnale periodco che identifica lo spettro raman con ordinate l'intensità data da I = numero d'onda * potenza del laser * scattering * numero di particelle presenti. sulle ascisse abbiamo invece l'energia data in cm-1.
questi dati lo spettroscopio Renishaw li da in formato txt. dentro il file txt ci sta una serie di numeri con cifre decimali che mi identificano in una colonna le energie e nell'altre le intensità:

proteina bsa
energia intensità
328382 434,343
584857 365,5895

ect.ect.

miscela mix1
energia intensità
328382 434,343
858588 483,4994
ect.ect

io devo verificare che la bsa sia contenuta nella mix1. e l'ho fatto. però non so con che probabilità la bsa è contenuta nel mix1.
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 24 ottobre 2007 : 13:00:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non sono sicuro di aver capito bene il problema, ma secondo me ti devi creare prima una curva di calibrazione (prendere i valori di intensita' a diverse concentrazioni note di bsa, tipo 0.1 M, 0.2M, etc...) per poterti disegnare la funzione di distribuzione dell'intensita' della proteina in base alla concentrazione.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

nonnaprog
Nuovo Arrivato



12 Messaggi

Inserito il - 24 ottobre 2007 : 15:27:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nonnaprog Invia a nonnaprog un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ok si c'avevo pensato anche io, ma ciò significa che dovrei avere molte prove sperimentali effettuate. perchè entrando nella statistica potrei utlizzare il metodo dei minimi quadrati. ma io non ho a disposizione molti dati riguardanti quella proteina. io ho una proteina ad esempio la bsa con i dati descritti prima e basta nn sono a conoscenza di altri dati relativi aquelal proteina. avevo provato a formulare qualcosa con gli intervalli di confidenza, ma mi trovo intervalli centrati su valori sbagliati. perchè i dati nn sono molto omogenei ho fatto una media dei valori e mi esce 0,4 quando analizzando i dati arrivo ad avere intensità con 0,9 e intenista con 0. quindi mi viene difficile trovare un intervallo preciso. ho provato con sigmaquadro ma nulla mi escono intervalli ristretti impossibili...
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 24 ottobre 2007 : 16:34:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La bsa é l'albumina del siero bovino, una proteina molto economica che viene utilizzata per un sacco di cose tra cui appunto la calibrazioni di spettrofotometri e altri strumenti (chick? Gfpina? altre persone più esperte? Help! ).

Quindi se ti é possibile fai ripetere gli esperimenti a qualche laboratorio utilizzando lo stesso strumento, é una cosa che si fa quasi quotidianamente.

In teoria potresti trovare già qualcosa sulla curva di taratura della bsa su Internet, ma é bene lavorare su dati presi direttamente sullo strumento con cui si va a lavorare perché ogni macchinario si può comportare in maniera differente e inoltre le condizioni in cui vengono prese le misure (es. marche diverse di cuvette) possono cambiare.

Ci penso un po' e poi ti confermo se ti ho detto qualche stupidaggine o meno :)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

nonnaprog
Nuovo Arrivato



12 Messaggi

Inserito il - 25 ottobre 2007 : 11:00:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nonnaprog Invia a nonnaprog un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sai dove potrei trovare queste curve di taratura? ci sta un sito particolare che tratta queste cose? ne ho trovato un o in inglese ma bisognava comprare un pacchetto per aver a disposizione i dettagli quindi ho rinunciato.
io non penso di avere tutta questa grazia per ripetere gli esperimenti, in quanto nell'uni dove sto io ci sta un'ambiente di competizione, non danno nulla se nn gli viene richiesto per via formale dal presidente della repubblica hihihi. quindi trovare qualcosa su internet sarebbe ottimo.
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina